PDB-9h81: human carbonic anhydrase I in complex with Sonepiprazole

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h81

タイトル

human carbonic anhydrase I in complex with Sonepiprazole

要素

Carbonic anhydrase 1

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase I / sulfonamide / inhibitor / metalloenzyme / sonepiprazole

機能・相同性

機能・相同性情報

hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Structural Studies of the Dopamine D 4 Receptor Antagonist Sonepiprazole as an Inhibitor of Human Carbonic Anhydrases.
著者: Angeli, A. / Ferraroni, M. / Capasso, C. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2024年10月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h81.cif.gz	119.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h81.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h81.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9h81_validation.pdf.gz	928.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h81_full_validation.pdf.gz	929.4 KB	表示
XML形式データ	9h81_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	9h81_validation.cif.gz	31.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/9h81 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/9h81	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 1

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

58.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.625, 71.232, 121.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 1 / Carbonate dehydratase I / Carbonic anhydrase B / CAB / Carbonic anhydrase I / CA-I 分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00915, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-A1IS9 / Sonepiprazole / 4-[4-[2-[(1S})-3,4-dihydro-1H-isochromen-1-yl]ethyl]piperazin-1-yl]benzenesulfonamide 分子量: 401.522 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₃O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 28% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→61.5 Å / Num. obs: 23430 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_rim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.655 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 2262 / CC_1/2: 0.943 / R_rim(I) all: 0.715 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→61.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 8.335 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.272 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2624	1108	4.756 %
R_work	0.1955	22188	-
all	0.199	-	-
obs	-	23296	99.602 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.359 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.006 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.171 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.177 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→61.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4016	0	58	83	4157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	4199
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3708
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.52	1.632	5718
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.254	1.594	8676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.963	5	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.665	23.725	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.282	15	664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.377	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	535
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4835
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	855
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	721
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	3336
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.108	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.555	3.506	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.555	3.509	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.807	5.262	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.808	5.257	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.122	3.883	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.121	3.885	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.993	5.666	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.993	5.668	3159
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.899	67.045	17382
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.896	66.959	17367

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.411	0.328	88	0.249	1614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.411-2.477	0.289	74	0.251	1572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.477-2.549	0.433	69	0.238	1545	X-RAY DIFFRACTION	99.8762
2.549-2.627	0.277	79	0.229	1496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.627-2.713	0.305	79	0.216	1440	X-RAY DIFFRACTION	99.9342
2.713-2.808	0.335	84	0.228	1368	X-RAY DIFFRACTION	99.7938
2.808-2.914	0.318	65	0.232	1355	X-RAY DIFFRACTION	99.6491
2.914-3.033	0.345	64	0.224	1301	X-RAY DIFFRACTION	99.8537
3.033-3.167	0.264	61	0.206	1253	X-RAY DIFFRACTION	99.5455
3.167-3.322	0.291	61	0.201	1205	X-RAY DIFFRACTION	100
3.322-3.501	0.258	57	0.214	1159	X-RAY DIFFRACTION	100
3.501-3.713	0.27	58	0.212	1079	X-RAY DIFFRACTION	99.5622
3.713-3.968	0.361	41	0.195	1039	X-RAY DIFFRACTION	98.9918
3.968-4.285	0.215	48	0.159	950	X-RAY DIFFRACTION	98.7141
4.285-4.692	0.198	36	0.148	883	X-RAY DIFFRACTION	98.7111
4.692-5.243	0.166	50	0.151	790	X-RAY DIFFRACTION	98.2456
5.243-6.049	0.185	27	0.169	720	X-RAY DIFFRACTION	99.2032
6.049-7.395	0.259	35	0.157	610	X-RAY DIFFRACTION	99.2308
7.395-10.403	0.147	17	0.141	510	X-RAY DIFFRACTION	99.6219
10.403-61.5	0.22	15	0.219	299	X-RAY DIFFRACTION	98.4326

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)