PDB-9hae: Dust mite allergen Der f 7 with computationally designed DerF7_b2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hae

タイトル

Dust mite allergen Der f 7 with computationally designed DerF7_b2 binder

要素

DerF7_binder2
Mite allergen Der f 7

キーワード

DE NOVO PROTEIN / dust mite / allergen / der f 7 / computational / de novo / binder

機能・相同性

Mite allergen, group-7 / Mite allergen, group-7 superfamily / Group 7 allergen / extracellular region / Mite allergen Der f 7

機能・相同性情報

生物種

Dermatophagoides farinae (ダニ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Pacesa, M. / Nickel, L. / Correia, B.E.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: BindCraft: one-shot design of functional protein binders.
著者: Martin Pacesa / Lennart Nickel / Christian Schellhaas / Joseph Schmidt / Ekaterina Pyatova / Lucas Kissling / Patrick Barendse / Jagrity Choudhury / Srajan Kapoor / Ana Alcaraz-Serna / Yehlin ...
要旨: Protein-protein interactions (PPIs) are at the core of all key biological processes. However, the complexity of the structural features that determine PPIs makes their design challenging. We present ...

履歴

登録	2024年11月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hae.cif.gz	277.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hae.ent.gz	186.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hae.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/9hae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/9hae	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	53510C 53511C 9hacC 9hadC 9hafC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mite allergen Der f 7

B: DerF7_binder2

C: Mite allergen Der f 7

D: DerF7_binder2

ヘテロ分子

69.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mite allergen Der f 7

B: DerF7_binder2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Mite allergen Der f 7

D: DerF7_binder2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.710, 90.250, 63.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.024, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 6 through 23 or resid 25...
d_2	ens_1	(chain "C" and (resid 6 through 23 or resid 25...
d_1	ens_2	(chain "B" and (resid 6 through 20 or resid 22...
d_2	ens_2	(chain "D" and (resid 6 through 20 or resid 22...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ASP	ASP	ILE	ILE	A	A	6 - 23	14 - 31
d_1	2	ens_1	GLN	GLN	GLN	GLN	A	A	25	33
d_1	3	ens_1	GLU	GLU	VAL	VAL	A	A	27 - 75	35 - 83
d_1	4	ens_1	GLY	GLY	PHE	PHE	A	A	77 - 140	85 - 148
d_1	5	ens_1	VAL	VAL	LYS	LYS	A	A	142 - 195	150 - 203
d_2	1	ens_1	ASP	ASP	ILE	ILE	C	C	6 - 23	14 - 31
d_2	2	ens_1	GLN	GLN	GLN	GLN	C	C	25	33
d_2	3	ens_1	GLU	GLU	VAL	VAL	C	C	27 - 75	35 - 83
d_2	4	ens_1	GLY	GLY	PRO	PRO	C	C	77 - 130	85 - 138
d_2	5	ens_1	ILE	ILE	PHE	PHE	C	C	135 - 140	143 - 148
d_2	6	ens_1	VAL	VAL	LYS	LYS	C	C	142 - 195	150 - 203
d_1	1	ens_2	LYS	LYS	GLU	GLU	B	B	6 - 20	14 - 28
d_1	2	ens_2	LEU	LEU	PHE	PHE	B	B	22 - 26	30 - 34
d_1	3	ens_2	GLU	GLU	VAL	VAL	B	B	28 - 31	36 - 39
d_1	4	ens_2	GLU	GLU	ILE	ILE	B	B	33 - 45	41 - 53
d_1	5	ens_2	VAL	VAL	GLU	GLU	B	B	57 - 79	65 - 87
d_2	1	ens_2	LYS	LYS	GLU	GLU	D	D	6 - 20	14 - 28
d_2	2	ens_2	LEU	LEU	PHE	PHE	D	D	22 - 26	30 - 34
d_2	3	ens_2	GLU	GLU	VAL	VAL	D	D	28 - 31	36 - 39
d_2	4	ens_2	GLU	GLU	ILE	ILE	D	D	33 - 45	41 - 53
d_2	5	ens_2	VAL	VAL	GLU	GLU	D	D	57 - 79	65 - 87

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.9953691799, -0.0259649920116, -0.0925527681681), (0.0265625698252, -0.999633469211, -0.00523040325998), (-0.0923830373501, -0.00766462157041, 0.995694043362)	45.4403017184, -13.8754465409, 31.0566141495
2	given	(-0.990648730515, -0.0574875998262, -0.123734670139), (0.0607035335093, -0.997904998201, -0.0223762281389), (-0.122189090134, -0.0296781136946, 0.992063020085)	44.9482344715, -14.5055360408, 31.2875662452

#1: タンパク質	Mite allergen Der f 7 / Allergen Der f VII 分子量: 22889.014 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dermatophagoides farinae (ダニ) / 遺伝子: DERF7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q26456
#2: タンパク質	DerF7_binder2 分子量: 11979.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M KSCN, 25 % w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→42.93 Å / Num. obs: 50681 / % possible obs: 95.22 % / 冗長度: 1.4 % / B_iso Wilson estimate: 46.94 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.0578 / Net I/σ(I): 6.25
反射シェル	解像度: 2.22→2.3 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.6403 / Mean I/σ(I) obs: 0.94 / Num. unique obs: 5051 / CC_1/2: 0.643 / % possible all: 96.34

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_5316	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.22→42.93 Å / SU ML: 0.331 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.6968
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2358	1461	4.92 %
R_work	0.2015	28230	-
obs	0.2032	29691	95.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→42.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4220	0	3	130	4353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4291
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6901	5761
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0468	644
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	739
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.062	1669

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.60602453417
ens_2	d_2	B	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.520181988898

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.22-2.3	0.3419	145	0.2943	2847	X-RAY DIFFRACTION	96.42
2.3-2.39	0.3144	140	0.2769	2847	X-RAY DIFFRACTION	96.39
2.39-2.5	0.3679	174	0.28	2818	X-RAY DIFFRACTION	96.83
2.5-2.63	0.2946	154	0.2461	2876	X-RAY DIFFRACTION	97.15
2.63-2.79	0.2655	178	0.2352	2856	X-RAY DIFFRACTION	96.84
2.79-3.01	0.2765	143	0.2363	2835	X-RAY DIFFRACTION	96.66
3.01-3.31	0.2735	127	0.2185	2802	X-RAY DIFFRACTION	93.67
3.31-3.79	0.2927	114	0.1985	2597	X-RAY DIFFRACTION	86.72
3.79-4.77	0.1907	132	0.1633	2897	X-RAY DIFFRACTION	97.05
4.77-42.93	0.1674	154	0.1718	2855	X-RAY DIFFRACTION	94.56

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.11509583515	0.00342216786573	-0.1178076974	0.021617363084	-0.0530519728475	0.287320732515	0.380000360648	-0.0589511800629	0.464967423999	0.543580531475	-0.104313923795	0.0980389216054	0.0216977205712	-0.630958482292	0.0150977550812	0.517278340241	-0.0448805990866	-0.0587520182658	0.570221452497	-0.00851633255019	0.363131634235	-8.85368940006	3.70731501552	29.4683290341
2	0.0297478059859	-0.0359335532476	0.00200684045637	0.0429704947721	0.0116275238413	0.0255706887475	-0.0903520187197	-0.0227097548076	0.670297710133	-0.032265942655	-0.0274436009914	-0.143095843991	-0.00667272507632	-0.388009174003	-8.37802512674E-5	0.590190424331	0.0481540205451	0.0457734116352	0.527845286233	-0.0393691708444	0.508299996594	-6.21320392836	2.67458763629	6.67656637709
3	0.106910369329	-0.0970854730255	-0.157121432765	0.0428394642583	0.0771184205868	0.114483513712	0.363023846273	0.102073378802	0.637976099055	0.139695570112	0.050595450215	-0.318589048609	-0.701252975315	0.367086405068	0.00409070047913	0.599733607352	-0.0450934579102	0.140235198497	0.565245039114	0.0608265944	0.611788351911	17.6766901105	-2.72987165837	-4.48724308285
4	0.204794252582	0.0689925353248	-0.0994802438183	0.158233241386	-0.0925241030623	0.0538257008686	0.205100497245	-0.176023951162	-0.013481222271	-0.0531664444839	-0.150439569725	-0.0406064969846	-0.0823267312469	-0.127985202776	0.00017324494521	0.389734080204	-0.0572693113576	-0.00695867146936	0.41037826139	0.0195768872105	0.357432686111	-1.42677566974	1.13515629873	22.826272884
5	0.055477911102	0.000958849767356	4.58225822329E-5	0.0372665468129	-0.0541100280132	0.0725144165817	0.0631153847683	-0.50944908727	-0.0895473249029	0.161477657698	-0.108082317686	-0.0219326297576	0.128787385876	0.325794790901	6.28645095794E-5	0.533637460969	-0.0439147360255	-0.0639903351894	0.559144670915	-0.0123085270435	0.448078151621	0.861012989962	0.217969795632	25.6731228758
6	0.491105227007	0.135221354793	-0.0828574462852	0.443105405096	-0.182670387966	0.220062151148	0.107096022334	0.0690271889636	0.123051257063	-0.080588480585	0.0694187978763	-0.130569068286	0.0621258046588	0.0773688072779	0.000222154274022	0.415226986902	0.0108948665101	0.0293032794096	0.47660937073	0.00530504847464	0.41103638325	5.08578793028	-3.98682503509	4.65703539422
7	0.206669757308	0.099783423372	0.0329558496834	0.371728741793	-0.211047031148	0.389421610204	0.296579981381	-0.114958312874	0.0737442879564	-0.371516677722	0.000202797429943	-0.257526171358	-0.36781437097	0.145860543186	0.00019883021034	0.359701553875	-0.0172794622009	0.0250980532844	0.340719858197	-0.0278903682187	0.425836169788	5.63239466133	0.332053525264	10.8585602425
8	0.353386785197	-0.0808820091152	0.154087682486	0.439984452712	0.172452772881	0.406421992352	-0.0290978436049	0.544250222792	-0.177443047325	-0.489694464451	-0.0762720719999	-0.807927434839	0.488705910708	0.489125377344	0.00405143435714	0.526903256769	0.124678382496	0.0879347637352	0.538327754701	0.0102243673778	0.653389816796	21.9291455867	-24.8113739953	-5.25802648304
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17	0.218435498074	0.0357227176969	-0.116624371775	0.106799657479	-0.0251895087205	0.0647065298361	-0.00928084358472	-0.0449037593111	-0.063178320498	-0.257863894585	-0.147344060381	0.24253836285	0.684678313446	0.167045188747	7.3983876879E-5	0.512731975856	0.0280718171153	-0.00294700935234	0.420712023475	0.0443954338721	0.420570177479	42.9510638475	-24.8412867365	57.5703979227
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22	0.0152714387425	-0.000303423771194	0.0271138191509	0.0217180583307	-0.0162533488034	0.0373362655424	-0.00599212096811	-0.204763913094	0.0890648772205	0.647214455989	0.30500373951	0.330847638521	0.0123712539673	-0.492748577842	0.000676029960708	0.856971502987	0.307799130465	0.238682275563	0.839470842675	0.136871315522	1.22618509912	29.4271453809	9.85444851661	36.0145494943

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 6 through 25 )	A	A	6 - 25	1 - 20
2	2	chain 'A' and (resid 26 through 36 )	A	A	26 - 36	21 - 31
3	3	chain 'A' and (resid 37 through 57 )	A	A	37 - 57	32 - 52
4	4	chain 'A' and (resid 58 through 80 )	A	A	58 - 80	53 - 75
5	5	chain 'A' and (resid 81 through 94 )	A	A	81 - 94	76 - 89
6	6	chain 'A' and (resid 95 through 129 )	A	A	95 - 129	90 - 124
7	7	chain 'A' and (resid 130 through 195 )	A	A	130 - 195	125 - 186
8	8	chain 'B' and (resid 1 through 49 )	B	B	1 - 49	1 - 49
9	9	chain 'B' and (resid 50 through 63 )	B	B	50 - 63	50 - 58
10	10	chain 'B' and (resid 64 through 81 )	B	B	64 - 81	59 - 76
11	11	chain 'C' and (resid 5 through 25 )	C	C	5 - 25	1 - 21
12	12	chain 'C' and (resid 26 through 36 )	C	C	26 - 36	22 - 32
13	13	chain 'C' and (resid 37 through 47 )	C	C	37 - 47	33 - 43
14	14	chain 'C' and (resid 48 through 80 )	C	C	48 - 80	44 - 76
15	15	chain 'C' and (resid 81 through 94 )	C	C	81 - 94	77 - 90
16	16	chain 'C' and (resid 95 through 120 )	C	C	95 - 120	91 - 116
17	17	chain 'C' and (resid 121 through 142 )	C	C	121 - 142	117 - 138
18	18	chain 'C' and (resid 143 through 195 )	C	C	143 - 195	139 - 191
19	19	chain 'D' and (resid 5 through 24 )	D	D	5 - 24	1 - 20
20	20	chain 'D' and (resid 25 through 44 )	D	D	25 - 44	21 - 40
21	21	chain 'D' and (resid 45 through 63 )	D	D	45 - 63	41 - 49
22	22	chain 'D' and (resid 64 through 79 )	D	D	64 - 79	50 - 65

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)