PDB-9hd4: LecB in complex with photoswitchable compound GTB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hd4

タイトル

LecB in complex with photoswitchable compound GTB

要素

Fucose-binding lectin PA-IIL

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN / CELL ADHESION / PHOTOSWITCHABLE LIGAND

機能・相同性

Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / carbohydrate binding / metal ion binding / : / Fucose-binding lectin PA-IIL

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.491 Å

データ登録者

Parisini, E. / Bhattacharya, S.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa LecB in complex with photoswitchable compound GTB
著者: Bhattacharya, S. / Parisini, E.

履歴

登録	2024年11月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hd4.cif.gz	470.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hd4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hd4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/9hd4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/9hd4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fucose-binding lectin PA-IIL

B: Fucose-binding lectin PA-IIL

C: Fucose-binding lectin PA-IIL

D: Fucose-binding lectin PA-IIL

ヘテロ分子

48.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.210, 83.720, 158.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Fucose-binding lectin PA-IIL 分子量: 11676.710 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: lecB, PA14_20610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2ZE85
#2: 化合物	ChemComp-A1IT5 / ~{N}-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl]-4-[(~{Z})-phenyldiazenyl]benzenesulfonamide 分子量: 421.467 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₃N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.3 / 詳細: 20% PEG 8K, 0.25M LiCl, 0.1M Sodium acetate pH 4.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.491→79.44 Å / Num. obs: 69682 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 1.491→1.516 Å / Num. unique obs: 3457 / CC_1/2: 0.319

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.491→79.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 4.675 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2148	3512	5.042 %
R_work	0.1478	66149	-
all	0.151	-	-
obs	-	69661	99.404 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.729 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.093 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.506 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.599 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.491→79.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3282	0	126	398	3806

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.011	3595
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	3140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.721	1.617	4953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.585	1.579	7317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.296	5	488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.269	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.654	10	505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.595	10	155
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	610
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4414
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	670
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	2912
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.146	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.089	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.255	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.283	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.805	1.447	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.805	1.447	1897
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.194	2.186	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.194	2.186	2393
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.858	2.032	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.856	2.032	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.124	2.911	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.122	2.912	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.689	33.114	3796
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.528	30.286	3703
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.053	3	6735

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.491-1.529	0.363	246	0.322	4877	0.324	5136	0.887	0.924	99.7469	0.316
1.529-1.571	0.302	264	0.27	4710	0.271	4974	0.917	0.942	100	0.263
1.571-1.617	0.287	233	0.23	4666	0.233	4900	0.928	0.959	99.9796	0.22
1.617-1.666	0.289	245	0.202	4466	0.207	4711	0.933	0.969	100	0.19
1.666-1.721	0.27	212	0.191	4363	0.195	4577	0.946	0.972	99.9563	0.176
1.721-1.781	0.264	242	0.174	4224	0.179	4466	0.954	0.978	100	0.153
1.781-1.849	0.228	224	0.148	4042	0.152	4266	0.969	0.987	100	0.127
1.849-1.924	0.261	184	0.157	3932	0.161	4120	0.959	0.982	99.9029	0.133
1.924-2.01	0.204	184	0.123	3801	0.127	3985	0.975	0.989	100	0.099
2.01-2.108	0.216	173	0.131	3620	0.135	3796	0.969	0.986	99.921	0.105
2.108-2.221	0.214	196	0.112	3414	0.117	3611	0.973	0.992	99.9723	0.094
2.221-2.356	0.216	167	0.131	3234	0.135	3433	0.96	0.986	99.0679	0.108
2.356-2.519	0.198	157	0.099	3081	0.103	3238	0.979	0.989	100	0.085
2.519-2.72	0.187	145	0.11	2725	0.113	2982	0.974	0.992	96.2441	0.098
2.72-2.979	0.179	160	0.117	2637	0.121	2797	0.979	0.991	100	0.111
2.979-3.331	0.169	138	0.115	2390	0.118	2528	0.98	0.992	100	0.111
3.331-3.845	0.16	121	0.117	1923	0.12	2233	0.985	0.991	91.536	0.12
3.845-4.706	0.207	81	0.132	1789	0.135	1931	0.965	0.989	96.841	0.143
4.706-6.644	0.188	100	0.16	1411	0.162	1511	0.985	0.986	100	0.178
6.644-79.44	0.187	40	0.193	844	0.192	884	0.983	0.97	100	0.215

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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