[日本語] English
万見
- PDB-9hck: Structure of P167S/D240G/D172A/S104G BlaC from Mycobacterium tube... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hck
タイトルStructure of P167S/D240G/D172A/S104G BlaC from Mycobacterium tuberculosis at pH 5.5
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sun, J. / Bruenle, S. / Ubbink, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Scholarship Council 中国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Directed evolution of a beta-lactamase samples a wide variety of conformational states.
著者: Sun, J. / Timmer, M. / Brunle, S. / Boyle, A.L. / Ubbink, M.
履歴
登録2024年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5517
ポリマ－28,1311
非ポリマー4206
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area11150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.875, 54.642, 54.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Ambler class A beta-lactamase


分子量: 28130.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: blaC, blaA, Rv2068c, MTCY49.07c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WKD3, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris buffer, pH 5.5 2 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→38.44 Å / Num. obs: 20155 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 1.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 20155 / CC1/2: 0.861

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→38.44 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 24.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1881 1076 5.35 %
Rwork0.1518 --
obs0.1538 20124 67.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1955 0 22 291 2268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.787
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.573718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008363
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.670.2604170.221439X-RAY DIFFRACTION12
1.67-1.760.2517420.2203995X-RAY DIFFRACTION28
1.76-1.870.2404890.20631600X-RAY DIFFRACTION46
1.87-2.020.21021110.18032272X-RAY DIFFRACTION64
2.02-2.220.20162160.15843147X-RAY DIFFRACTION91
2.22-2.540.19512050.15523493X-RAY DIFFRACTION99
2.54-3.20.20652240.15543511X-RAY DIFFRACTION99
3.2-38.440.1531720.13383591X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る