PDB-9hgd: Crystal structure of human GABARAP in complex with cyclic peptide...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hgd

タイトル

Crystal structure of human GABARAP in complex with cyclic peptide GAB_D23

要素

GAB_D23
Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

キーワード

PROTEIN BINDING / autophagy-related protein / cyclic peptide / GABARAP / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Macroautophagy / beta-tubulin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Ueffing, A. / Wilms, J.A. / Willbold, D. / Weiergraeber, O.H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Accurate de novo design of high-affinity protein-binding macrocycles using deep learning.
著者: Rettie, S.A. / Juergens, D. / Adebomi, V. / Bueso, Y.F. / Zhao, Q. / Leveille, A.N. / Liu, A. / Bera, A.K. / Wilms, J.A. / Uffing, A. / Kang, A. / Brackenbrough, E. / Lamb, M. / Gerben, S.R. ...

履歴

登録	2024年11月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hgd.cif.gz	163.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hgd.ent.gz	114.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hgd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hgd_validation.pdf.gz	470.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hgd_full_validation.pdf.gz	471.2 KB	表示
XML形式データ	9hgd_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	9hgd_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/9hgd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/9hgd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9cdtC 9cduC 9cdvC 9hgcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-DC-1979522808 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (2) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

B: GAB_D23

C: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

D: GAB_D23

ヘテロ分子

31.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

B: GAB_D23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

D: GAB_D23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.630, 43.790, 67.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 128.378, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-107- HOH

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / GABA(A) receptor-associated protein / MM46 分子量: 14086.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAP, FLC3B, HT004 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O95166
#2: タンパク質・ペプチド	GAB_D23 分子量: 1491.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: cyclic peptide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 164分子

#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M MES pH 5, 30% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM07 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20.02 Å / Num. obs: 39046 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.85 % / B_iso Wilson estimate: 24.39 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 13.34
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 6.62 % / Mean I/σ(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 2844 / CC_1/2: 0.346 / R_rim(I) all: 3.389 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→18.42 Å / SU ML: 0.2385 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.9106
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	1949	5 %
R_work	0.1878	37000	-
obs	0.1896	38949	97.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→18.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2192	0	35	158	2385

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0057	2637
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8357	3595
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0804	363
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0086	481
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.5537	1027

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.54	0.435	135	0.4255	2550	X-RAY DIFFRACTION	94.18
1.54-1.58	0.3882	136	0.3676	2595	X-RAY DIFFRACTION	95.12
1.58-1.63	0.3335	138	0.3265	2621	X-RAY DIFFRACTION	97.49
1.63-1.68	0.2941	139	0.3057	2633	X-RAY DIFFRACTION	97.57
1.68-1.74	0.3203	137	0.2684	2594	X-RAY DIFFRACTION	97.33
1.74-1.81	0.2757	138	0.2456	2629	X-RAY DIFFRACTION	97.16
1.81-1.89	0.288	138	0.2157	2622	X-RAY DIFFRACTION	95.83
1.89-1.99	0.2521	137	0.1994	2601	X-RAY DIFFRACTION	97.68
1.99-2.11	0.2258	142	0.191	2678	X-RAY DIFFRACTION	97.92
2.11-2.28	0.2224	140	0.186	2669	X-RAY DIFFRACTION	98.84
2.28-2.5	0.2152	140	0.1846	2657	X-RAY DIFFRACTION	97.29
2.51-2.87	0.2226	142	0.1844	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.05
2.87-3.61	0.1906	142	0.1656	2701	X-RAY DIFFRACTION	97.63
3.61-18.42	0.194	145	0.1562	2762	X-RAY DIFFRACTION	98.28

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.05794158142	-2.05661783732	-1.73033684263	5.84494578405	2.31855909116	5.95256783168	-0.652991966248	-0.507164553415	-0.498035142988	0.806894398169	0.514527630692	1.12971548294	0.526897074975	-0.926826113903	0.101962020543	0.29426960497	0.0383298194497	0.0300102310859	0.357744904292	0.0381595073668	0.436581450173	0.931484968223	-8.91365068288	24.1860937186
2	2.01853237627	0.014234021334	0.162743812511	4.02574310101	-2.00593928499	4.46857360053	0.0539028079266	0.131693240395	-0.109243133818	0.176539447917	-0.161633663796	-0.217789377176	-0.122380558887	0.655106559754	0.115859573395	0.144946243415	0.0254204052119	-0.00817263670535	0.261432609322	-0.037855647841	0.216647134977	8.02368594251	2.69798196294	20.3989771588
3	7.14157631827	3.72353382161	3.22205125631	4.90168149308	-0.0169243587911	2.47033533454	0.207088327369	0.367336701297	-1.56971502386	-0.239712340348	-0.120428597442	0.91490904814	0.117158120878	-0.0895791623911	0.0780442533612	0.32461535313	0.0691023413805	-0.0244630117873	0.323036951384	-0.164814261082	0.786399211718	-5.38204376156	-11.099913407	13.0624352641
4	4.5668075129	-0.662336202185	-0.100555712277	3.26099840151	-1.22051513717	2.17572087081	0.0230283698778	0.482988186157	-0.160323549764	-0.302077040892	-6.14105300113E-5	0.285146026266	0.144752389717	-0.257599143998	-0.00554127817315	0.182240480637	-0.00429589358394	-0.0469521719152	0.33680990986	-0.0254139046274	0.19253739953	-7.84704050533	1.84630190178	12.3524645769
5	6.49524873304	1.43567136549	3.02389430838	2.84769744334	0.9362896141	4.45071606696	0.299669050783	-0.376440164246	-0.677080327945	0.243363464763	-0.0915885660451	0.376553206145	0.274972985528	-0.440025519815	-0.174957549647	0.160775115762	0.00292127938661	-0.00923628988113	0.254929097457	0.0133678673643	0.33212618501	-6.28613975792	-3.05158839606	20.7153273014
6	3.86427249887	0.0540118894645	-3.61385404	3.54493001065	0.00348457655274	3.38692347524	0.476839386827	1.22826702258	0.397775948438	-0.589454348088	-0.302264285215	-0.510447780694	0.0251115800541	2.18220253795	-0.210044388524	0.36891790439	0.0676325181295	0.0712878016348	0.76705939088	-0.0202130286994	0.324745551194	7.39617058845	1.75304015865	8.15159369097
7	6.40097875219	-6.21510293382	6.33216410206	6.1342029524	-6.13396824473	6.31418646312	-1.06152432332	-2.52293657957	-0.328209627068	2.82905892689	1.02737041942	0.168131895325	-1.06942375631	-1.55854090041	0.245915236863	0.708905575461	0.0832620438391	0.0481412428935	0.606190178969	-0.0100359363237	0.407292247976	-33.5744562031	7.88542451436	19.377652891
8	2.22183540065	2.61579535673	-0.724910937018	6.29828229102	-5.08174203109	5.91779167871	0.494079834194	0.741261198552	1.27516052998	-0.153495854146	-0.341251678426	-0.752480757402	-0.159652405753	0.137059311157	-0.210035605006	0.316510804405	0.117701963984	0.0776823028168	0.381723983441	0.0210356577642	0.435555178282	-42.8369565108	10.9188753326	12.3017215786
9	2.90664131528	-1.5900692212	-1.24102026406	6.85905566066	5.47088000491	6.87381895087	0.0018706240843	0.149633481268	0.0301512190424	-0.238788253306	-0.224151374399	0.217820712057	-0.149589397373	-0.81755422979	0.310234476865	0.218637469794	0.00201914427027	-0.0231922954952	0.442166766203	0.00124060089767	0.242618133334	-49.0881046338	-0.615061214169	10.6982983696
10	5.87539692268	2.13946937866	0.463896358043	3.75239411279	0.389667558141	3.51997357422	-0.158456648005	0.591798270806	0.115917732784	-0.159059408006	-0.0650286830847	0.139158485248	-0.0798282445919	-0.18828987782	0.247256853081	0.15404106643	0.0201647945892	-0.00732314172754	0.330755369053	-0.00188516530536	0.134753769571	-33.5611246615	0.112235685138	6.81209594259
11	7.89016981827	-1.87761424701	3.20835590469	6.88201945343	-6.18462339409	6.89107787589	-0.16554729746	0.925022808229	-0.180754724431	-0.079443782141	0.0721721513894	0.0861368014802	-0.0955780196333	-0.202926445704	0.124790934993	0.264034503296	0.0156985060521	0.0398755992668	0.457404311105	-0.0172981719826	0.217606757101	-24.9174889121	-1.36726339404	3.94261449078
12	0.0695410675648	-0.243623106482	0.0175837412424	1.60979449595	0.419124552412	0.147561564275	-0.0938080300424	1.40435875832	0.758140530509	-0.412321404043	0.074072058303	0.0143084915274	0.0293909801663	-0.0827195932502	-0.0326741824699	0.268012549306	-0.0173000678192	0.00817998819182	0.738810275639	0.162259415008	0.299727802242	-19.868538335	4.64371216203	7.87189600856
13	9.74169200213	2.29380706289	0.787199663727	3.04117414229	0.0789531491811	2.694725874	-0.191956440847	-0.176495164391	-0.892214332361	-0.0186557732764	0.139088966466	-0.190760461559	0.134447733539	-0.0402958822321	0.0442857720898	0.196542014382	0.00388675437246	0.00748551655609	0.243919083626	0.0195928672534	0.258538226937	-30.3317323272	-7.03534657211	16.6635995808
14	7.61447993143	-4.60495991331	1.94828632061	3.44931902406	-3.48480542639	9.36975602916	-0.165689917899	0.00671603625849	0.139964213415	0.24613638113	0.072579136048	-0.156790669123	-0.48356196048	0.19916123686	0.088906441926	0.212179818318	-0.0204121749535	-0.00914946601137	0.37595586885	-0.0667086285974	0.260508096678	-42.8414563355	-1.74615931289	16.2808878069
15	4.95336486997	0.0252581549868	-1.13085790379	3.52302273739	-0.735697702511	4.22992330416	-0.0749816228905	-0.208292150126	0.760520644327	0.12455460983	-0.115097805892	-0.0666290089025	-0.351643070445	0.324963616592	0.191061325545	0.199295000961	0.00579792141053	-0.0146823579535	0.259764802082	0.0144464739208	0.252941802548	-25.7748622219	6.27837350269	15.3088828619
16	3.39594616157	1.33885015149	-3.64826207459	2.3794559513	0.78364043456	6.65922693412	0.217369884323	2.13667993686	-0.240551692743	-1.02111950945	-0.364627025781	0.177128373425	-0.38146379455	0.245336961518	0.153880616021	0.580144307597	0.108971549025	-0.0190741478039	0.778050831509	-0.0222313652146	0.278050685968	-39.7896275493	-1.09980401594	-1.32349985847

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -1 through 10 )	A	A	-1 - 10	1 - 12
2	2	chain 'A' and (resid 11 through 35 )	A	A	11 - 35	13 - 37
3	3	chain 'A' and (resid 36 through 47 )	A	A	36 - 47	38 - 49
4	4	chain 'A' and (resid 48 through 98 )	A	A	48 - 98	50 - 100
5	5	chain 'A' and (resid 99 through 117 )	A	A	99 - 117	101 - 119
6	6	chain 'B' and (resid 1 through 13 )	B	E	1 - 13	1 - 13
7	7	chain 'C' and (resid -1 through 3 )	C	F	-1 - 3	1 - 5
8	8	chain 'C' and (resid 4 through 10 )	C	F	4 - 10	6 - 12
9	9	chain 'C' and (resid 11 through 24 )	C	F	11 - 24	13 - 26
10	10	chain 'C' and (resid 25 through 56 )	C	F	25 - 56	27 - 58
11	11	chain 'C' and (resid 57 through 68 )	C	F	57 - 68	59 - 70
12	12	chain 'C' and (resid 69 through 80 )	C	F	69 - 80	71 - 82
13	13	chain 'C' and (resid 81 through 98 )	C	F	81 - 98	83 - 100
14	14	chain 'C' and (resid 99 through 104 )	C	F	99 - 104	101 - 106
15	15	chain 'C' and (resid 105 through 117 )	C	F	105 - 117	107 - 119
16	16	chain 'D' and (resid 1 through 13 )	D	J	1 - 13	1 - 13

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD

-
非ポリマー , 5種, 164分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD

-非ポリマー , 5種, 164分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD

-
非ポリマー , 5種, 164分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)