PDB-9hdm: Crystal structure of Pyrimidine Nucleoside 2'-Hydroxylase (PDN2'H...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hdm

タイトル

Crystal structure of Pyrimidine Nucleoside 2'-Hydroxylase (PDN2'H) from Neurospora crassa in complex with thymidine

要素

Clavaminate synthase-like protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase / nucleoside hydroxylase

機能・相同性

Isopenicillin N synthase-like superfamily / metal ion binding / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / : / THYMIDINE / Clavaminate synthase-like protein

機能・相同性情報

生物種

Neurospora crassa (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Friedrich, F. / Genz, F. / Einsle, O. / Mueller, M. / Fessner, N.D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Identification and Characterization of Pyrimidine Nucleoside 2'-Hydroxylase
著者: Genz, F. / Friedrich, F. / Lonarz, C. / Einsle, O. / Jung, M. / Muller, M. / Fessner, N.D.

履歴

登録	2024年11月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hdm.cif.gz	307.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hdm.ent.gz	246.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hdm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hdm_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hdm_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9hdm_validation.xml.gz	37 KB	表示
CIF形式データ	9hdm_validation.cif.gz	52.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/9hdm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/9hdm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hdlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Clavaminate synthase-like protein

B: Clavaminate synthase-like protein

ヘテロ分子

85.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Clavaminate synthase-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Clavaminate synthase-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.983, 108.293, 115.732
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Clavaminate synthase-like protein 分子量: 42508.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: NCU02560 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SHQ5

-
非ポリマー , 6種, 661分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-THM / THYMIDINE / DEOXYTHYMIDINE / 2'-DEOXYTHYMIDINE タイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 242.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL 分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M MgCl2 x 6 H2O and 0.1 M HEPES at pH 7.5; Co-crystallized with 15 mM thymidine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM07 / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→115.73 Å / Num. obs: 106321 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 17.1 / Num. measured all: 1406879
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 2.827 / Num. measured all: 70054 / Num. unique obs: 5222 / CC_1/2: 0.535 / R_pim(I) all: 0.799 / R_rim(I) all: 2.939 / Χ²: 0.88 / Net I/σ(I) obs: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
autoPROC		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→40.96 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2007	5425	5.11 %
R_work	0.1745	-	-
obs	0.1758	106195	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→40.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5264	0	47	654	5965

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5493
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.844	7484
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.996	2046
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	845
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	983

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.3881	167	0.3404	3360	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.59	0.3821	178	0.3255	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.61	0.3144	183	0.2981	3305	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.63	0.3072	192	0.2742	3300	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.65	0.2776	175	0.2652	3300	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.67	0.2646	181	0.2482	3352	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.69	0.2548	190	0.2416	3311	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2635	192	0.2199	3302	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.2376	186	0.2056	3312	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.77	0.2111	203	0.2027	3318	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8	0.2291	184	0.2059	3341	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.84	0.233	148	0.1991	3356	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.87	0.2412	187	0.2078	3314	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.91	0.2452	159	0.2082	3343	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.95	0.2026	185	0.1938	3352	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2	0.1986	180	0.1865	3343	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.05	0.2151	197	0.1791	3328	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1	0.1936	183	0.1743	3322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.17	0.1974	212	0.1674	3331	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.24	0.1877	162	0.1661	3391	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.32	0.2153	180	0.1733	3371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.41	0.2072	187	0.1762	3352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.52	0.2006	182	0.1773	3380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.65	0.1956	150	0.1672	3380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.82	0.2013	186	0.1685	3373	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.03	0.1907	188	0.1742	3387	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.34	0.2031	157	0.1665	3411	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.82	0.1595	196	0.1499	3432	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.81	0.162	166	0.1341	3499	X-RAY DIFFRACTION	100
4.81-40.96	0.1968	189	0.1689	3611	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -14.7004 Å / Origin y: 21.0525 Å / Origin z: -34.677 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1757 Å²	0.009 Å²	0.0129 Å²	-	0.1633 Å²	0.0191 Å²	-	-	0.1914 Å²
L	0.5002 °²	0.2574 °²	0.4594 °²	-	0.3698 °²	0.2327 °²	-	-	0.7325 °²
S	-0.0121 Å °	0.0116 Å °	-0.0183 Å °	-0.0056 Å °	0.0079 Å °	-0.013 Å °	0.0106 Å °	0.0239 Å °	0.0046 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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