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- PDB-9hgp: Human Carbonic Anhydrase II in complex with a synthetic aromatic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hgp
タイトルHuman Carbonic Anhydrase II in complex with a synthetic aromatic oligoamide foldamer
要素
  • Carbonic anhydrase 2
  • Synthetic aromatic oligoamide foldamer
キーワードLYASE / Human Carbonic Anhydrase 2 / Foldamer / Protein binding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of intracellular pH / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Sigl, J.C. / Wang, L. / Huc, I.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2025
タイトル: Structure-based design of an aromatic helical foldamer-protein interface.
著者: Wang, L. / Douat, C. / Sigl, J. / Sai Reddy, P. / Fischer, L. / d'Estaintot, B.L. / Liu, Z. / Pophristic, V. / Yang, Y. / Zhang, Y. / Huc, I.
履歴
登録2024年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
D: Synthetic aromatic oligoamide foldamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8105
ポリマ－32,5442
非ポリマー2663
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology, 1:1 complex of HCA2 and synthetic AOF
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.682, 78.970, 46.116
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29273.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: タンパク質・ペプチド Synthetic aromatic oligoamide foldamer


分子量: 3271.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 361分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 % / 解説: colorless plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG 4000, 200 mM Li2SO4, 100 mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→17.17 Å / Num. obs: 19166 / % possible obs: 99.04 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 25.15 Å2 / CC1/2: 0.96 / CC star: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.492 / Num. unique obs: 3555 / CC1/2: 0.801 / R split: 0.2478 / Rrim(I) all: 0.5531 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→17.17 Å / SU ML: 0.2264 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.1626
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2309 1916 10 %
Rwork0.1708 17244 -
obs0.1767 19160 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→17.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2036 0 255 358 2649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00782398
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.01823275
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0593303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068412
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7364329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.10.29371340.20561207X-RAY DIFFRACTION97.81
2.1-2.160.28341300.19241214X-RAY DIFFRACTION99.56
2.16-2.220.3131410.19421201X-RAY DIFFRACTION99.04
2.22-2.290.26441260.18011221X-RAY DIFFRACTION98.75
2.29-2.370.25351360.18511192X-RAY DIFFRACTION98.88
2.37-2.470.23251370.17441233X-RAY DIFFRACTION98.77
2.47-2.580.25461350.1861219X-RAY DIFFRACTION99.93
2.58-2.720.25491370.18491245X-RAY DIFFRACTION99.64
2.72-2.890.24771360.18481224X-RAY DIFFRACTION99.49
2.89-3.110.24051380.1841229X-RAY DIFFRACTION99.85
3.11-3.420.23081380.16541246X-RAY DIFFRACTION99.71
3.42-3.910.19861420.15031249X-RAY DIFFRACTION99.14
3.91-4.90.1841380.14181266X-RAY DIFFRACTION99.01
4.9-17.170.20881480.17181298X-RAY DIFFRACTION96.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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