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- PDB-9he0: Crystal structure of CyuA C289A mutant from Methanococcus maripal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9he0
タイトルCrystal structure of CyuA C289A mutant from Methanococcus maripaludis with [4Fe-4S] clusters in complex with glycerol
要素L-cysteine desulfidase
キーワードLYASE / L-cysteine desulfidase / iron-sulfur cluster / sulfur metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


L-cysteine desulfidase / L-cysteine catabolic process to pyruvate / L-cysteine desulfhydrase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised protein family UPF0597 / Serine dehydratase-like, alpha subunit / Serine dehydratase alpha chain
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / L-cysteine desulfidase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcus maripaludis S2 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Gervason, S. / Pecqueur, L. / Golinelli-Pimpaneau, B.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-11-labx-0011 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-22-CE44-0012 フランス
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Insights into the phylogenetic distribution, structure and function of [4Fe-4S]-dependent L-cysteine desulfidase, an enzyme that supplies sulfide to the archeon Methanococcus maripaludis
著者: Golinelli-Pimpaneau, B.
履歴
登録2024年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-cysteine desulfidase
B: L-cysteine desulfidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6036
ポリマ－87,7152
非ポリマー8874
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-MALS analysis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area29740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.694, 73.694, 251.349
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 149 or resid 154 through 402))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 149 or resid 154 through 402))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11METMETASNASNAA1 - 1493 - 151
d_12GLUGLULYSLYSAA154 - 393156 - 395
d_13SF4SF4SF4SF4AC401
d_14GOLGOLGOLGOLAD402
d_21METMETASNASNBB1 - 1493 - 151
d_22GLUGLULYSLYSBB154 - 393156 - 395
d_23SF4SF4SF4SF4BE401
d_24GOLGOLGOLGOLBF402

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.995431523731, -0.0679510511555, -0.0670726189226), (0.0934445357437, -0.837568029412, -0.538282374638), (-0.0196010280833, -0.54209081412, 0.840091274175) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.995431523731, -0.0679510511555, -0.0670726189226), (0.0934445357437, -0.837568029412, -0.538282374638), (-0.0196010280833, -0.54209081412, 0.840091274175)
ベクター: 19.4081162478, -35.6137874709, -10.1358423632)

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要素

#1: タンパク質 L-cysteine desulfidase / L-cysteine desulfhydrase


分子量: 43857.711 Da / 分子数: 2 / 変異: C289A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis S2 (古細菌)
遺伝子: MMP1468 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6LX84, L-cysteine desulfidase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.24 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: ANAEROBY (<1.5 ppm O2) 12% w/v PEG 4000 0.1M tri-sodium citrate dihydrate pH 5.5 0.1M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月13日
放射モノクロメーター: Si filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.18→19.9 Å / Num. obs: 11320 / % possible obs: 81.3 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 110.96 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.449 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.461 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル

Num. unique obs: 566 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
9.297-19.90.10820.8370.99680.0270.111
7.447-9.2890.13318.6220.99550.0310.136
6.514-7.4440.21612.4820.99360.0490.222
5.919-6.5140.3249.1840.98550.0730.333
5.489-5.9180.4276.8370.9820.1020.439
5.16-5.4880.4227.160.9770.10.434
4.886-5.1560.4277.5720.97080.0980.438
4.673-4.8860.4447.4420.97630.1010.455
4.49-4.6730.5256.6080.97160.1190.538
4.328-4.490.6365.7920.97410.1440.652
4.195-4.3280.725.0630.94850.1620.738
4.067-4.1950.9314.1730.94070.2080.955
3.961-4.0670.94381.1783.4710.2641.208
3.859-3.9611.3633.0620.8870.3151.4
3.77-3.8591.6542.5520.83740.3781.697
3.686-3.771.8052.3540.8050.4351.858
3.614-3.6862.411.90.69260.5552.474
3.532-3.6142.9061.6940.6860.6632.982
3.423-3.5323.3151.5460.59930.7613.403
3.184-3.4224.3831.3240.5030.9974.496

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5data processing
XDSJun 30, 2023データ削減
STARANISO2.4.9データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.21.2-5419精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.18→19.9 Å / SU ML: 0.4653 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.7535
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 562 4.96 %RANDOM
Rwork0.2095 10758 --
obs0.2111 11320 81.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.18→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6005 0 28 0 6033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216117
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48628247
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04966
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00341034
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.16692293
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.03960591788 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.18-3.50.319490.3061916X-RAY DIFFRACTION28.37
3.5-4.010.29681350.26023111X-RAY DIFFRACTION95.05
4.01-5.030.24281620.20323311X-RAY DIFFRACTION100
5.04-19.90.21412160.18333420X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.9421126938 Å / Origin y: -25.561305498 Å / Origin z: 20.176464727 Å
111213212223313233
T0.490947853948 Å20.0597414544084 Å20.015149378946 Å2-0.627857105251 Å20.0319412628155 Å2--0.440809996756 Å2
L1.90495153273 °2-0.200842245312 °20.505205463262 °2-1.28734305156 °2-0.0796414680649 °2--1.08423634074 °2
S0.148880044548 Å °0.0430766848338 Å °0.0677052047851 Å °-0.097819385973 Å °-0.0604645079382 Å °-0.0358856702398 Å °0.0478875403739 Å °0.0835314539155 Å °-0.0956053551234 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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