PDB-9hfj: Crystal structure of the NTE domain of SusCdex (BT3090) dextran t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hfj

タイトル

Crystal structure of the NTE domain of SusCdex (BT3090) dextran transporter

要素

SusC homolog

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / NTE / TBDT / SusC / TonB / Bacteroides

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Feasey, M. / Basle, A. / van den Berg, B.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the NTE domain of SusCdex (BT3090) dextran transporter
著者: Feasey, M. / Basle, A. / van den Berg, B.

履歴

登録	2024年11月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hfj.cif.gz	34.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hfj.ent.gz	20.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hfj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hfj_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hfj_full_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示
XML形式データ	9hfj_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	9hfj_validation.cif.gz	10.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/9hfj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/9hfj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SusC homolog

ヘテロ分子

9.66 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SusC homolog

ヘテロ分子

A: SusC homolog

ヘテロ分子

A: SusC homolog

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
29 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.084, 62.084, 53.202
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- NI
2	1	A-381- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	SusC homolog / BT3090 (SusCdex) NTE 分子量: 8987.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Includes natural BT3090 residues 30-104. 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_3090 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q8A365

-
非ポリマー , 6種, 94分子

#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION 分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.89844 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.89844 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→23.99 Å / Num. obs: 15041 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.051 / Χ²: 0.91 / Net I/σ(I): 21.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
7.54-23.99	11.1	0.024	91.3	97	0.999	0.011	0.027	1.14	97.6
1.4-1.42	5.2	0.632	1.8	768	0.712	0.451	0.782	0.68	96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ収集
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→23.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 1.169 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2064	773	5.14 %
R_work	0.1749	14265	-
all	0.176	-	-
obs	-	15038	99.735 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.406 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.218 Å²	0.109 Å²	-0 Å²
2-	-	0.218 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.707 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→23.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	590	0	38	85	713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	640
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.195	1.788	854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.845	5	83
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.747	10	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.478	10	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	446
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.362	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.71	1.722	330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.337	2.981	408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.602	2.353	310
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.928	3.965	445
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.88	31.568	965

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.289	69	0.263	1031	0.265	1136	0.95	0.958	96.831	0.251
1.436-1.476	0.277	46	0.245	1034	0.246	1081	0.955	0.966	99.9075	0.229
1.476-1.518	0.296	47	0.217	1000	0.221	1047	0.941	0.973	100	0.196
1.518-1.565	0.24	45	0.195	955	0.197	1000	0.967	0.977	100	0.171
1.565-1.616	0.211	58	0.194	952	0.195	1010	0.974	0.977	100	0.173
1.616-1.672	0.203	55	0.186	914	0.187	969	0.972	0.979	100	0.167
1.672-1.735	0.255	65	0.172	866	0.177	931	0.962	0.982	100	0.156
1.735-1.806	0.273	44	0.165	839	0.17	883	0.964	0.983	100	0.149
1.806-1.885	0.177	47	0.166	806	0.167	853	0.978	0.983	100	0.153
1.885-1.977	0.194	30	0.159	775	0.16	805	0.979	0.986	100	0.15
1.977-2.083	0.205	40	0.161	749	0.164	789	0.976	0.987	100	0.154
2.083-2.208	0.193	54	0.175	683	0.176	737	0.981	0.984	100	0.168
2.208-2.359	0.21	32	0.164	657	0.166	689	0.978	0.984	100	0.159
2.359-2.546	0.201	41	0.167	600	0.169	641	0.973	0.982	100	0.164
2.546-2.786	0.259	24	0.181	560	0.184	584	0.96	0.981	100	0.176
2.786-3.11	0.209	17	0.175	531	0.176	548	0.98	0.981	100	0.172
3.11-3.581	0.152	22	0.171	455	0.17	477	0.985	0.982	100	0.171
3.581-4.361	0.184	27	0.15	374	0.152	401	0.976	0.985	100	0.153
4.361-6.068	0.186	8	0.166	298	0.166	306	0.982	0.982	100	0.169
6.068-23.99	0.396	2	0.215	186	0.217	188	0.997	0.975	100	0.216

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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