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万見
- PDB-9hdr: Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hdr
タイトルHuman LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex with EN domain resolved
要素
  • (Target DNA strand ...) x 4
  • LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein
  • Template P(A)30 RNA
  • Unassigned Nucleic Acid
キーワードRNA BINDING PROTEIN / LINE-1 / L1 / ORF2p / Reverse transcriptase / endonuclease / DNA / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid metabolic process / retrotransposition / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring ...nucleic acid metabolic process / retrotransposition / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / type II site-specific deoxyribonuclease activity / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / RNA-directed DNA polymerase activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / condensed nuclear chromosome / cell chemotaxis / RNA-directed DNA polymerase / protein tag activity / telomerase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / DNA recombination / periplasmic space / DNA damage response / RNA binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein ...Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Ubiquitin-like protein SMT3
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ghanim, G.E. / Hu, H. / Nguyen, T.H.D.
資金援助 英国, 米国, European Union, 3件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/19 英国
Jane Coffin Childs (JCC) Fund 米国
European Molecular Biology Organization (EMBO)European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Structural mechanism of LINE-1 target-primed reverse transcription.
著者: George E Ghanim / Hongmiao Hu / Jerome Boulanger / Thi Hoang Duong Nguyen /
要旨: Long interspersed element-1 (LINE-1) retrotransposons are the only active autonomous transposable elements in humans. They propagate by reverse transcribing their messenger RNA into new genomic ...Long interspersed element-1 (LINE-1) retrotransposons are the only active autonomous transposable elements in humans. They propagate by reverse transcribing their messenger RNA into new genomic locations by a process called target-primed reverse transcription (TPRT). In this work, we present four cryo-electron microscopy structures of the human LINE-1 TPRT complex, revealing the conformational dynamics of open reading frame 2 protein (ORF2p) and its extensive remodeling of the target DNA for TPRT initiation. We observe nicking of the DNA second strand during reverse transcription of the first strand. Structure prediction identifies high-confidence binding sites for LINE-1-associated factors-namely proliferating cell nuclear antigen (PCNA) and cytoplasmic poly(A)-binding protein 1 (PABPC1)-on ORF2p. Together with our structural data, this suggests a mechanism by which these factors regulate retrotransposition and supports a model for TPRT that accounts for retrotransposition outcomes observed in cells.
履歴
登録2024年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein
B: Target DNA strand 1
C: Target DNA strand 2
D: Template P(A)30 RNA
E: Target DNA strand 3
F: Target DNA strand 4
G: Unassigned Nucleic Acid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,68810
ポリマ－252,1327
非ポリマー5563
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Target DNA strand ... , 4種, 4分子 BCEF

#2: DNA鎖 Target DNA strand 1


分子量: 11424.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Modified from de novo LINE-1 insertion event into the FVIII gene
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 Target DNA strand 2


分子量: 9144.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Modified from de novo LINE-1 insertion event into the FVIII gene
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: DNA鎖 Target DNA strand 3


分子量: 7900.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Modified from de novo LINE-1 insertion event into the FVIII gene
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#6: DNA鎖 Target DNA strand 4


分子量: 5905.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Modified from de novo LINE-1 insertion event into the FVIII gene
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / RNA鎖 / DNA鎖 , 3種, 3分子 ADG

#1: タンパク質 LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / ORF2p


分子量: 206717.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
細胞株: High 5 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, SMT3, YDR510W, D9719.15 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q12306, UniProt: O00370, RNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'- ...参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q12306, UniProt: O00370, RNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#4: RNA鎖 Template P(A)30 RNA


分子量: 9831.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized 30 nucleotide Poly(A) sequence
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#7: DNA鎖 Unassigned Nucleic Acid


分子量: 1207.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 3分子

#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#10: 化合物 ChemComp-D3T / 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / ddTTP


タイプ: DNA OH 3 prime terminus / 分子量: 466.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O13P3

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex with EN domain resolvedCOMPLEXThe human LINE-1 retrotransposon mobilizes using the encoded ORF2p protein by a mechanism called target-primed reverse transcription.#1-#70RECOMBINANT
2ORF2pCOMPLEXLINE-1 ORF2p protein#11RECOMBINANT
3Target DNACOMPLEXTarget DNA idealized from a de novo LINE-1 insertion into the FVIII gene#2-#3, #5-#61RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.268 MDaNO
210.206 MDaNO
310.052 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
21Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111High 5
32Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111High 5
43Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111High 5
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPESC8H18N2O4S1
2500 mMpotassium acetateCH3CO2K1
31.5 mMmagnesium acetateMg(CH3COO)21
410 uMzinc acetateZn(CH3COO)21
51 mMDTTC4H10O2S21
60.5 mMPMSFC7H7FO2S1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 22000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 5.82 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION5粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Coot0.9.8.92モデルフィッティング
8ISOLDE1.8モデルフィッティング
9UCSF ChimeraX1.8モデルフィッティング
11PHENIX1.21.1-5286モデル精密化
12Servalcat0.4.72モデル精密化
13RELION5初期オイラー角割当
14RELION5最終オイラー角割当
15RELION5分類
16RELION5３次元再構成
画像処理詳細: All images were processed using RELION5.0 and CryoSPARC 4.5.3
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4568277
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 121941 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Chain residue range: 1-1275
詳細: Initial model was an alphaFold 2 prediction and was rebuilt into the density.
Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化解像度: 3.1→154.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / SU B: 16.343 / SU ML: 0.277 / ESU R: 0.34
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rwork0.31862 --
obs0.31862 151900 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 142.267 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 12203
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.01212649
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0010.01611390
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.4671.83117423
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.6281.77926416
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.475.3211678
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg5.486561
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg10.931102113
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.130.2081995
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0050.0213181
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.022689
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it9.31613.4475050
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other9.31113.4465049
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it15.18924.2356309
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other15.1924.2356310
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it10.26314.8147599
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other10.26214.8147599
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other17.47826.64811115
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined26.815202.4565723
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other26.815202.4565724
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.181 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.862 11223 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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