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万見
- PDB-9hat: pT=3 virus-like particle of ssRNA phage Beihai26 coat protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hat
タイトルpT=3 virus-like particle of ssRNA phage Beihai26 coat protein
要素Capsid protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / ssRNA phage / coat protein
機能・相同性Bacteriophage RNA-type, capsid / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Leviviridae sp. (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Kalnins, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: pT=3 virus like particle of ssRNA phage Beihai26
著者: Kalnins, G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography.
著者: Pavel V Afonine / Billy K Poon / Randy J Read / Oleg V Sobolev / Thomas C Terwilliger / Alexandre Urzhumtsev / Paul D Adams /
要旨: This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast ...This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast calculation, which in turn makes it possible to identify optimal data-restraint weights as part of routine refinements with little runtime cost. Refinement of atomic models against low-resolution data benefits from the inclusion of as much additional information as is available. In addition to standard restraints on covalent geometry, phenix.real_space_refine makes use of extra information such as secondary-structure and rotamer-specific restraints, as well as restraints or constraints on internal molecular symmetry. The re-refinement of 385 cryo-EM-derived models available in the Protein Data Bank at resolutions of 6 Å or better shows significant improvement of the models and of the fit of these models to the target maps.
履歴
登録2024年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
AA: Capsid protein
AC: Capsid protein
AD: Capsid protein
AE: Capsid protein
AG: Capsid protein
AH: Capsid protein
AI: Capsid protein
AK: Capsid protein
AL: Capsid protein
AM: Capsid protein
AO: Capsid protein
AP: Capsid protein
AQ: Capsid protein
AS: Capsid protein
AT: Capsid protein
AU: Capsid protein
AW: Capsid protein
AX: Capsid protein
AY: Capsid protein
BA: Capsid protein
BB: Capsid protein
BC: Capsid protein
BE: Capsid protein
BF: Capsid protein
BG: Capsid protein
BI: Capsid protein
BJ: Capsid protein
BK: Capsid protein
BM: Capsid protein
BN: Capsid protein
BO: Capsid protein
BQ: Capsid protein
BR: Capsid protein
BS: Capsid protein
BU: Capsid protein
BV: Capsid protein
BW: Capsid protein
BY: Capsid protein
BZ: Capsid protein
CA: Capsid protein
CC: Capsid protein
CD: Capsid protein
CE: Capsid protein
CG: Capsid protein
CH: Capsid protein
CI: Capsid protein
CK: Capsid protein
CL: Capsid protein
CM: Capsid protein
CO: Capsid protein
CP: Capsid protein
CQ: Capsid protein
CS: Capsid protein
CT: Capsid protein
CU: Capsid protein
CW: Capsid protein
CX: Capsid protein
CY: Capsid protein
DA: Capsid protein
DB: Capsid protein
DC: Capsid protein
DE: Capsid protein
DF: Capsid protein
DG: Capsid protein
DI: Capsid protein
DJ: Capsid protein
DK: Capsid protein
DM: Capsid protein
DN: Capsid protein
DO: Capsid protein
DQ: Capsid protein
DR: Capsid protein
DS: Capsid protein
DU: Capsid protein
DV: Capsid protein
DW: Capsid protein
DY: Capsid protein
DZ: Capsid protein
EA: Capsid protein
EC: Capsid protein
ED: Capsid protein
EE: Capsid protein
EG: Capsid protein
EH: Capsid protein
EI: Capsid protein
EK: Capsid protein
EL: Capsid protein
EM: Capsid protein
EO: Capsid protein
EP: Capsid protein
EQ: Capsid protein
ES: Capsid protein
ET: Capsid protein
EU: Capsid protein
EW: Capsid protein
EX: Capsid protein
EY: Capsid protein
FA: Capsid protein
FB: Capsid protein
FC: Capsid protein
FE: Capsid protein
FF: Capsid protein
FG: Capsid protein
FI: Capsid protein
FJ: Capsid protein
FK: Capsid protein
FM: Capsid protein
FN: Capsid protein
FO: Capsid protein
FQ: Capsid protein
FR: Capsid protein
FS: Capsid protein
FU: Capsid protein
FV: Capsid protein
FW: Capsid protein
FY: Capsid protein
FZ: Capsid protein
GA: Capsid protein
GC: Capsid protein
GD: Capsid protein
GE: Capsid protein
GG: Capsid protein
GH: Capsid protein
GI: Capsid protein
GK: Capsid protein
GL: Capsid protein
GM: Capsid protein
GO: Capsid protein
GP: Capsid protein
GQ: Capsid protein
GS: Capsid protein
GT: Capsid protein
GU: Capsid protein
GW: Capsid protein
GX: Capsid protein
GY: Capsid protein
HA: Capsid protein
HB: Capsid protein
HC: Capsid protein
HE: Capsid protein
HF: Capsid protein
HG: Capsid protein
HI: Capsid protein
HJ: Capsid protein
HK: Capsid protein
HM: Capsid protein
HN: Capsid protein
HO: Capsid protein
HQ: Capsid protein
HR: Capsid protein
HS: Capsid protein
HU: Capsid protein
HV: Capsid protein
HW: Capsid protein
HY: Capsid protein
HZ: Capsid protein
IA: Capsid protein
IC: Capsid protein
ID: Capsid protein
IE: Capsid protein
IG: Capsid protein
IH: Capsid protein
II: Capsid protein
IK: Capsid protein
IL: Capsid protein
IM: Capsid protein
IO: Capsid protein
IP: Capsid protein
IQ: Capsid protein
IS: Capsid protein
IT: Capsid protein
IU: Capsid protein
IW: Capsid protein
IX: Capsid protein
IY: Capsid protein
JA: Capsid protein
JB: Capsid protein
JC: Capsid protein
JE: Capsid protein
JF: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,321,346180
ポリマ－2,321,346180
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Capsid protein


分子量: 12896.364 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leviviridae sp. (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L3KIJ1
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: virus like particles of ssRNA phage Beihai26 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Leviviridae sp. (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 8.0
緩衝液成分濃度: 20 mM / 名称: Tris-HCl
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil Active R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 70 K
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 1.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2714
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 57

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 28843
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28843 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 110.094 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 14.87 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0056165420
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6497226080
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044428080
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005629520
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.16724120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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