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- PDB-9hba: Crystal structure of C35 bound to Hem -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hba
タイトルCrystal structure of C35 bound to Hem
要素(Hemoglobin subunit ...) x 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Inhibitor / drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / oxygen carrier activity / hydrogen peroxide catabolic process / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Heme signaling / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / platelet aggregation / regulation of blood pressure / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / inflammatory response / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ACETIC ACID / CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / TRIETHYLENE GLYCOL / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Brear, P. / Marchesani, F. / De Bei, O. / Spyrakis, F. / Lazzarato, L. / Ronda, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of C35 bound to Hem
著者: Marchesani, F. / De Bei, O. / Brear, P. / Spyrakis, F. / Lazzarato, L. / Ronda, L.
履歴
登録2024年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,82748
ポリマ－62,0814
非ポリマー6,74644
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19380 Å2
ΔGint-323 kcal/mol
Surface area22310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.178, 92.178, 142.973
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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Hemoglobin subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBA1, HBA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P68871

-
非ポリマー , 9種, 367分子

#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-A1ITR / 4-[2-[[5-(1H-indol-3-yl)-1,3,4-oxadiazol-2-yl]sulfanyl]ethanoylamino]benzoic acid / 4-[[2-[[5-(1H-indol-3-yl)-1,3,4-oxadiazol-2-yl]sulfanyl]acetyl]amino]benzoate


分子量: 394.404 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14N4O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE


分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#8: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#9: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.0 M Ammonium sulfate; 1% (w/v) MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→53.255 Å / Num. obs: 110596 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.51→1.54 Å / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 4.399 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 5481 / CC1/2: 0.324 / Rpim(I) all: 1.178 / Rrim(I) all: 4.559

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
xia2データスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.51→53.255 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.481 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2149 5451 4.961 %
Rwork0.1844 104424 -
all0.186 --
obs-109875 99.403 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31.198 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20.315 Å20 Å2
2--0.63 Å2-0 Å2
3----2.043 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→53.255 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4363 0 412 323 5098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0124929
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0154445
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5551.7076743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5481.62510273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2865576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.615512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.68610712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.0110182
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02998
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2560.21167
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1820.24122
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.22364
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0690.22417
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2510.243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2650.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1270.222
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0570.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3113.042309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2673.0392308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6544.5472878
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6554.5472879
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.163.5472620
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.163.5492621
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.725.1293865
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7195.133866
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.82248.6645714
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.82248.6695715
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.51-1.5490.4723680.43770330.43880510.4820.57191.92650.433
1.549-1.5920.3963730.39475420.39479180.8670.86599.96210.395
1.592-1.6380.3423850.35372760.35376620.8880.87899.98690.357
1.638-1.6880.3434070.32370400.32474470.8870.8981000.325
1.688-1.7440.3063630.28768740.28872370.9210.9291000.285
1.744-1.8050.2853250.24966620.25169870.9330.9511000.238
1.805-1.8730.2493260.21664370.21767640.9570.96699.98520.197
1.873-1.9490.2253160.19162260.19365420.9650.9741000.169
1.949-2.0360.2113090.17358990.17562090.9730.9899.98390.148
2.036-2.1350.2162990.16357170.16660170.9720.98399.98340.139
2.135-2.250.2073000.15254120.15557120.9740.9851000.128
2.25-2.3860.1762580.14951310.1553890.980.9861000.125
2.386-2.5510.1782480.14548630.14751110.980.9881000.122
2.551-2.7550.2032550.16144870.16347420.9730.9841000.139
2.755-3.0170.1992250.15841630.1643880.9740.9851000.14
3.017-3.3710.2011730.1738110.17139840.9730.9821000.154
3.371-3.890.1841830.16233690.16335520.980.9841000.157
3.89-4.7580.181430.16228840.16330270.9810.9841000.165
4.758-6.7030.261160.21222670.21523830.9710.9761000.219
6.703-53.2550.19790.17913310.1814100.980.9791000.202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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