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- PDB-9hd5: Crystal structure of CD73 (ecto-5'-nucleotidase) in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hd5
タイトルCrystal structure of CD73 (ecto-5'-nucleotidase) in complex with the AOPCP derivative PSB19427 in the closed state
要素5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE / ecto-5-nucleotidase / AMP hydrolysis / inhibition / PET tracer
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process ...thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process / : / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / Nicotinate metabolism / Purine catabolism / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / leukocyte cell-cell adhesion / DNA metabolic process / response to ATP / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / ATP metabolic process / calcium ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / cell surface / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase signature 1. / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.911 Å
データ登録者Strater, N. / Moschuetz, S. / Dobelmann, C. / Schmies, C.C. / Jacobson, K.A. / Muller, C.E. / Junker, A.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)JU 2966/2-2 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB 1328 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Positron emission tomography (PET) tracer enables imaging of CD73 expression in cancer
著者: Dobelmann, C. / Schmies, C.C.
履歴
登録2024年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-nucleotidase
B: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,3988
ポリマ－119,7262
非ポリマー1,6726
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area39960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.635, 233.367, 54.058
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 5'-nucleotidase / 5'-NT / 5'-deoxynucleotidase / Ecto-5'-nucleotidase / IMP-specific 5'-nucleotidase / Thymidylate 5'- ...5'-NT / 5'-deoxynucleotidase / Ecto-5'-nucleotidase / IMP-specific 5'-nucleotidase / Thymidylate 5'-phosphatase


分子量: 59863.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5E, NT5, NTE / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P21589, thymidylate 5'-phosphatase, 5'-nucleotidase, 5'-deoxynucleotidase, 7-methylguanosine nucleotidase, IMP-specific 5'-nucleotidase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-A1IT6 / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2-chloranyl-6-[[4-[1-(2-fluoranylethyl)-1,2,3-triazol-4-yl]phenyl]methyl-propyl-amino]purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]methylphosphonic acid


分子量: 704.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H32ClFN8O9P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% PEG 6000, 0.1 M BisTrisPropane pH 7.0, 10 mM PSB19427, 10 microM ZnCl2, 10 mM Tris pH 8.0, 20 % PEG200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→49.37 Å / Num. obs: 16993 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 56.9 Å2 / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.951 / Rpim(I) all: 0.279 / Rrim(I) all: 0.992 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.91→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 8.048 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 849 / CC1/2: 0.122 / Rpim(I) all: 2.606 / Rrim(I) all: 8.493

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (18-SEP-2020)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.911→49.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.633
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2725 978 5.76 %RANDOM
Rwork0.1896 ---
obs0.1942 16993 63.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2176 Å20 Å20 Å2
2--4.3723 Å20 Å2
3----3.1547 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.911→49.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7974 0 96 118 8188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0088278HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0611229HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2905SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1457HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8278HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.59
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1061SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7064SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.911→2.99 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4649 -3.1 %
Rwork0.2412 344 -
obs--16.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.89570.4511.1944.69941.57071.6307-0.16240.19560.00170.32570.119-0.17830.00870.08070.04340.01850.0475-0.1138-0.12470.0274-0.231921.669113.54997.5404
20.5279-0.7985-0.06336.4060.69331.51260.23890.0603-0.0195-0.3679-0.031-0.2238-0.0374-0.0003-0.20790.201-0.0181-0.0362-0.30690.0504-0.308819.036245.15214.8602
31.5655-0.0924-1.27755.97031.37282.5876-0.2038-0.04290.08170.29790.069-0.17670.2219-0.0670.1348-0.0051-0.06980.0685-0.3231-0.0356-0.365320.316998.430819.4021
40.64181.1376-0.48746.4717-0.12410.37350.36450.0846-0.00770.9188-0.0533-0.1125-0.08230.0269-0.31110.3715-0.12010.08-0.29960.033-0.319718.956166.724122.0388
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|333 A|601 - A|602 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|334 - A|549 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|1 - B|333 B|601 - B|602 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|334 - B|549 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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