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- PDB-9hcd: Mouse mitoribosome large subunit assembly intermediate (with uL16... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hcd
タイトルMouse mitoribosome large subunit assembly intermediate (with uL16m) bound to MRM3-dimer, DDX28 and the MALSU-L0R8F8-mt-ACP complex, state A2 (SAMC knock-out)
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 44
  • 16S rRNA (1584-MER)
  • Acyl carrier protein, mitochondrial
  • Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1
  • Predicted gene, 55359
  • Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28
  • rRNA methyltransferase 3, mitochondrial
  • tRNA-Phe (68-MER)
キーワードRIBOSOME / mitochondria / large subunit / assembly intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / ribonucleoprotein granule / negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / Protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Complex I biogenesis / positive regulation of mitochondrial translation ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / ribonucleoprotein granule / negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / Protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Complex I biogenesis / positive regulation of mitochondrial translation / Respiratory electron transport / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / ribonuclease III activity / : / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial protein degradation / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial fission / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit binding / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial translation / [2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial nucleoid / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / respiratory chain complex I / RNA processing / cytosolic ribosome / rescue of stalled cytosolic ribosome / aerobic respiration / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / cellular response to leukemia inhibitory factor / ribosomal large subunit biogenesis / fatty acid biosynthetic process / cell junction / double-stranded RNA binding / 5S rRNA binding / RNA helicase activity / mitochondrial inner membrane / rRNA binding / nuclear body / structural constituent of ribosome / RNA helicase / ribosome / translation / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / nucleotide binding / apoptotic process / nucleolus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA 2-O ribose methyltransferase, substrate binding / : / MRM3-like substrate binding domain / RNA 2'-O ribose methyltransferase substrate binding / : / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / MIEF1-MP, LYR domain / Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / Ribosomal silencing factor during starvation ...RNA 2-O ribose methyltransferase, substrate binding / : / MRM3-like substrate binding domain / RNA 2'-O ribose methyltransferase substrate binding / : / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / MIEF1-MP, LYR domain / Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / Ribosomal silencing factor during starvation / : / Mitochondrial ribosomal protein L48 / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Ribosomal protein L53, mitochondrial / 39S ribosomal protein L53/MRP-L53 / 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S32 / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L37/S30 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / : / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Mitoribosomal protein mL52 / : / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / : / MRPL44 dsRNA-binding domain / Large ribosomal subunit protein mL44, endonuclease domain / : / : / Large ribosomal subunit protein bL9m C-terminal domain / Large ribosomal subunit protein bL9m N-terminal domain / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / : / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal subunit 39S / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosomal protein L27 / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / PEBP-like superfamily / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Complex 1 LYR protein domain / Complex 1 protein (LYR family) / : / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Beta-grasp domain superfamily / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / NTF2-like domain superfamily / Acyl carrier protein (ACP) / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Nucleotidyltransferase superfamily / Phosphopantetheine attachment site / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Phosphopantetheine attachment site. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Phosphopantetheine attachment site
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Predicted gene, 55359 / Large ribosomal subunit protein uL23m / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein bL9m ...FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Predicted gene, 55359 / Large ribosomal subunit protein uL23m / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein bL9m / rRNA methyltransferase 3, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein uL22m / Large ribosomal subunit protein mL48 / Large ribosomal subunit protein mL38 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein mL62 / Large ribosomal subunit protein mL50 / Large ribosomal subunit protein mL37 / Large ribosomal subunit protein mL66 / Large ribosomal subunit protein uL16m / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein uL15m / Large ribosomal subunit protein mL42 / Large ribosomal subunit protein mL54 / Large ribosomal subunit protein mL51 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein uL11m / Large ribosomal subunit protein mL63 / Large ribosomal subunit protein bL20m / Large ribosomal subunit protein uL18m / Large ribosomal subunit protein mL41 / Acyl carrier protein, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein mL64 / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28 / Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1 / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein mL65 / Large ribosomal subunit protein mL45 / Large ribosomal subunit protein mL52 / Large ribosomal subunit protein bL28m / Large ribosomal subunit protein mL53 / Large ribosomal subunit protein uL14m / Large ribosomal subunit protein bL21m / Large ribosomal subunit protein uL13m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein uL2m / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein uL4m / Large ribosomal subunit protein mL46 / Large ribosomal subunit protein mL39 / Large ribosomal subunit protein mL40
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.63 Å
データ登録者Singh, V. / Rorbach, J. / Freyer, C. / Amunts, A. / Wredenberg, A.
資金援助 スウェーデン, デンマーク, 3件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
Novo Nordisk Foundation デンマーク
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: The mitochondrial methylation potential gates mitoribosome assembly.
著者: Ruth I C Glasgow / Vivek Singh / Lucía Peña-Pérez / Alissa Wilhalm / Marco F Moedas / David Moore / Florian A Rosenberger / Xinping Li / Ilian Atanassov / Mira Saba / Miriam Cipullo / ...著者: Ruth I C Glasgow / Vivek Singh / Lucía Peña-Pérez / Alissa Wilhalm / Marco F Moedas / David Moore / Florian A Rosenberger / Xinping Li / Ilian Atanassov / Mira Saba / Miriam Cipullo / Joanna Rorbach / Anna Wedell / Christoph Freyer / Alexey Amunts / Anna Wredenberg /
要旨: S-adenosylmethionine (SAM) is the principal methyl donor in cells and is essential for mitochondrial gene expression, influencing RNA modifications, translation, and ribosome biogenesis. Using direct ...S-adenosylmethionine (SAM) is the principal methyl donor in cells and is essential for mitochondrial gene expression, influencing RNA modifications, translation, and ribosome biogenesis. Using direct long-read RNA sequencing in mouse tissues and embryonic fibroblasts, we show that processing of the mitochondrial ribosomal gene cluster fails in the absence of mitochondrial SAM, leading to an accumulation of unprocessed precursors. Proteomic analysis of ribosome fractions revealed these precursors associated with processing and assembly factors, indicating stalled biogenesis. Structural analysis by cryo-electron microscopy demonstrated that SAM-dependent methylation is required for peptidyl transferase centre formation during mitoribosome assembly. Our findings identify a critical role for SAM in coordinating mitoribosomal RNA processing and large subunit maturation, linking cellular methylation potential to mitochondrial translation capacity.
履歴
登録2024年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月9日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_related
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月16日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S rRNA (1584-MER)
B: tRNA-Phe (68-MER)
D: Large ribosomal subunit protein uL2m
E: Large ribosomal subunit protein uL3m
F: Large ribosomal subunit protein uL4m
H: Large ribosomal subunit protein bL9m
I: Large ribosomal subunit protein uL10m
J: Large ribosomal subunit protein uL11m
K: Large ribosomal subunit protein uL13m
L: Large ribosomal subunit protein uL14m
M: Large ribosomal subunit protein uL15m
N: Large ribosomal subunit protein uL16m
O: Large ribosomal subunit protein bL17m
P: Large ribosomal subunit protein uL18m
Q: Large ribosomal subunit protein bL19m
R: Large ribosomal subunit protein bL20m
S: Large ribosomal subunit protein bL21m
T: Large ribosomal subunit protein uL22m
U: Large ribosomal subunit protein uL23m
V: Large ribosomal subunit protein uL24m
X: Large ribosomal subunit protein bL28m,Large ribosomal subunit protein bL32m
Y: Large ribosomal subunit protein uL29m
Z: Large ribosomal subunit protein uL30m
0: Large ribosomal subunit protein bL32m
5: Large ribosomal subunit protein mL37
6: Large ribosomal subunit protein mL38
7: Large ribosomal subunit protein mL39
8: Large ribosomal subunit protein mL40
9: Large ribosomal subunit protein mL41
a: Large ribosomal subunit protein mL42
b: Large ribosomal subunit protein mL43
c: Large ribosomal subunit protein mL44
d: Large ribosomal subunit protein mL45
e: Large ribosomal subunit protein mL46
f: Large ribosomal subunit protein mL48
g: Large ribosomal subunit protein mL49
h: Large ribosomal subunit protein mL50
i: Large ribosomal subunit protein mL51
j: Large ribosomal subunit protein mL52
k: Large ribosomal subunit protein mL53
l: Large ribosomal subunit protein mL54
o: Large ribosomal subunit protein mL63
p: Large ribosomal subunit protein mL62
q: Large ribosomal subunit protein mL64
r: Large ribosomal subunit protein mL66
s: Large ribosomal subunit protein mL65
u: Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1
v: Predicted gene, 55359
w: Acyl carrier protein, mitochondrial
x: rRNA methyltransferase 3, mitochondrial
y: rRNA methyltransferase 3, mitochondrial
z: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,862,48054
ポリマ－1,862,23952
非ポリマー2412
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 16S rRNA (1584-MER)


分子量: 508601.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 10336604
#2: RNA鎖 tRNA-Phe (68-MER)


分子量: 21862.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 10336604

+
Large ribosomal subunit protein ... , 44種, 44分子 DEFHIJKLMNOPQRSTUVXYZ056789abc...

#3: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2m / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / L2mt / MRP-L2


分子量: 27168.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D773
#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3m / 39S ribosomal protein L3 / mitochondrial / L3mt / MRP-L3


分子量: 39170.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q99N95
#5: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4m / 39S ribosomal protein L4 / mitochondrial / L4mt / MRP-L4


分子量: 33120.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DCU6
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL9m / 39S ribosomal protein L9 / mitochondrial


分子量: 30896.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q3UK02
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL10m / 39S ribosomal protein L10 / mitochondrial / L10mt / MRP-L10


分子量: 29438.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q3TBW2
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL11m / 39S ribosomal protein L11 / mitochondrial / L11mt / MRP-L11


分子量: 20714.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQF0
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13m / 39S ribosomal protein L13 / mitochondrial / L13mt / MRP-L13


分子量: 20707.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D1P0
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14m / 39S ribosomal protein L14 / mitochondrial / L14mt / MRP-L14


分子量: 15900.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D1I6
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15m / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / L15mt / MRP-L15


分子量: 33595.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CPR5
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16m / 39S ribosomal protein L16 / mitochondrial / L16mt / MRP-L16


分子量: 28850.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q99N93
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17m / 39S ribosomal protein L17 / mitochondrial / L17mt / MRP-L17


分子量: 20282.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D8P4
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18m / 39S ribosomal protein L18 / mitochondrial / L18mt / MRP-L18


分子量: 20707.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQL5
#15: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19m / 39S ribosomal protein L19 / mitochondrial / L19mt / MRP-L19


分子量: 33628.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D338
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20m / 39S ribosomal protein L20 / mitochondrial / L20mt / MRP-L20


分子量: 17631.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQL4
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21m / 39S ribosomal protein L21 / mitochondrial / L21mt / MRP-L21


分子量: 23401.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D1N9
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22m / 39S ribosomal protein L22 / mitochondrial / L22mt / MRP-L22


分子量: 23847.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BU88
#19: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23m / 39S ribosomal protein L23 / mitochondrial / L23mt / MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein


分子量: 17145.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O35972
#20: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24m / 39S ribosomal protein L24 / mitochondrial / L24mt / MRP-L24


分子量: 24986.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQ06
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28m,Large ribosomal subunit protein bL32m / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / L28mt / MRP-L28 / 39S ribosomal protein L32 / ...39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / L28mt / MRP-L28 / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / L32mt / MRP-L32 / Heart-expressed gene 1 protein


分子量: 34560.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D1B9, UniProt: Q9DCI9
#22: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29m / 39S ribosomal protein L47 / mitochondrial / L47mt / MRP-L47


分子量: 29786.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8K2Y7
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30m / 39S ribosomal protein L30 / mitochondrial / L30mt / MRP-L30


分子量: 18380.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D7N6
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32m / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / L32mt / MRP-L32 / Heart-expressed gene 1 protein


分子量: 21766.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DCI9
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL37 / 39S ribosomal protein L37 / mitochondrial / L37mt / MRP-L37


分子量: 48407.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q921S7
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL38 / 39S ribosomal protein L38 / mitochondrial / L38mt / MRP-L38


分子量: 45099.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8K2M0
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL39 / 39S ribosomal protein L39 / mitochondrial / L39mt / MRP-L39


分子量: 38603.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9JKF7
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL40 / 39S ribosomal protein L40 / mitochondrial / L40mt / MRP-L40 / Nuclear localization signal- ...39S ribosomal protein L40 / mitochondrial / L40mt / MRP-L40 / Nuclear localization signal-containing protein deleted in velocardiofacial syndrome homolog


分子量: 24347.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9Z2Q5
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL41 / 39S ribosomal protein L41 / mitochondrial / L41mt / MRP-L41


分子量: 15284.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQN7
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL42 / 28S ribosomal protein S32 / mitochondrial / MRP-S32 / S32mt / 39S ribosomal protein L31 / L31mt / ...28S ribosomal protein S32 / mitochondrial / MRP-S32 / S32mt / 39S ribosomal protein L31 / L31mt / MRP-L31 / 39S ribosomal protein L42 / L42mt / MRP-L42


分子量: 16521.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CPV3
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL43


分子量: 17905.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q5RL20
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL44 / 39S ribosomal protein L44 / mitochondrial / L44mt / MRP-L44


分子量: 34912.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q9CY73, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#33: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL45 / 39S ribosomal protein L45 / mitochondrial / L45mt / MRP-L45


分子量: 35463.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D0Q7
#34: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL46 / 39S ribosomal protein L46 / mitochondrial / L46mt / MRP-L46


分子量: 32175.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9EQI8
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL48 / 39S ribosomal protein L48 / mitochondrial / L48mt / MRP-L48


分子量: 23989.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8JZS9
#36: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL49 / 39S ribosomal protein L49 / mitochondrial / L49mt / MRP-L49


分子量: 19161.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQ40
#37: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL50 / 39S ribosomal protein L50 / mitochondrial / L50mt / MRP-L50


分子量: 18241.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8VDT9
#38: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL51 / 39S ribosomal protein L51 / mitochondrial / L51mt / MRP-L51 / bMRP-64 / bMRP64


分子量: 15132.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CPY1
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL52 / 39S ribosomal protein L52 / mitochondrial / L52mt / MRP-L52


分子量: 13681.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D0Y8
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL53 / 39S ribosomal protein L53 / mitochondrial / L53mt / MRP-L53


分子量: 12756.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D1H8
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL54 / 39S ribosomal protein L54 / mitochondrial / L54mt / MRP-L54


分子量: 15450.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CPW3
#42: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL63 / Mitochondrial ribosomal protein 63 / Mitochondrial ribosomal protein L57 / Ribosomal protein 63 / ...Mitochondrial ribosomal protein 63 / Mitochondrial ribosomal protein L57 / Ribosomal protein 63 / mitochondrial / mMRP63


分子量: 11974.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQF8
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL62 / 39S ribosomal protein L58 / mitochondrial / MRP-L58 / Immature colon carcinoma transcript 1 protein ...39S ribosomal protein L58 / mitochondrial / MRP-L58 / Immature colon carcinoma transcript 1 protein homolog / Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1


分子量: 23519.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8R035, peptidyl-tRNA hydrolase
#44: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL64 / 39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / Growth arrest and DNA damage-inducible ...39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1


分子量: 25865.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CR59
#45: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL66 / 28S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / 28S ribosomal protein S18a / MRP-S18-a / ...28S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / 28S ribosomal protein S18a / MRP-S18-a / Mrps18a / S18mt-a


分子量: 22363.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q99N85
#46: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL65 / 28S ribosomal protein S30 / mitochondrial / MRP-S30 / S30mt


分子量: 50005.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D0G0

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タンパク質 , 5種, 6分子 uvwxyz

#47: タンパク質 Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1


分子量: 26055.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CWV0
#48: タンパク質 Predicted gene, 55359


分子量: 8444.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A0A2I3BQS8
#49: タンパク質 Acyl carrier protein, mitochondrial / ACP / CI-SDAP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 17390.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CR21
#50: タンパク質 rRNA methyltransferase 3, mitochondrial / 16S rRNA (guanosine(1370)-2'-O)-methyltransferase / 16S rRNA [Gm1370] 2'-O-methyltransferase / RNA ...16S rRNA (guanosine(1370)-2'-O)-methyltransferase / 16S rRNA [Gm1370] 2'-O-methyltransferase / RNA methyltransferase-like protein 1


分子量: 46868.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q5ND52, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#51: タンパク質 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28 / Mitochondrial DEAD box protein 28


分子量: 59592.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CWT6, RNA helicase

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非ポリマー , 2種, 2分子

#52: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#53: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Assembly intermediate of the mitoribosome large subunit
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #24-#29, #1-#23, #30-#51 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8965 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00299359
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.396140103
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.8923620
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03316393
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00313579

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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