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- PDB-9hh0: Crystal structure of recombinant soman-aged swine butyrylcholines... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hh0
タイトルCrystal structure of recombinant soman-aged swine butyrylcholinesterase
要素Carboxylic ester hydrolase
キーワードHYDROLASE / Butyrylcholinesterase / swine / recombinant / organophosphorus compound / aging.
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / cholinesterase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYLPHOSPHONIC ACID ESTER GROUP / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Carboxylic ester hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Brazzolotto, X. / Nachon, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French Ministry of Armed ForcesNBC-5-C-2316 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of recombinant soman-aged swine butyrylcholinesterase
著者: Brazzolotto, X. / Nachon, F.
履歴
登録2024年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxylic ester hydrolase
B: Carboxylic ester hydrolase
C: Carboxylic ester hydrolase
D: Carboxylic ester hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,87940
ポリマ－239,5124
非ポリマー7,36836
水5,837324
1
A: Carboxylic ester hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,65215
ポリマ－59,8781
非ポリマー2,77414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carboxylic ester hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,68912
ポリマ－59,8781
非ポリマー1,81111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Carboxylic ester hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0789
ポリマ－59,8781
非ポリマー2,2008
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Carboxylic ester hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4604
ポリマ－59,8781
非ポリマー5823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.692, 124.692, 175.173
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Carboxylic ester hydrolase


分子量: 59877.926 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Mature protein form (devoid of signal peptide) and devoid of C-terminal part (STOP codon at residue position 530)
由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: BCHE
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A4X1VEU5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

-
糖 , 6種, 13分子

#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 347分子

#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物
ChemComp-GB / METHYLPHOSPHONIC ACID ESTER GROUP


分子量: 96.022 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5O3P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#11: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#12: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MAR CCD 300 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→124.7 Å / Num. obs: 76253 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 41.58 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.1526 / Rpim(I) all: 0.09052 / Rrim(I) all: 0.1779 / Net I/σ(I): 8.22
反射 シェル解像度: 2.66→2.7 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.311 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 2713 / CC1/2: 0.311 / Rpim(I) all: 0.8235 / Rrim(I) all: 1.556 / % possible all: 97.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.21.2_5419精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.66→124.69 Å / SU ML: 0.3618 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.1903
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 3952 5.19 %
Rwork0.1953 72171 -
obs0.1974 76123 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→124.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16576 0 465 324 17365
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002817497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.580223724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04422585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00463017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.12416766
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.66-2.70.34021500.28532508X-RAY DIFFRACTION97.79
2.7-2.730.31561280.28862556X-RAY DIFFRACTION99.33
2.73-2.770.31761290.28362614X-RAY DIFFRACTION99.64
2.77-2.80.3341450.26762513X-RAY DIFFRACTION99.74
2.8-2.840.29511550.26092580X-RAY DIFFRACTION99.89
2.84-2.890.29651560.26212541X-RAY DIFFRACTION99.78
2.89-2.930.32851550.26122569X-RAY DIFFRACTION99.96
2.93-2.980.29631200.25962594X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.030.3111330.24912592X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.090.31691470.25052526X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.150.27431700.25472577X-RAY DIFFRACTION99.96
3.15-3.210.29181350.24362581X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.280.27441360.23222589X-RAY DIFFRACTION99.96
3.28-3.360.26771360.21722591X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.440.26051320.22052570X-RAY DIFFRACTION99.93
3.44-3.530.28971410.19852573X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.640.22861310.18812583X-RAY DIFFRACTION100
3.64-3.760.2187930.18662641X-RAY DIFFRACTION100
3.76-3.890.22881760.17442550X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.050.2121120.16192598X-RAY DIFFRACTION100
4.05-4.230.17741270.15432624X-RAY DIFFRACTION100
4.23-4.450.17841580.14362562X-RAY DIFFRACTION100
4.45-4.730.19961520.13722554X-RAY DIFFRACTION100
4.73-5.10.18481730.14972562X-RAY DIFFRACTION100
5.1-5.610.22221440.16472597X-RAY DIFFRACTION100
5.61-6.420.20051570.17942577X-RAY DIFFRACTION100
6.42-8.090.18241400.17862603X-RAY DIFFRACTION100
8.09-124.690.17561210.172646X-RAY DIFFRACTION98.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.218285057059-0.0988653261736-0.1144101161140.3210925695960.2591226971490.237995780392-0.00804800214480.07905770665150.032974573714-0.08841026818740.02998801478570.0323500966641-0.0318340289855-0.005223112810990.0001564080838260.1638101760110.0208568759905-0.009617912513640.2295143810240.02097259756160.14765471355-11.718036738425.00125050748.19602670701
20.282189556728-0.0848338531441-0.2020822097250.157180936014-0.02372059469870.1722239109910.013935819873-0.0442631856753-0.00154814181253-0.0216056755342-0.0610632714399-0.0192082065818-0.02158647322870.0719260400147-0.0004194945772140.1304597770060.0259569679153-0.01044410590940.234340610324-0.004685791357870.240784504852-40.123238966445.55869930432.4428646124
30.4315458162650.222231083423-0.2182086218070.556397019952-0.08009261081960.269768426410.0167074255910.485300408096-0.1041775847530.1097389786360.16689568684-0.0147185210477-0.0926967833657-0.3389745532780.1910182950730.0126430975267-0.0667220942415-0.01406098114350.5681967113410.0291568935710.211213694355-85.714299190347.902055867544.3118887452
40.1802917804520.0006989827457730.04114866866010.1537422201850.1126049651520.155440145217-0.03812284235560.0859847551482-0.09202333501640.07707399602440.01360563202630.1750444289220.423764224242-0.106529505113-0.01076844384810.482452955732-0.2801927979220.03297383642840.229495536263-0.02300920695490.353273601219-19.4464678149-19.5858512576-4.79503426789
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
11chain 'A'AA - P4 - 544
22chain 'B'BQ - Z3 - 538
33chain 'C'CAA - MA4 - 541
44chain 'D'DNA - QA10 - 532

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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