PDB-9hgm: Structure of human DNMT2 with bound allosteric inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hgm

タイトル

Structure of human DNMT2 with bound allosteric inhibitor

要素

tRNA (cytosine(38)-C(5))-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyl transferase / tRNA methylation / allosteric inhibitor / drug design

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (cytosine38-C5)-methyltransferase / tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / tRNA stabilization / tRNA methyltransferase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / tRNA methylation / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Schwan, M. / Kopp, J. / Sinning, I.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human DNMT2 with bound allosteric inhibitor
著者: Schwan, M. / Kopp, J. / Sinning, I.

履歴

登録	2024年11月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: tRNA (cytosine(38)-C(5))-methyltransferase

B: tRNA (cytosine(38)-C(5))-methyltransferase

ヘテロ分子

80.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.201, 97.345, 125.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	tRNA (cytosine(38)-C(5))-methyltransferase / DNA (cytosine-5)-methyltransferase-like protein 2 / Dnmt2 / DNA methyltransferase homolog HsaIIP / ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase-like protein 2 / Dnmt2 / DNA methyltransferase homolog HsaIIP / DNA MTase homolog HsaIIP / M.HsaIIP / PuMet 分子量: 39767.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRDMT1, DNMT2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: O14717, tRNA (cytosine38-C5)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-A1IUL / 4-ethyl-~{N}-[[1-[[(2~{R})-1-(1~{H}-indol-3-yl)-4-[[2-(methylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]-4-oxidanylidene-butan-2-yl]carbamoyl]cyclopropyl]methyl]benzamide 分子量: 517.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₅N₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.84 %
結晶化	温度: 291.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Crystals were grown at 291 K using sitting drop vapour diffusion. Crystallization reservoir was composed of 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5 and 12 % PEG8000. Crystallization drops ...詳細: Crystals were grown at 291 K using sitting drop vapour diffusion. Crystallization reservoir was composed of 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5 and 12 % PEG8000. Crystallization drops contained 300 nL reservoir solution and 300 nL concentrated protein.

結晶

マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.84 %

結晶化

温度: 291.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystals were grown at 291 K using sitting drop vapour diffusion. Crystallization reservoir was composed of 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5 and 12 % PEG8000. Crystallization drops ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月3日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→48.67 Å / Num. obs: 27445 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 73.17 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3300 / CC_1/2: 0.626 / R_pim(I) all: 0.688

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XDS	20230630	データ削減
Aimless	1.12.16	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→48.67 Å / SU ML: 0.3703 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.0749
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2455	1396	5.1 %
R_work	0.1996	25969	-
obs	0.2019	27365	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5276	0	88	46	5410

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0048	5476
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5807	7417
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0396	850
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	939
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5633	2067

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.69	0.3796	132	0.3374	2535	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.69-2.8	0.3515	142	0.3116	2562	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.8-2.93	0.3049	131	0.285	2562	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.93-3.08	0.2977	130	0.2804	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.08-3.28	0.2768	149	0.2493	2561	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.28-3.53	0.2427	157	0.2178	2555	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.53-3.88	0.2705	137	0.1979	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.88-4.44	0.22	145	0.1664	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.45-5.6	0.2225	135	0.1598	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6-48.67	0.2191	138	0.1842	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.69

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.88551219487	-1.12240774585	0.707286104233	3.5475998763	-0.484256049916	3.56797068527	0.102822135893	0.378986683285	0.181518329509	-0.121246922017	-0.24132604853	-0.0114332439061	-0.0939409635241	0.0891926691312	-0.106937708111	0.377263317275	0.0269144811551	0.014941086206	0.503497244258	0.0251266111994	0.424835725502	42.7098747917	65.3158581402	55.8175789752
2	1.5362055391	-1.25454198883	0.808184520989	1.75056402749	-0.902215308765	1.51980314164	0.129455700898	0.875451327039	-0.643381534536	-0.412410872933	-0.309927742383	-0.0208034747077	0.511121386064	0.579723927127	-0.00262541058018	0.738364606571	0.0351897466596	0.0763243211635	0.873936917778	-0.0693753762912	0.731556361271	52.9717816585	47.9460076447	57.006752922
3	4.4250763731	-3.50756792034	-2.70231701991	4.78471738939	0.22991882588	6.51187645537	-0.270624164829	0.678191993131	-0.832926420908	-0.230712098744	-0.0319483454455	0.772419321176	0.950626841266	-0.139957501841	-0.671535672169	0.52691283107	0.307359629964	0.0092780740416	0.72428123457	0.0111624913852	0.4460108524	65.9629057647	44.407199728	58.2433777838
4	0.957654205971	0.0151780913505	-0.763649539783	1.35343469951	-0.351825085847	0.330114154909	0.361168219543	0.827756132867	0.273947679118	-0.33568100089	-0.627007816431	-0.341341090175	0.284651452505	0.698203015617	-4.31600895478E-5	0.5553349758	0.198662385478	0.0678945926992	0.979366610864	0.0507128371518	0.606989134995	64.483960247	49.8864364518	54.6365070133
5	6.01943196445	0.843498450969	-8.91389383297	8.10759426307	0.505383767159	1.99979593945	-0.0574218601477	0.135432305995	-0.0637465227491	0.111484369729	-0.0479468598381	0.0917256986623	0.0171730571365	-0.191610276115	-0.00410813153665	1.44547788692	0.00876497543036	-0.235064472961	1.64897663273	0.303530100971	1.431877769	28.8098164938	50.8751606705	48.9617975591
6	3.04576067509	-1.77382682544	0.338186247203	2.94357165603	-0.804201214695	3.70149548112	-0.130894415452	-0.042323986496	0.0723438173495	0.344375043747	-0.078537375042	-0.311263216421	0.0255498409634	0.415149546332	-0.0845332288034	0.56752282827	0.0242597006122	0.0357403065686	0.448491081655	0.0841094729559	0.531267879943	70.519118707	38.8041320758	84.3392153527
7	1.89084051089	-0.602897462173	0.449954520181	1.51890370691	-0.6471509801	0.843058850714	-0.157119975187	-0.337474005178	-0.245877936876	0.626034984995	0.140734744672	0.357756980535	-0.17506562705	-0.02508287717	5.08865996076E-5	0.805003218903	0.023112371352	0.100487587434	0.636781227756	0.0529626948129	0.735790902651	53.3081724084	48.2354745806	82.8820859984
8	2.76137733871	-3.6596907709	-0.247656693321	6.33670256056	1.69430242607	7.65138708025	0.224264423249	0.175573300517	-0.412053266475	0.759777264762	-0.0968399809511	0.910900845112	-0.0158409179146	-1.1136353111	-0.890337236052	0.586910671344	0.0882258741722	0.0797082662722	0.42506073311	0.100734381395	0.363439942055	49.2714294946	60.8989267117	81.7572279958
9	2.0748316296	-0.757971860584	0.0201042625507	1.06652982339	0.916918961649	0.543302617304	-0.447981611938	-0.255445245842	0.257851890815	0.83924256874	0.126099112075	-0.342194055978	-0.35069462809	-0.0681890836366	0.000408152902558	0.833003184835	0.0458658885945	-0.0591147595028	0.536610427277	0.0219411636055	0.595524009576	54.7016153228	59.5449158957	85.3821549761
10	4.92303868355	-1.55163420262	-4.00519996042	0.488650254894	1.26986160362	5.22129070739	0.0595541353268	0.0844878238357	-0.0773474744379	0.00275123314649	-0.0612456816389	-0.0267170768856	0.0544527103407	0.10773851267	-0.0122034469424	1.68334331012	-0.299054868345	-0.372763157178	1.33896458033	0.620786237664	1.93552930402	56.8531322687	23.979649068	91.4882268406

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 161 )	A	A	1 - 161	1 - 156
2	2	chain 'A' and (resid 162 through 281 )	A	A	162 - 281	157 - 218
3	3	chain 'A' and (resid 282 through 315 )	A	A	282 - 315	219 - 252
4	4	chain 'A' and (resid 316 through 390 )	A	A	316 - 390	253 - 327
5	5	chain 'A' and (resid 391 through 391 )	A	A	391	328
6	6	chain 'B' and (resid 1 through 161 )	B	D	1 - 161	1 - 157
7	7	chain 'B' and (resid 162 through 281 )	B	D	162 - 281	158 - 218
8	8	chain 'B' and (resid 282 through 315 )	B	D	282 - 315	219 - 252
9	9	chain 'B' and (resid 316 through 390 )	B	D	316 - 390	253 - 327
10	10	chain 'B' and (resid 391 through 391 )	B	D	391	328

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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