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- PDB-9hh4: Crystal structure of the family S1_19 carrageenan sulfatase ZgCgs... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hh4
タイトルCrystal structure of the family S1_19 carrageenan sulfatase ZgCgsA from Zobellia galactanivorans in complex with hybrid b-k-neocarratetraose
要素Sulfatase, family S1-19
キーワードHYDROLASE / sulfatase / S1_19 / carrageenan / covalent intermediate / substrate specificity / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 硫酸エステル加水分解酵素 / arylsulfatase activity
類似検索 - 分子機能
: / Sulfatases signature 2. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Sulfatase, family S1-19
類似検索 - 構成要素
生物種Zobellia galactanivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Chevenier, A. / Czjzek, M. / Michel, G. / Ficko-Blean, E.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR- 22-CE11-0025-01 フランス
引用ジャーナル: Carbohydr Polym / 年: 2025
タイトル: Structure, function and catalytic mechanism of the carrageenan-sulfatases from the marine bacterium Zobellia galactanivorans Dsij T.
著者: Chevenier, A. / Fanuel, M. / Sokolova, E. / Mico Latorre, D. / Jouanneau, D. / Jeudy, A. / Prechoux, A. / Zuhlke, M.K. / Bartel, J. / Becher, D. / Czjzek, M. / Ropartz, D. / Michel, G. / Ficko-Blean, E.
履歴
登録2024年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfatase, family S1-19
B: Sulfatase, family S1-19
C: Sulfatase, family S1-19
D: Sulfatase, family S1-19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,46552
ポリマ－219,1144
非ポリマー5,35148
水27,3291517
1
A: Sulfatase, family S1-19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,32917
ポリマ－54,7781
非ポリマー1,55016
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sulfatase, family S1-19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,09512
ポリマ－54,7781
非ポリマー1,31611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sulfatase, family S1-19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,94611
ポリマ－54,7781
非ポリマー1,16810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Sulfatase, family S1-19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,09512
ポリマ－54,7781
非ポリマー1,31611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Sulfatase, family S1-19
B: Sulfatase, family S1-19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,42429
ポリマ－109,5572
非ポリマー2,86727
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area33880 Å2
手法PISA
6
D: Sulfatase, family S1-19
ヘテロ分子

C: Sulfatase, family S1-19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,04123
ポリマ－109,5572
非ポリマー2,48421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area6960 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area33400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.230, 197.600, 75.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Sulfatase, family S1-19


分子量: 54778.480 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zobellia galactanivorans (バクテリア)
遺伝子: zobellia_3145 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: G0L000, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 硫酸エステル加水分解酵素
#2: 多糖
3,6-anhydro-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-3,6-anhydro-alpha-D- ...3,6-anhydro-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-3,6-anhydro-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 710.611 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1b_1-5_4*OSO/3=O/3=O][a2112h-1a_1-5_3-6][a2112h-1b_1-5]/1-2-3-2/a3-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0

-
非ポリマー , 5種, 1561分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Br
#5: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-tris propane pH 7.5, 0.1 M NaBr, 10% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→36.57 Å / Num. obs: 159811 / % possible obs: 99.37 % / 冗長度: 8.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.27
反射 シェル解像度: 1.92→1.99 Å / Num. unique obs: 15573 / CC1/2: 0.694

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→36.57 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2074 7985 5 %
Rwork0.1669 --
obs0.1689 159702 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→36.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14853 0 267 1517 16637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00915533
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0121085
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.95786
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622197
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0142728
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-1.950.36882510.34944745X-RAY DIFFRACTION94
1.95-1.970.34442660.3195045X-RAY DIFFRACTION99
1.97-1.990.33452620.29564975X-RAY DIFFRACTION99
1.99-2.020.2932660.27035049X-RAY DIFFRACTION99
2.02-2.040.2792650.23875037X-RAY DIFFRACTION99
2.04-2.070.27862680.22575072X-RAY DIFFRACTION99
2.07-2.10.25922620.21244986X-RAY DIFFRACTION99
2.1-2.130.25362660.20545088X-RAY DIFFRACTION99
2.13-2.170.24852640.19635021X-RAY DIFFRACTION99
2.17-2.20.2522690.19855106X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.240.2572660.19845048X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.280.23252650.2015046X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.320.23072670.19095073X-RAY DIFFRACTION99
2.32-2.370.21422650.18445025X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.420.21642680.17835093X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.480.23872680.17585094X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.540.22662640.17045025X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.610.2212680.16795083X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.690.21752660.16335073X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.770.20292680.16375103X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.870.20292670.15875059X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.990.21362690.1645109X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.120.2332680.16525094X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.290.19732660.15565061X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.490.19672690.1475103X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.760.16962680.14045100X-RAY DIFFRACTION100
3.76-4.140.17432690.13675109X-RAY DIFFRACTION100
4.14-4.740.16642690.12465100X-RAY DIFFRACTION100
4.74-5.970.17432680.15685110X-RAY DIFFRACTION100
5.97-36.570.19732680.17245085X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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