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- PDB-9h8p: Eugenol Oxidase (EUGO) from Rhodococcus jostii RHA1, mutant DTT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h8p
タイトルEugenol Oxidase (EUGO) from Rhodococcus jostii RHA1, mutant DTT
要素Probable vanillyl-alcohol oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Mutant / vanillyl alcohol oxidase / ether cleavage
機能・相同性
機能・相同性情報


vanillyl-alcohol oxidase / vanillyl-alcohol oxidase activity / lactate catabolic process / D-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / D-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / FAD binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FAD-linked oxidase, C-terminal / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. ...FAD-linked oxidase, C-terminal / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Probable vanillyl-alcohol oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / Fraaije, M.W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Biocatalytic Cleavage of para-Acetoxy Benzyl Ethers: Application to Protecting Group Chemistry
著者: Ashley, B. / Demingo, C. / Rozeboom, H. / Bianciardi, N. / Dunleavy, T. / Haaksma, J.J. / Guo, Y. / Fraaije, M.W.
履歴
登録2024年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable vanillyl-alcohol oxidase
B: Probable vanillyl-alcohol oxidase
C: Probable vanillyl-alcohol oxidase
D: Probable vanillyl-alcohol oxidase
E: Probable vanillyl-alcohol oxidase
F: Probable vanillyl-alcohol oxidase
G: Probable vanillyl-alcohol oxidase
H: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)480,32938
ポリマ－470,8768
非ポリマー9,45330
水56,7293149
1
A: Probable vanillyl-alcohol oxidase
B: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,56312
ポリマ－117,7192
非ポリマー2,84410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12700 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area33750 Å2
手法PISA
2
C: Probable vanillyl-alcohol oxidase
D: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9619
ポリマ－117,7192
非ポリマー2,2427
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11060 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area34080 Å2
手法PISA
3
E: Probable vanillyl-alcohol oxidase
F: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,16210
ポリマ－117,7192
非ポリマー2,4438
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11560 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area34170 Å2
手法PISA
4
G: Probable vanillyl-alcohol oxidase
H: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,6437
ポリマ－117,7192
非ポリマー1,9245
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10540 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area34180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.348, 110.228, 117.259
Angle α, β, γ (deg.)89.75, 89.50, 68.43
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Probable vanillyl-alcohol oxidase


分子量: 58859.543 Da / 分子数: 8
変異: S81H, S394V, A423M, Q425T, I427T, H434Y, I445D, S518P
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
遺伝子: RHA1_ro03282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0SBK1, vanillyl-alcohol oxidase

-
非ポリマー , 6種, 3179分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL


分子量: 282.334 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 41-46% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD, hexylene glycol) and 0.1 M bis-tris propane pH 6.8.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→117.25 Å / Num. obs: 664608 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.166 / Χ2: 1.09 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 2261502
反射 シェル解像度: 1.47→1.49 Å / % possible obs: 55 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.882 / Num. measured all: 60758 / Num. unique obs: 19673 / CC1/2: 0.47 / Rpim(I) all: 0.589 / Rrim(I) all: 1.067 / Χ2: 1.23 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.47→102.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.234 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16541 32658 4.9 %RANDOM
Rwork0.14923 ---
obs0.15002 631814 92.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.239 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0.03 Å20.06 Å2
2---0.1 Å2-0.15 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.47→102.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33064 0 625 3149 36838
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01234642
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01631912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8711.82247112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6391.75173559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.18854206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.5015232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.575105480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.24914
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0241330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.028030
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2791.02216827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2791.02216827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9221.83521032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9221.83621033
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5711.31417815
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5711.31517816
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9082.28426081
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined512.439717
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.92911.139042
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.505 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 1505 -
Rwork0.276 29469 -
obs--57.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.34870.00170.02440.17110.04990.3429-0.00460.05610.02590.01160.00510.0295-0.014-0.0064-0.00050.00610.01110.0070.05270.01680.0125-38.9386.2552.109
20.37090.1256-0.09610.33910.0330.26810.00180.03630.0023-0.00270.0175-0.0472-0.02180.0772-0.01920.00440.00170.00470.10020.00720.013-3.7936.61-4.545
30.3367-0.06690.05230.38970.05920.2085-0.009-0.0148-0.06460.03880.00710.1099-0.0104-0.03970.00190.01410.01910.01940.0420.0210.0452-55.255-35.895-24.898
40.2492-0.08250.04180.4871-0.01240.15-0.00190.0087-0.0026-0.00290.0032-0.0633-0.01230.0324-0.00130.00790.00960.00610.04220.01560.017-19.974-36.9-31.344
50.31160.01850.00770.155-0.01050.234-0.00060.022-0.0238-0.0021-0.0135-0.02590.01720.00610.01410.00560.01270.00730.03950.02010.017322.33314.255-56.826
60.30920.02850.06110.4198-0.07020.2043-0.00390.0051-0.0107-0.02480.0090.05970.0238-0.0459-0.00510.00820.00790.0020.05380.01280.0141-13.04715.17-62.431
70.2976-0.18020.0510.4593-0.20420.39650.01160.06510.0932-0.0281-0.0892-0.16880.02960.11920.07760.01090.02170.00810.09430.06290.09-1.832-46.432-84.717
80.2138-0.17660.00050.7133-0.10950.3007-0.00320.0533-0.0061-0.0479-0.00260.09260.004-0.04370.00580.02020.0086-0.01150.06440.02660.0384-37.337-44.791-89.49
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 526
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 526
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 526
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 526
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 526
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 526
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 526
8X-RAY DIFFRACTION8H2 - 526

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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