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- PDB-9hci: structure of the double Cys-substituted cross-linked AcrB variant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hci
タイトルstructure of the double Cys-substituted cross-linked AcrB variant S562C_T837C
要素
  • DARPIN
  • Multidrug efflux pump subunit AcrB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / RND multidrug efflux pump / antimicrobial resistance / intermediate conformational state / crosslinked structure
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / fatty acid transport / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRADECANE / DECANE / DODECANE / nonane / HEXANE / N-OCTANE / Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Brandstaetter, L. / Mueller, R.T. / Pos, K.M.
資金援助 スイス, ドイツ, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
University of Zurich スイス
German Research Foundation (DFG)SFB 807 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular mechanism of transition-state inhibitors of bacterial antibiotic efflux pumps
著者: Boernsen, C. / Mueller, R.T. / Pos, K.M.
履歴
登録2024年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug efflux pump subunit AcrB
B: Multidrug efflux pump subunit AcrB
C: Multidrug efflux pump subunit AcrB
D: DARPIN
E: DARPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)389,32850
ポリマ－380,8985
非ポリマー8,43045
水21,8881215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area42140 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area120790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.710, 165.300, 244.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B


分子量: 114754.398 Da / 分子数: 3 / 変異: S562C, T837C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: disulfide bond between S562C and T837C / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655 / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / プラスミド: pET24a / 詳細 (発現宿主): pET24a_acrB_S562C_T837C / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3)DELTAacrB / 参照: UniProt: P31224
#2: タンパク質 DARPIN


分子量: 18317.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pQE30 / 詳細 (発現宿主): pQE30_110819 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue

-
糖 , 1種, 8分子

#3: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 9種, 1252分子

#4: 化合物
ChemComp-D10 / DECANE


分子量: 142.282 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-D12 / DODECANE


分子量: 170.335 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#7: 化合物 ChemComp-HEX / HEXANE


分子量: 86.175 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#8: 化合物 ChemComp-C14 / TETRADECANE


分子量: 198.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30
#9: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE


分子量: 114.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#10: 化合物 ChemComp-DD9 / nonane


分子量: 128.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20
#11: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.23 % / 解説: Rod-shaped crystals
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05M ADA, pH 6.5, 0.2M ammonium sulfate, 8% PEG4000, 5.1% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99997 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月19日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.69 Å / Num. obs: 181397 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 8.4 % / CC1/2: 0.982 / Net I/σ(I): 7.09
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / Num. unique obs: 17959 / CC1/2: 0.683 / % possible all: 99.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB-REDO8.11精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→47.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 18.063 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2299 9291 5.1 %RANDOM
Rwork0.18974 ---
obs0.19177 172106 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.783 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.18 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3---1.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25975 0 576 1215 27766
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01727022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01626696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2891.8236576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4611.57761412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9275.173535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.029104447
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.24320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0230828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4231.45613672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4211.45613672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.2932.61117083
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.2932.61217084
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.6212.13513350
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.6262.13613351
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.9673.61519494
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.44115.0730335
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.45514.8830033
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 652 -
Rwork0.338 12595 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6676-0.0388-0.10850.3611-0.23980.85340.1340.00060.31860.0813-0.0375-0.015-0.39540.0251-0.09650.1961-0.02560.08450.39740.00170.154829.387-15.288-16.494
20.3101-0.10070.05880.5521-0.39050.44640.08240.2758-0.006-0.2953-0.02710.13660.1796-0.0727-0.05530.19120.0363-0.08690.53640.00060.048429.191-41.57-52.379
30.57850.0241-0.07270.1513-0.0940.61080.06320.18110.1085-0.0653-0.072-0.0386-0.05190.13650.00890.05190.01880.03120.46090.06780.033167.671-26.444-34.003
42.36180.22151.30511.33660.14994.11240.0042-0.0306-0.1021-0.0123-0.06290.2638-0.0315-0.40910.05870.1154-0.1128-0.0480.3139-0.09990.18191.075-75.406-24.619
54.2351-1.6556-0.85464.24980.8592.6583-0.075-0.77330.62050.48560.1171-0.4929-0.35360.1738-0.04210.187-0.1444-0.07210.73-0.08880.115946.585-39.41927.753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 1044
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 1033
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 1033
4X-RAY DIFFRACTION4D12 - 166
5X-RAY DIFFRACTION5E14 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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