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万見
- PDB-9h8s: Human CDK8/Cyclin-C complex with inhibitor 3-7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h8s
タイトルHuman CDK8/Cyclin-C complex with inhibitor 3-7
要素
  • Cyclin-C
  • Cyclin-dependent kinase 8
キーワードTRANSCRIPTION / Kinase / Inhibitor / CDK8 / Cyclin Dependent Kinase / Cyclin / Transcription-Transferase-Inhibitor Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CKM complex / G0 to G1 transition / mediator complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / Generic Transcription Pathway / [RNA-polymerase]-subunit kinase ...CKM complex / G0 to G1 transition / mediator complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / Generic Transcription Pathway / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RSV-host interactions / negative regulation of Notch signaling pathway / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / PPARA activates gene expression / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cyclin-C / Cyclin-dependent kinase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.157 Å
データ登録者Somers, D.O.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Phenotype-Led Identification of IL-10 Upregulators in Human CD4 + T-cells and Elucidation of Their Pharmacology as Highly Selective CDK8/CDK19 Inhibitors.
著者: Nicolle, S. / Barker, M. / Barrett, J. / Campbell, M. / Wojno-Picon, J. / Atkinson, S.J. / Aylott, H. / Kessedjian, H. / He, Y. / Messenger, C. / Roberts, E. / Spitzfaden, C. / Le, J. / Zinn, ...著者: Nicolle, S. / Barker, M. / Barrett, J. / Campbell, M. / Wojno-Picon, J. / Atkinson, S.J. / Aylott, H. / Kessedjian, H. / He, Y. / Messenger, C. / Roberts, E. / Spitzfaden, C. / Le, J. / Zinn, N. / Werner, T. / Dumpelfeld, B. / Bantscheff, M. / Somers, D.O. / Reid, H. / Thang, K. / Gobbetti, T. / Lewis, H.D.
履歴
登録2024年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 8
B: Cyclin-C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,63714
ポリマ－84,5202
非ポリマー1,11712
水8,431468
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area27540 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)71.066, 69.157, 166.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 8 / Cell division protein kinase 8 / Mediator complex subunit CDK8 / Mediator of RNA polymerase II ...Cell division protein kinase 8 / Mediator complex subunit CDK8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit CDK8 / Protein kinase K35


分子量: 48028.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK8
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49336, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 Cyclin-C / SRB11 homolog / hSRB11


分子量: 36491.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24863

-
非ポリマー , 6種, 480分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-A1ITF / 4-[(3~{S},5~{R})-3-[2-[(3~{R})-3-fluoranylpyrrolidin-1-yl]pyrimidin-4-yl]-5-methoxy-piperidin-1-yl]carbonyl-1~{H}-pyrrole-2-carbonitrile


分子量: 398.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23FN6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, MES pH6.5, HEPES pH6.8, Sodium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.157→65.381 Å / Num. obs: 38173 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.157→2.271 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 2.165 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1909 / CC1/2: 0.547 / Rpim(I) all: 0.593 / Rrim(I) all: 2.245 / % possible all: 64

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ削減
XDS(VERSION Jan 10データ削減
autoPROC(Version 1.0.5)データスケーリング
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.11.8 (26-JUL-2023)精密化
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.157→65.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU R Cruickshank DPI: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.285 / SU Rfree Blow DPI: 0.22 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.214
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2477 1875 4.91 %RANDOM
Rwork0.1944 ---
obs0.197 38173 84.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0045 Å20 Å20 Å2
2--1.3484 Å20 Å2
3----2.3529 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.157→65.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4973 0 72 468 5513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085179HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.896977HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1839SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes859HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5179HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.32
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion638SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4851SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.157→2.23 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2943 -5.37 %
Rwork0.2593 723 -
obs--18.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2928-0.9721-0.58571.92290.38680.7980.1246-0.03770.086-0.1657-0.07090.0173-0.1835-0.0927-0.05370.05840.0147-0.0277-0.06010.0538-0.03751.956168.884756.9994
20.77370.05140.01571.1482-0.30830.23860.03540.061-0.0458-0.0879-0.00330.04760.01230.0167-0.03210.0197-0.0124-0.0144-0.0092-0.0087-0.086510.762740.140455.7265
30.4874-0.3089-0.00020.10280.06160.94910.0213-0.04390.0534-0.03750.0673-0.0063-0.0020.0277-0.0886-0.0147-0.0220.0247-0.02970.019-0.0192-3.532968.105886.0108
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|-2 - A|100 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|101 - A|362}
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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