PDB-9hb0: Crystal structure of Plasmodium falciparum Plasmepsin X in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hb0

タイトル

Crystal structure of Plasmodium falciparum Plasmepsin X in complex with the hydroxyethylamine drug 7k.

要素

Plasmepsin X

キーワード

HYDROLASE / Aspartyl protease / hydroxyethylamine inhibitor / complex / non-covalent.

機能・相同性

機能・相同性情報

MHC class II antigen presentation / Neutrophil degranulation / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / protein autoprocessing / transport vesicle / protein processing / aspartic-type endopeptidase activity / lysosome / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Withers-Martinez, C. / George, R. / Ogrodowicz, R. / Kunzelmann, S. / Purkiss, A. / Kjaer, S. / Walker, P. / Kovada, V. / Jirgensons, A. / Blackman, M.J.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: Structural Plasticity of Plasmodium falciparum Plasmepsin X to Accommodate Binding of Potent Macrocyclic Hydroxyethylamine Inhibitors.
著者: Withers-Martinez, C. / George, R. / Ogrodowicz, R. / Kunzelmann, S. / Purkiss, A.G. / Kjaer, S. / Walker, P.A. / Kovada, V. / Jirgensons, A. / Blackman, M.J.

履歴

登録	2024年11月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hb0.cif.gz	323.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hb0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/9hb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/9hb0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Plasmepsin X

ヘテロ分子

41.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.95, 147.95, 147.95
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-753- HOH

#1: タンパク質	Plasmepsin X / PfPMX / Plasmepsin 10 分子量: 40426.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: PMX, PF3D7_0808200 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q8IAS0, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-A1ITU / (4S)-4-[(1R)-2-[2-(3-methoxyphenyl)propan-2-ylamino]-1-oxidanyl-ethyl]-16-propyl-3,16-diazatricyclo[16.3.1.1^{6,10}]tricosa-1(21),6,8,10(23),18(22),19-hexaene-2,17-dione 分子量: 585.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₄₇N₃O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.2 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 20% [w/v] PEG 4000, 0.2 M Magnesium sulfate, 10% [w/v] Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→104.62 Å / Num. obs: 59002 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 40.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 22.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9-104.62	37	0.042	447	0.999	0.009	0.043
1.7-1.73	40.2	6.873	3126	0.303	1.557	7.047

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
Aimless		データスケーリング
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→104.616 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 4.823 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2265	2835	4.806 %
R_work	0.1952	56157	-
all	0.197	-	-
obs	-	58992	99.997 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→104.616 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2538	0	48	199	2785

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	2491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.067	1.801	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.824	1.715	5760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.795	5	357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.92	9.688	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	6.36	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.084	10	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.786	10	123
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	420
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	650
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	448
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	2202
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.248	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.438	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.149	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.083	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.152	2.827	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.15	2.827	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.333	5.06	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.335	5.063	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.146	3.146	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.121	3.138	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.895	5.637	2079
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.866	5.621	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.29	29.087	3000
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.258	27.707	2953

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.327	210	0.361	4101	0.359	4311	0.914	0.904	100	0.359
1.744-1.792	0.332	218	0.323	4004	0.324	4222	0.925	0.933	100	0.314
1.792-1.844	0.334	207	0.286	3882	0.288	4089	0.94	0.948	100	0.267
1.844-1.901	0.266	183	0.257	3815	0.258	3998	0.954	0.958	100	0.227
1.901-1.963	0.249	222	0.229	3656	0.23	3878	0.96	0.966	100	0.197
1.963-2.032	0.216	146	0.217	3607	0.217	3753	0.969	0.97	100	0.185
2.032-2.109	0.259	151	0.213	3452	0.215	3603	0.959	0.971	100	0.182
2.109-2.195	0.211	190	0.198	3310	0.198	3500	0.972	0.976	100	0.17
2.195-2.292	0.213	170	0.192	3188	0.193	3358	0.97	0.977	100	0.165
2.292-2.404	0.226	160	0.193	3015	0.194	3175	0.972	0.977	100	0.168
2.404-2.534	0.237	133	0.191	2913	0.193	3046	0.964	0.977	100	0.168
2.534-2.688	0.232	125	0.195	2788	0.196	2913	0.971	0.976	100	0.176
2.688-2.873	0.23	128	0.191	2557	0.193	2685	0.969	0.978	100	0.176
2.873-3.103	0.217	131	0.187	2429	0.188	2560	0.971	0.979	100	0.177
3.103-3.399	0.198	103	0.188	2212	0.188	2315	0.977	0.98	100	0.187
3.399-3.8	0.24	87	0.18	2037	0.182	2124	0.967	0.981	100	0.19
3.8-4.387	0.155	75	0.169	1809	0.168	1884	0.985	0.983	100	0.191
4.387-5.37	0.194	89	0.15	1503	0.152	1592	0.98	0.987	100	0.182
5.37-7.585	0.256	54	0.22	1205	0.221	1259	0.974	0.977	100	0.261
7.585-104.616	0.313	53	0.233	674	0.238	729	0.928	0.964	99.7257	0.309

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 62.9095 Å / Origin y: 24.0416 Å / Origin z: -20.8567 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0329 Å²	0.0196 Å²	-0.0119 Å²	-	0.0796 Å²	0.0015 Å²	-	-	0.0213 Å²
L	2.5224 °²	0.1668 °²	1.0357 °²	-	1.0967 °²	0.5496 °²	-	-	1.3684 °²
S	-0.0173 Å °	-0.2871 Å °	-0.1103 Å °	-0.0964 Å °	-0.0238 Å °	0.1107 Å °	-0.0563 Å °	-0.2808 Å °	0.0411 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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