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- PDB-9hgv: E-selectin complexed with glycomimetic ligand BW1002 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hgv
タイトルE-selectin complexed with glycomimetic ligand BW1002
要素E-selectin
キーワードCELL ADHESION / electin / glycomimetic
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament-based process / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / sialic acid binding / oligosaccharide binding / leukocyte migration involved in inflammatory response / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of leukocyte migration / heterophilic cell-cell adhesion / leukocyte cell-cell adhesion / cortical cytoskeleton ...actin filament-based process / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / sialic acid binding / oligosaccharide binding / leukocyte migration involved in inflammatory response / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of leukocyte migration / heterophilic cell-cell adhesion / leukocyte cell-cell adhesion / cortical cytoskeleton / response to tumor necrosis factor / positive regulation of receptor internalization / phospholipase binding / clathrin-coated pit / response to cytokine / response to interleukin-1 / Cell surface interactions at the vascular wall / calcium-mediated signaling / caveola / transmembrane signaling receptor activity / regulation of inflammatory response / response to lipopolysaccharide / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / membrane raft / inflammatory response / external side of plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Selectin superfamily / Selectin, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Lectin C-type domain ...Selectin superfamily / Selectin, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / EGF-like domain / C-type lectin fold / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Jakob, R.P. / Ernst, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: E-selectin complexed with glycomimetic ligand BW1002
著者: Jakob, R.P. / Ernst, B.
履歴
登録2024年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E-selectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,56611
ポリマ－31,3061
非ポリマー2,26010
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.820, 72.980, 52.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 E-selectin / CD62 antigen-like family member E / Endothelial leukocyte adhesion molecule 1 / ELAM-1 / Leukocyte- ...CD62 antigen-like family member E / Endothelial leukocyte adhesion molecule 1 / ELAM-1 / Leukocyte-endothelial cell adhesion molecule 2 / LECAM2


分子量: 31305.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SELE, ELAM1 / 細胞株 (発現宿主): CHO cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P16581
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-A1IUR / (2~{S})-3-cyclohexyl-2-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-(hydroxymethyl)-6-[(1~{R},2~{R})-2-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxycyclohexyl]oxy-3,5-bis(oxidanyl)oxan-4-yl]oxy-1-pyrrolidin-1-yl-propan-1-one


分子量: 631.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H53NO12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.2M CaCl2, 0.1 M Mops pH 6.2, 11-14% PEG8000, after microseeding

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999996 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→46.3 Å / Num. obs: 12603 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 65.5 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.46→2.71 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3116 / CC1/2: 0.55 / Rpim(I) all: 0.78 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21rc1_5127: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.46→46.29 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 40.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 609 4.83 %
Rwork0.2344 --
obs0.2362 12601 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→46.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2179 0 144 3 2326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0043237
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.581841
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.46-2.710.47271460.40922968X-RAY DIFFRACTION99
2.71-3.10.38251390.31933013X-RAY DIFFRACTION99
3.1-3.910.32451830.25042960X-RAY DIFFRACTION99
3.91-46.290.19651410.18813051X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.68340.49690.6061-0.2544-0.24849.94450.1810.0030.14730.30630.04920.41640.0238-0.4718-0.00770.82690.020.00410.53370.03870.4456-10.33855.6567-15.7687
20.82070.444-0.40586.17110.6157.9195-0.18230.27490.1714-1.73890.3086-0.0657-1.1119-0.4346-0.03630.90.00480.07420.64360.03070.4789-6.579715.103-46.2409
36.5622-1.2141-1.28325.1794-3.80128.25350.3511-0.03810.43410.96520.22040.2469-1.5067-0.8864-0.29230.6484-0.06730.1280.60010.09390.6891-15.5619-16.073435.9182
49.58872.5939-1.14923.8457-0.61454.64230.1271-0.4793-1.53720.5067-0.3139-0.46440.7603-0.29090.18240.6982-0.1121-0.02640.43630.12070.6293-16.8328-29.561437.2962
51.05270.9790.10752.5352-5.22734.97460.05230.3580.17290.13410.33630.3424-1.0127-0.3765-0.29110.9515-0.05430.08520.54990.07180.5142-8.6855-6.25337.9674
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 168 through 205 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 206 through 280 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1 through 31 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 32 through 115 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 116 through 167 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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