PDB-9hax: F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hax

タイトル

F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase

要素

Luciferase family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / glucose-6-phosphate dehydrogenase / F420

機能・相同性

F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase-related / : / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / Luciferase family protein

機能・相同性情報

生物種

Thermomicrobium roseum DSM 5159 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.513 Å

データ登録者

Palm, G.J. / Berndt, L. / Lammers, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of a coenzyme F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase from Thermomicrobium roseum
著者: Last, D. / Hasan, M. / Hemmann, J.T. / Kroeber, T.D.U. / Palm, G.J. / Lammers, M. / Lackner, G.

履歴

登録	2024年11月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hax.cif.gz	3.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hax.ent.gz	2.5 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hax.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/9hax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/9hax	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9havC 9hawC 9hayC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Luciferase family protein

B: Luciferase family protein

C: Luciferase family protein

D: Luciferase family protein

E: Luciferase family protein

F: Luciferase family protein

G: Luciferase family protein

H: Luciferase family protein

I: Luciferase family protein

J: Luciferase family protein

K: Luciferase family protein

L: Luciferase family protein

ヘテロ分子

512 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Luciferase family protein

B: Luciferase family protein

C: Luciferase family protein

D: Luciferase family protein

E: Luciferase family protein

F: Luciferase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, point group 32 (Hermann-Maugin)
256 kDa, 6 ポリマー
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2

G: Luciferase family protein

H: Luciferase family protein

I: Luciferase family protein

J: Luciferase family protein

K: Luciferase family protein

L: Luciferase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, point group 32 (Hermann-Maugin)
256 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	104.528, 239.408, 108.2
Angle α, β, γ (deg.)	90, 108.588, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
2	1	1	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
3	2	2	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
4	2	2	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
5	3	3	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
6	3	3	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
7	4	4	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
8	4	4	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
9	5	5	GLY	GLY	GLN	GLN	-2 - 336	31 - 369
10	5	5	GLY	GLY	GLN	GLN	-2 - 336	31 - 369
11	6	6	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
12	6	6	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
13	7	7	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
14	7	7	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
15	8	8	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
16	8	8	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
17	9	9	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
18	9	9	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
19	10	10	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
20	10	10	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
21	11	11	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
22	11	11	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
23	12	12	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
24	12	12	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
25	13	13	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
26	13	13	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
27	14	14	SER	SER	ALA	ALA	1 - 337	34 - 370
28	14	14	SER	SER	ALA	ALA	1 - 337	34 - 370
29	15	15	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
30	15	15	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
31	16	16	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
32	16	16	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
33	17	17	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
34	17	17	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
35	18	18	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
36	18	18	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
37	19	19	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
38	19	19	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
39	20	20	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
40	20	20	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
41	21	21	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
42	21	21	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
43	22	22	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
44	22	22	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
45	23	23	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
46	23	23	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
47	24	24	GLY	GLY	GLN	GLN	-2 - 336	31 - 369
48	24	24	GLY	GLY	GLN	GLN	-2 - 336	31 - 369
49	25	25	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
50	25	25	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
51	26	26	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
52	26	26	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
53	27	27	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
54	27	27	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
55	28	28	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
56	28	28	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
57	29	29	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
58	29	29	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
59	30	30	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
60	30	30	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
61	31	31	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
62	31	31	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
63	32	32	GLY	GLY	GLN	GLN	-2 - 336	31 - 369
64	32	32	GLY	GLY	GLN	GLN	-2 - 336	31 - 369
65	33	33	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
66	33	33	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
67	34	34	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
68	34	34	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
69	35	35	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
70	35	35	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
71	36	36	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
72	36	36	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
73	37	37	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
74	37	37	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
75	38	38	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
76	38	38	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
77	39	39	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
78	39	39	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
79	40	40	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
80	40	40	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
81	41	41	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
82	41	41	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
83	42	42	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
84	42	42	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
85	43	43	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
86	43	43	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
87	44	44	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
88	44	44	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
89	45	45	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
90	45	45	SER	SER	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
91	46	46	GLY	GLY	GLN	GLN	-2 - 336	31 - 369
92	46	46	GLY	GLY	GLN	GLN	-2 - 336	31 - 369
93	47	47	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
94	47	47	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
95	48	48	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
96	48	48	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
97	49	49	GLY	GLY	GLN	GLN	-2 - 336	31 - 369
98	49	49	GLY	GLY	GLN	GLN	-2 - 336	31 - 369
99	50	50	GLY	GLY	GLN	GLN	-2 - 336	31 - 369
100	50	50	GLY	GLY	GLN	GLN	-2 - 336	31 - 369
101	51	51	GLY	GLY	GLN	GLN	-2 - 336	31 - 369
102	51	51	GLY	GLY	GLN	GLN	-2 - 336	31 - 369
103	52	52	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
104	52	52	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
105	53	53	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
106	53	53	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
107	54	54	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
108	54	54	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
109	55	55	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
110	55	55	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
111	56	56	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
112	56	56	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
113	57	57	ARG	ARG	ALA	ALA	-1 - 337	32 - 370
114	57	57	ARG	ARG	ALA	ALA	-1 - 337	32 - 370
115	58	58	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
116	58	58	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
117	59	59	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
118	59	59	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
119	60	60	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
120	60	60	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
121	61	61	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
122	61	61	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
123	62	62	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
124	62	62	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
125	63	63	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
126	63	63	ARG	ARG	GLN	GLN	-1 - 336	32 - 369
127	64	64	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
128	64	64	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
129	65	65	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
130	65	65	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
131	66	66	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370
132	66	66	MET	MET	ALA	ALA	-3 - 337	30 - 370

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
22	Local NCS retraints between domains: 43 44
23	Local NCS retraints between domains: 45 46
24	Local NCS retraints between domains: 47 48
25	Local NCS retraints between domains: 49 50
26	Local NCS retraints between domains: 51 52
27	Local NCS retraints between domains: 53 54
28	Local NCS retraints between domains: 55 56
29	Local NCS retraints between domains: 57 58
30	Local NCS retraints between domains: 59 60
31	Local NCS retraints between domains: 61 62
32	Local NCS retraints between domains: 63 64
33	Local NCS retraints between domains: 65 66
34	Local NCS retraints between domains: 67 68
35	Local NCS retraints between domains: 69 70
36	Local NCS retraints between domains: 71 72
37	Local NCS retraints between domains: 73 74
38	Local NCS retraints between domains: 75 76
39	Local NCS retraints between domains: 77 78
40	Local NCS retraints between domains: 79 80
41	Local NCS retraints between domains: 81 82
42	Local NCS retraints between domains: 83 84
43	Local NCS retraints between domains: 85 86
44	Local NCS retraints between domains: 87 88
45	Local NCS retraints between domains: 89 90
46	Local NCS retraints between domains: 91 92
47	Local NCS retraints between domains: 93 94
48	Local NCS retraints between domains: 95 96
49	Local NCS retraints between domains: 97 98
50	Local NCS retraints between domains: 99 100
51	Local NCS retraints between domains: 101 102
52	Local NCS retraints between domains: 103 104
53	Local NCS retraints between domains: 105 106
54	Local NCS retraints between domains: 107 108
55	Local NCS retraints between domains: 109 110
56	Local NCS retraints between domains: 111 112
57	Local NCS retraints between domains: 113 114
58	Local NCS retraints between domains: 115 116
59	Local NCS retraints between domains: 117 118
60	Local NCS retraints between domains: 119 120
61	Local NCS retraints between domains: 121 122
62	Local NCS retraints between domains: 123 124
63	Local NCS retraints between domains: 125 126
64	Local NCS retraints between domains: 127 128
65	Local NCS retraints between domains: 129 130
66	Local NCS retraints between domains: 131 132

#1: タンパク質	Luciferase family protein / F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase 分子量: 42305.039 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Tag: MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRGS 由来: (組換発現) Thermomicrobium roseum DSM 5159 (バクテリア) 遺伝子: trd_A0676 / プラスミド: pTK005 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B9L4G2
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 12% PEG4000, 0.1 M NaOAc pH 4.6, 0.2 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.51→50 Å / Num. obs: 167400 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 36.4 Å² / R_sym value: 0.454 / Net I/σ(I): 4.9
反射シェル	解像度: 2.51→2.67 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 25908 / R_sym value: 2.209 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS	Feb 5, 2021	データ削減
XDS	Feb 5, 2021	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.513→49.234 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 39.723 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): -3 / ESU R: 0.653 / ESU R Free: 0.301 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2571	8203	4.901 %
R_work	0.2305	159171	-
all	0.232	-	-
obs	-	167374	98.094 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.419 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.085 Å²	-0 Å²	0.163 Å²
2-	-	0.741 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.191 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.513→49.234 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32314	0	194	320	32828

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	33577
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	31257
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.672	1.831	45614
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.551	1.755	71729
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.709	5	4103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.118	5	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.127	10	5300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.927	10	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	4702
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	40917
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	8363
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	6415
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	28120
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	15689
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	17473
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	652
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.096	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.266	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.281	0.2	202
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.319	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.237	2.301	16343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.237	2.301	16343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.597	4.132	20418
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.597	4.132	20419
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.176	2.641	17234
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.165	2.638	17223
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.074	4.699	25179
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.057	4.694	25162
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.887	23.722	35798
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.882	23.723	35786
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.036	0.05	11377
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.033	0.05	11516
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.031	0.05	11505
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.033	0.05	11371
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.027	0.05	11478
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.042	0.05	11489
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.033	0.05	11433
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.028	0.05	11446
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.029	0.05	11577
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.031	0.05	11513
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.038	0.05	11465
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.027	0.05	11364
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.029	0.05	11347
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.034	0.05	11343
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.026	0.05	11376
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.037	0.05	11346
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.032	0.05	11334
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.027	0.05	11350
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.031	0.05	11376
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.023	0.05	11380
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.035	0.05	11291
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.032	0.05	11550
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.03	0.05	11401
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.023	0.05	11523
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.041	0.05	11524
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.031	0.05	11458
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.022	0.05	11497
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.033	0.05	11552
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_29	0.029	0.05	11549
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_30	0.035	0.05	11518
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_31	0.027	0.05	11356
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_32	0.019	0.05	11457
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_33	0.036	0.05	11557
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_34	0.027	0.05	11409
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_35	0.021	0.05	11421
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_36	0.032	0.05	11488
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_37	0.027	0.05	11483
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_38	0.033	0.05	11460
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_39	0.024	0.05	11382
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_40	0.04	0.05	11363
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_41	0.024	0.05	11461
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_42	0.023	0.05	11391
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_43	0.031	0.05	11393
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_44	0.027	0.05	11378
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_45	0.033	0.05	11341
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_46	0.035	0.05	11454
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_47	0.025	0.05	11441
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_48	0.017	0.05	11488
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_49	0.026	0.05	11488
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_50	0.021	0.05	11481
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_51	0.028	0.05	11448
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_52	0.043	0.05	11386
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_53	0.036	0.05	11406
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_54	0.038	0.05	11498
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_55	0.034	0.05	11482
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_56	0.045	0.05	11430
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_57	0.026	0.05	11415
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_58	0.034	0.05	11402
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_59	0.027	0.05	11399
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_60	0.034	0.05	11368
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_61	0.025	0.05	11454
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_62	0.018	0.05	11448
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_63	0.03	0.05	11436
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_64	0.03	0.05	11521
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_65	0.035	0.05	11483
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_66	0.034	0.05	11441

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03575	0.05011
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03575	0.05011
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03347	0.05011
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03347	0.05011
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03139	0.05011
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03139	0.05011
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03349	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03349	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02687	0.05011
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02687	0.05011
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04179	0.05011
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04179	0.05011
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03296	0.05011
7	14	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03296	0.05011
8	15	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02835	0.05011
8	16	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02835	0.05011
9	17	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02884	0.05011
9	18	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02884	0.05011
10	19	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03098	0.05011
10	20	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03098	0.05011
11	21	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03824	0.0501
11	22	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03824	0.0501
12	23	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02681	0.05011
12	24	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02681	0.05011
13	25	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02949	0.05011
13	26	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02949	0.05011
14	27	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03385	0.0501
14	28	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03385	0.0501
15	29	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02594	0.05011
15	30	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02594	0.05011
16	31	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03689	0.05011
16	32	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03689	0.05011
17	33	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03205	0.0501
17	34	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03205	0.0501
18	35	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02652	0.05011
18	36	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02652	0.05011
19	37	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03051	0.05011
19	38	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03051	0.05011
20	39	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02313	0.05011
20	40	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02313	0.05011
21	41	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03517	0.0501
21	42	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03517	0.0501
22	43	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03233	0.05011
22	44	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03233	0.05011
23	45	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02953	0.0501
23	46	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02953	0.0501
24	47	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02327	0.05011
24	48	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02327	0.05011
25	49	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04139	0.05011
25	50	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04139	0.05011
26	51	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03109	0.0501
26	52	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03109	0.0501
27	53	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0222	0.05011
27	54	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0222	0.05011
28	55	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03333	0.05011
28	56	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03333	0.05011
29	57	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02899	0.05011
29	58	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02899	0.05011
30	59	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03512	0.05011
30	60	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03512	0.05011
31	61	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02653	0.0501
31	62	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02653	0.0501
32	63	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01898	0.05011
32	64	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01898	0.05011
33	65	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03626	0.05011
33	66	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03626	0.05011
34	67	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02695	0.0501
34	68	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02695	0.0501
35	69	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02125	0.05011
35	70	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02125	0.05011
36	71	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03207	0.05011
36	72	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03207	0.05011
37	73	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02719	0.05011
37	74	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02719	0.05011
38	75	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0327	0.05011
38	76	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0327	0.05011
39	77	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0241	0.0501
39	78	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0241	0.0501
40	79	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03962	0.0501
40	80	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03962	0.0501
41	81	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02368	0.05011
41	82	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02368	0.05011
42	83	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02341	0.0501
42	84	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02341	0.0501
43	85	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03116	0.0501
43	86	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03116	0.0501
44	87	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02652	0.0501
44	88	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02652	0.0501
45	89	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03334	0.0501
45	90	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03334	0.0501
46	91	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03518	0.05011
46	92	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03518	0.05011
47	93	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02481	0.0501
47	94	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02481	0.0501
48	95	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01732	0.05011
48	96	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01732	0.05011
49	97	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02645	0.05011
49	98	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02645	0.05011
50	99	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02128	0.05011
50	100	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02128	0.05011
51	101	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02828	0.05011
51	102	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02828	0.05011
52	103	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04253	0.0501
52	104	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04253	0.0501
53	105	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03562	0.05011
53	106	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03562	0.05011
54	107	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03831	0.05011
54	108	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03831	0.05011
55	109	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03353	0.05011
55	110	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03353	0.05011
56	111	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04526	0.05011
56	112	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04526	0.05011
57	113	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02587	0.05011
57	114	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02587	0.05011
58	115	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03359	0.0501
58	116	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03359	0.0501
59	117	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02726	0.0501
59	118	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02726	0.0501
60	119	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03445	0.0501
60	120	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03445	0.0501
61	121	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02461	0.05011
61	122	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02461	0.05011
62	123	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01838	0.05011
62	124	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01838	0.05011
63	125	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03014	0.05011
63	126	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03014	0.05011
64	127	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03026	0.05011
64	128	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03026	0.05011
65	129	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03492	0.0501
65	130	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03492	0.0501
66	131	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03387	0.05011
66	132	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03387	0.05011

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.513-2.578	0.386	608	0.382	10767	0.382	12592	0.9	0.897	90.3351	0.377
2.578-2.649	0.36	545	0.371	11370	0.371	12233	0.903	0.895	97.4005	0.365
2.649-2.725	0.388	590	0.375	10898	0.376	11898	0.886	0.898	96.554	0.367
2.725-2.809	0.343	528	0.333	10510	0.333	11610	0.916	0.922	95.0732	0.318
2.809-2.901	0.326	522	0.306	10641	0.307	11228	0.924	0.936	99.4211	0.286
2.901-3.002	0.306	547	0.292	10253	0.293	10831	0.935	0.944	99.7138	0.27
3.002-3.115	0.305	518	0.274	9898	0.275	10449	0.936	0.95	99.6842	0.25
3.115-3.242	0.273	558	0.252	9505	0.253	10089	0.951	0.959	99.7423	0.226
3.242-3.385	0.285	469	0.233	9199	0.236	9709	0.953	0.966	99.5777	0.206
3.385-3.55	0.282	439	0.252	8704	0.254	9224	0.95	0.959	99.1219	0.226
3.55-3.741	0.259	469	0.231	8239	0.232	8856	0.949	0.965	98.3288	0.202
3.741-3.966	0.238	382	0.208	7893	0.21	8302	0.956	0.971	99.6748	0.182
3.966-4.238	0.192	351	0.156	7457	0.158	7817	0.976	0.985	99.8849	0.135
4.238-4.575	0.169	340	0.14	6955	0.141	7312	0.981	0.988	99.7675	0.121
4.575-5.007	0.174	340	0.151	6366	0.152	6728	0.983	0.987	99.673	0.13
5.007-5.591	0.205	281	0.172	5702	0.173	6103	0.979	0.985	98.0338	0.145
5.591-6.442	0.196	282	0.178	5087	0.179	5384	0.984	0.985	99.7214	0.153
6.442-7.856	0.203	195	0.163	4361	0.165	4576	0.976	0.985	99.5629	0.141
7.856-10.972	0.153	141	0.134	3383	0.135	3578	0.985	0.988	98.4908	0.125
10.972-49.234	0.238	98	0.249	1983	0.248	2082	0.966	0.962	99.952	0.236

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4005	0.0963	0.0614	0.7347	0.0535	0.4042	0.016	0.0172	-0.0972	-0.0101	-0.0029	0.0217	0.1109	-0.0719	-0.0131	0.033	-0.0139	-0.0021	0.0344	0.0002	0.1999	0.4215	50.6681	32.2369
2	0.6259	0.0743	-0.1774	1.0243	0.3406	1.083	-0.0016	-0.138	0.1097	0.0424	0.021	-0.0072	-0.1273	0.0193	-0.0194	0.025	0.0084	0.0058	0.049	-0.0195	0.198	16.626	76.4303	48.3544
3	0.8676	0.005	0.271	0.7084	-0.1877	1.2563	0.0108	-0.277	-0.0705	0.1929	-0.0001	-0.0144	0.1898	0.0504	-0.0107	0.1033	0.0248	0.0037	0.113	-0.0052	0.2035	56.8793	58.5731	44.5854
4	1.1617	0.1907	-0.1035	0.796	-0.4353	0.9541	0.0023	0.1022	0.0893	-0.0701	-0.0026	-0.0752	-0.1037	0.1131	0.0002	0.0351	-0.018	0.0111	0.0418	0.0049	0.2122	64.2275	74.0516	14.4984
5	0.4115	-0.1894	-0.2289	0.7862	0.415	0.8605	0.0249	0.1231	-0.0824	-0.1263	-0.0405	-0.0205	0.0764	0.1147	0.0156	0.0539	0.0475	-0.0001	0.1743	-0.0067	0.1947	40.1708	46.8141	-10.5955
6	0.7768	-0.0265	0.3174	0.4525	0.0005	0.9111	0.0395	0.1956	0.1459	-0.1232	-0.0463	0.1512	-0.154	-0.2431	0.0069	0.0945	0.0651	-0.001	0.2217	-0.0141	0.2366	10.9698	64.9803	-8.1775
7	0.8179	0.1204	0.1375	0.7346	0.1953	0.8827	0.0065	0.1524	-0.091	-0.0828	-0.0025	0.0496	0.0986	-0.0802	-0.0039	0.0285	-0.01	0.0089	0.0462	-0.0243	0.2226	40.3884	-14.5061	12.5177
8	0.6593	-0.2494	0.2234	0.6918	-0.3093	0.8042	0.0072	0.1209	0.0601	-0.0933	-0.0003	0.0436	-0.1251	-0.1433	-0.0069	0.0602	0.0373	0.0204	0.1361	-0.0288	0.1963	64.5921	13.9919	-11.2985
9	0.8279	-0.0802	-0.2893	0.4136	0.0197	0.9709	0.0098	0.1342	-0.1387	-0.0994	-0.0469	-0.1413	0.1534	0.2317	0.0371	0.0527	0.0532	0.0262	0.1638	-0.022	0.2546	93.6482	-4.584	-9.4141
10	1.2212	0.1398	0.0695	0.7828	0.0627	0.3621	-0.0047	0.0135	0.0786	-0.008	0.0061	-0.0273	-0.111	0.1067	-0.0013	0.0377	-0.0252	0.0118	0.0542	-0.0012	0.2037	104.1138	8.0819	31.4781
11	0.7063	-0.221	0.1272	0.9689	-0.1755	1.0308	-0.0187	-0.1897	-0.188	0.0707	0.0145	0.023	0.2799	-0.0459	0.0041	0.0927	-0.0031	0.0213	0.0891	0.0227	0.2443	87.738	-18.0083	47.1436
12	1.0012	-0.0487	-0.1585	0.5181	0.0412	1.1446	-0.0087	-0.2311	0.0638	0.136	-0.0098	-0.0139	-0.1792	-0.0417	0.0185	0.0685	0.01	0.0037	0.0597	-0.0089	0.2157	47.4243	-0.4207	43.3614

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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