PDB-9hds: Variant T321N of Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-domain ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hds

タイトル

Variant T321N of Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-domain of human UMPS in complex with the product UMP and the nucleotide TMP at 0.86 Angstrom resolution

要素

Uridine 5'-monophosphate synthase

キーワード

LYASE / Uridine 5'-monophosphate synthase Pyrimidine metabolism Homo sapiens

機能・相同性

機能・相同性情報

UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / UDP biosynthetic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.86 Å

データ登録者

Kirck, L.L. / Tittmann, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Expected and Unexpected "Guests" at the Active Site of Human Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase.
著者: Kirck, L.L. / Santagostino, E. / Brandhoff, L. / Simeth, N.A. / Tittmann, K.

履歴

登録	2024年11月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hds.cif.gz	189.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hds.ent.gz	152.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hds.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hds_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hds_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9hds_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	9hds_validation.cif.gz	26.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/9hds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/9hds	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hdtC 9hduC 9hdvC 9hdxC 9hdyC 9hdzC 9hilC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (4) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (4)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (1)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uridine 5'-monophosphate synthase

ヘテロ分子

29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uridine 5'-monophosphate synthase

ヘテロ分子

A: Uridine 5'-monophosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
58 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.640, 117.320, 60.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-670- HOH
2	1	A-755- HOH

#1: タンパク質	Uridine 5'-monophosphate synthase / UMP synthase 分子量: 28216.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Asparagine inserted instead of Thr321 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UMPS, OK/SW-cl.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P11172, orotate phosphoribosyltransferase, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE 分子量: 324.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PRO / PROLINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂
#4: 化合物	ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE 分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₂O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Tris/HCl pH 7.0, 1.7 - 1.9 M Ammonium sulfate, 10 mM Glutathion pH 8.0, 5% (w/v) Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.7293 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月22日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7293 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.86→30.43 Å / Num. obs: 251072 / % possible obs: 97.29 % / 冗長度: 11.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.05936 / Net I/σ(I): 19.01
反射シェル	解像度: 0.86→0.8907 Å / Num. unique obs: 21443 / CC_1/2: 0.448

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 0.86→30.43 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1351	12540	5 %
R_work	0.127	-	-
obs	0.1274	250741	97.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.86→30.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1968	0	50	327	2345

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2364
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.171	3235
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.828	921
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	355
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	429

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.86-0.87	0.3644	334	0.3701	6285	X-RAY DIFFRACTION	77
0.87-0.88	0.3048	351	0.3406	6658	X-RAY DIFFRACTION	83
0.88-0.89	0.3601	378	0.3308	7194	X-RAY DIFFRACTION	89
0.89-0.9	0.3002	405	0.3183	7704	X-RAY DIFFRACTION	95
0.9-0.91	0.2979	407	0.2927	7737	X-RAY DIFFRACTION	95
0.91-0.93	0.2906	410	0.2697	7769	X-RAY DIFFRACTION	96
0.93-0.94	0.26	415	0.2463	7873	X-RAY DIFFRACTION	97
0.94-0.95	0.2341	418	0.2272	7950	X-RAY DIFFRACTION	98
0.95-0.97	0.2189	422	0.2019	8009	X-RAY DIFFRACTION	99
0.97-0.98	0.1818	425	0.1739	8080	X-RAY DIFFRACTION	99
0.98-1	0.1486	423	0.1612	8043	X-RAY DIFFRACTION	99
1-1.02	0.1491	424	0.1425	8036	X-RAY DIFFRACTION	99
1.02-1.04	0.1409	422	0.1271	8042	X-RAY DIFFRACTION	99
1.04-1.06	0.1258	425	0.1108	8071	X-RAY DIFFRACTION	100
1.06-1.08	0.1102	428	0.0995	8124	X-RAY DIFFRACTION	100
1.08-1.11	0.1044	426	0.0876	8092	X-RAY DIFFRACTION	100
1.11-1.14	0.0958	427	0.0836	8124	X-RAY DIFFRACTION	100
1.14-1.17	0.0892	428	0.0829	8118	X-RAY DIFFRACTION	100
1.17-1.2	0.098	427	0.0847	8116	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2-1.24	0.0914	430	0.0878	8167	X-RAY DIFFRACTION	100
1.24-1.28	0.1191	427	0.0941	8106	X-RAY DIFFRACTION	100
1.28-1.34	0.1072	428	0.0929	8143	X-RAY DIFFRACTION	100
1.34-1.4	0.1108	430	0.0948	8156	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.47	0.1003	429	0.0959	8158	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.56	0.1119	430	0.099	8184	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.68	0.1112	432	0.0995	8202	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.85	0.1178	434	0.1086	8261	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-2.12	0.1195	433	0.1129	8224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.67	0.1279	436	0.1241	8283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-30.43	0.1594	436	0.1539	8292	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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