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- PDB-9heh: Structure of the ligand binding domain of the chemoreceptor MkcA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9heh
タイトルStructure of the ligand binding domain of the chemoreceptor MkcA (DSOMK10_RS0100305) of Dickeya solani MK10 in complex with choline
要素Methyl-accepting chemotaxis protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / chemotactic transducer / CHEMORECEPTOR / Ligand binding domain
機能・相同性CHOLINE ION / :
機能・相同性情報
生物種Dickeya solani MK10 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Rico-Jimenez, M. / Matilla, M.A.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2019-103972GA-I00 スペイン
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2020-116261GB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Microbiol Res / 年: 2025
タイトル: Acetylcholine chemotaxis in global bacterial plant pathogens.
著者: Gavira, J.A. / Gilabert, M.J. / Santamaria-Hernando, S. / Molina-Ollero, A. / Rico-Jimenez, M. / Cabrera, J.J. / Lopez-Solanilla, E. / Matilla, M.A.
履歴
登録2024年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3857
ポリマ－33,8761
非ポリマー5096
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area13870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.714, 67.185, 53.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein


分子量: 33876.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dickeya solani MK10 (バクテリア)
遺伝子: trg_19, FGLHLNJM_03480, HAT90_03954, I2625_07850, O0557_07220
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AAP1TQ45

-
非ポリマー , 5種, 273分子

#2: 化合物 ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン


分子量: 104.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris hydrochloride pH 8.5, 30% w/v PEG 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen blowing / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→67.18 Å / Num. obs: 47135 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 317463
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.658 / Num. measured all: 15953 / Num. unique obs: 2329 / CC1/2: 0.592 / Rpim(I) all: 0.682 / Rrim(I) all: 1.795 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 1.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→53.35 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2016 2368 5.03 %
Rwork0.1739 --
obs0.1753 47077 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→53.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2206 0 32 267 2505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072450
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9073356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.343969
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007441
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.530.32571640.32342585X-RAY DIFFRACTION100
1.53-1.560.32921520.30232609X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.60.3031370.27962641X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.640.30691470.25082587X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.680.22321380.23952649X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.730.23051470.2312597X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.790.24631320.21142628X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.850.26331480.20192614X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.930.23371220.19882642X-RAY DIFFRACTION100
1.93-2.020.19831310.16952628X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.120.20021300.15832637X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.260.18781440.17082621X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.430.20581300.16432634X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.670.19841370.16232639X-RAY DIFFRACTION100
2.67-3.060.2311180.17082668X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.860.18041640.15192622X-RAY DIFFRACTION100
3.86-53.350.13871270.13772708X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2634-0.03220.28011.01360.00630.6877-0.129-0.02740.03250.53030.26520.3927-0.4737-0.1870.03810.28220.04930.03010.17620.00510.1742-19.707814.549320.5105
20.50060.09030.2671.0243-0.02330.7902-0.01680.0117-0.0680.12230.0418-0.0581-0.0394-0.0430.00210.12360.00410.00030.12440.00040.1331-13.9334-9.968120.6663
3-0.0284-0.07910.3380.2556-0.54970.49730.01210.0879-0.05720.03960.0070.0279-0.04390.0884-00.20310.0109-0.030.17390.00630.1612-15.210519.15076.0858
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 23 through 70 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 71 through 210 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 211 through 306 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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