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万見
- PDB-9h7d: Human Transthyretin in Complex with 2-(phenylamino)benzoic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h7d
タイトルHuman Transthyretin in Complex with 2-(phenylamino)benzoic acid
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Amyloidosis / Retinol / Thyroxine / RBP
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family
類似検索 - ドメイン・相同性
2-phenylazanylbenzoic acid / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Chen, W.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
University of College LondonBXTX 英国
Other privateHN9A
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2025
タイトル: Fragment-based drug discovery for transthyretin kinetic stabilisers using a novel capillary zone electrophoresis method.
著者: Chen, W.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Fragment-Based Drug Discovery for Transthyretin Kinetic Stabilisers Using a Novel Capillary Zone Electrophoresis Method
著者: Chen, W.
履歴
登録2024年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0616
ポリマ－27,5552
非ポリマー5074
水1,27971
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,12312
ポリマ－55,1094
非ポリマー1,0138
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6940 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area17020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.149, 84.076, 62.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

EHO

21A-202-

EHO

31A-202-

EHO

41A-202-

EHO

51A-202-

EHO

61B-202-

EHO

71B-202-

EHO

81B-202-

EHO

91B-202-

EHO

101B-301-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EHO / 2-phenylazanylbenzoic acid / N-フェニルアントラニル酸


分子量: 213.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗炎症剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.1 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES, 200 mM CaCl2, 28% v/v PEG400, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.23→39.96 Å / Num. obs: 61779 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 11.04
反射 シェル解像度: 1.23→1.262 Å / Rmerge(I) obs: 0.342 / Num. unique obs: 4208 / Rpim(I) all: 0.167 / % possible all: 95.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.23→34.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.289 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18781 3112 5 %RANDOM
Rwork0.16215 ---
obs0.16343 58660 97.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.536 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å2-0 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.23→34.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1654 0 34 71 1759
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0191803
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3161.9562473
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09233849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9645235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.85523.63666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.28415270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.18155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0212019
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9341.521890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9341.518889
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4812.2821111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4822.2841112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0911.908913
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0891.909914
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4372.7391352
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.60713.4321950
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.60613.4381951
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.32833470
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.512522
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.44153463
LS精密化 シェル解像度: 1.23→1.262 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 207 -
Rwork0.191 4208 -
obs--95.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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