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万見
- PDB-9h9o: Crystal structure of NEDD4 HECT domain in complex with norclomipramine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h9o
タイトルCrystal structure of NEDD4 HECT domain in complex with norclomipramine
要素Isoform 4 of E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4
キーワードLIGASE / Ihibitor / Complex / Ubiquitin / E3
機能・相同性
機能・相同性情報


formation of structure involved in a symbiotic process / positive regulation of nucleocytoplasmic transport / negative regulation of sodium ion transport / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / viral budding / nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / : / phosphothreonine residue binding / receptor catabolic process / apicolateral plasma membrane ...formation of structure involved in a symbiotic process / positive regulation of nucleocytoplasmic transport / negative regulation of sodium ion transport / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / viral budding / nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / : / phosphothreonine residue binding / receptor catabolic process / apicolateral plasma membrane / protein targeting to lysosome / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / HECT-type E3 ubiquitin transferase / proline-rich region binding / sodium channel inhibitor activity / RNA polymerase binding / beta-2 adrenergic receptor binding / lysosomal transport / regulation of dendrite morphogenesis / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / neuromuscular junction development / regulation of synapse organization / phosphoserine residue binding / protein K63-linked ubiquitination / ubiquitin ligase complex / regulation of macroautophagy / progesterone receptor signaling pathway / Downregulation of ERBB4 signaling / Regulation of PTEN localization / ubiquitin binding / regulation of membrane potential / receptor internalization / ISG15 antiviral mechanism / Regulation of PTEN stability and activity / response to calcium ion / positive regulation of protein catabolic process / neuron projection development / ubiquitin-protein transferase activity / cellular response to UV / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cell cortex / ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein ubiquitination / protein domain specific binding / innate immune response / DNA damage response / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. ...: / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Cecatiello, V. / Maspero, E.
資金援助 イタリア, 英国, 2件
組織認可番号国
Fondazione CARIPLO2017-0746 イタリア
Worldwide Cancer Research19-0003 英国
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2025
タイトル: Structure-based design of potent and selective inhibitors of the HECT ligase NEDD4.
著者: Maspero, E. / Cappa, A. / Weber, J. / Trifiro, P. / Amici, R. / Bruno, A. / Faga, G. / Cecatiello, V. / Fattori, R. / Leuzzi, B. / Taibi, V. / Meroni, G. / Pasi, M. / Romussi, A. / Sartori, L. ...著者: Maspero, E. / Cappa, A. / Weber, J. / Trifiro, P. / Amici, R. / Bruno, A. / Faga, G. / Cecatiello, V. / Fattori, R. / Leuzzi, B. / Taibi, V. / Meroni, G. / Pasi, M. / Romussi, A. / Sartori, L. / Villa, M. / Vultaggio, S. / Ciro, M. / Soffientini, P. / Lombardo, L. / Dahe, S. / Bachi, A. / Varasi, M. / Rossi, M. / Pasqualato, S. / Mercurio, C. / Polo, S.
履歴
登録2024年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 4 of E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2886
ポリマ－44,7391
非ポリマー5495
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area19640 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)175.750, 38.890, 60.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Isoform 4 of E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4 / Cell proliferation-inducing gene 53 protein / HECT-type E3 ubiquitin transferase NEDD4 / Neural ...Cell proliferation-inducing gene 53 protein / HECT-type E3 ubiquitin transferase NEDD4 / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 4 / NEDD-4


分子量: 44739.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD4, KIAA0093, NEDD4-1, RPF1, PIG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46934, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-A1ITH / Norclomipramine / 3-(2-chloranyl-5,6-dihydrobenzo[b][1]benzazepin-11-yl)-N-methyl-propan-1-amine / Desmethylclomipramine


分子量: 300.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21ClN2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES pH 6.0 8-10% PEG 400 20% glycerol 1-4 mM inhibitor (0.25-1% DMSO)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→60 Å / Num. obs: 23416 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 38.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.12→2.18 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1725 / CC1/2: 0.699 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1839精密化
xia20.3.8.0データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2xbf

2xbf


解像度: 2.12→60 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2365 1194 5.1 %
Rwork0.1858 --
obs0.1885 23413 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3148 0 37 95 3280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083280
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0554414
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6451221
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005567
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1201-2.20490.33981450.25122424X-RAY DIFFRACTION100
2.2049-2.30530.36041330.24712464X-RAY DIFFRACTION100
2.3053-2.42680.31091020.22462470X-RAY DIFFRACTION100
2.4268-2.57890.27491360.21972459X-RAY DIFFRACTION100
2.5789-2.7780.26681440.21382424X-RAY DIFFRACTION100
2.778-3.05760.33011170.21822470X-RAY DIFFRACTION100
3.0576-3.50.23651330.19372465X-RAY DIFFRACTION99
3.5-4.40940.20391420.16152489X-RAY DIFFRACTION100
4.4094-600.18721420.15262554X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4967-0.48590.57183.1465-0.44814.39810.08990.1729-0.0602-0.3558-0.0818-0.35010.01520.2309-0.02890.1936-0.05640.02150.2576-0.02390.3025-25.5867-24.6306-3.9435
22.1197-1.2893-1.88192.16261.69762.8759-0.0512-0.17950.17480.36650.0805-0.12810.05950.1375-0.02190.3179-0.0252-0.04020.2630.01110.2312-37.0374-18.888117.4021
36.3275-1.80771.72538.8262-0.20487.56210.13240.1320.2172-0.776-0.2859-0.7830.3321-0.29520.15730.48940.07690.09210.3980.00870.6174-1.6482-13.555613.6963
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 519 through 647 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 648 through 784 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 785 through 893 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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