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万見
- PDB-9h6u: SARS-CoV-2 S protein in complex with pT1679 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h6u
タイトルSARS-CoV-2 S protein in complex with pT1679 Fab
要素
  • Spike glycoprotein,Fibritin
  • pT1679 Fab heavy chain
  • pT1679 Fab light chain
キーワードPROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING/IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion ...virion component / symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / membrane fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. ...Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Fibritin
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Tequatrovirus T4 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Hansen, G. / Benecke, T. / Vollmer, B. / Gruenewald, K. / Krey, T.
資金援助 ドイツ, 9件
組織認可番号国
Other government14-76103-184 CORONA-12/20
Other government14-76103-184 CORONA-15/20
German Federal Ministry for Education and ResearchCOVIM (FKZ: 01KX2021) ドイツ
German Federal Ministry for Education and ResearchRAPID (FKZ: 01KI1723G) ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2155 ドイツ
German Research Foundation (DFG)2485 VIPER (398066876/GRK 2485/1) ドイツ
Other government14-76403-184
Other government14-76103-184
Other governmentMWK TiHO SARS-COV-2
引用ジャーナル: mBio / 年: 2025
タイトル: A critical residue in a conserved RBD epitope determines neutralization breadth of pan-sarbecovirus antibodies with recurring YYDRxxG motifs.
著者: Saskia C Stein / George Ssebyatika / Tim Benecke / Luisa Ströh / Manoj K Rajak / Benjamin Vollmer / Sarah Menz / Ja-Yun Waldmann / Sarah N Tipp / Okechukwu Ochulor / Elisabeth Herold / ...著者: Saskia C Stein / George Ssebyatika / Tim Benecke / Luisa Ströh / Manoj K Rajak / Benjamin Vollmer / Sarah Menz / Ja-Yun Waldmann / Sarah N Tipp / Okechukwu Ochulor / Elisabeth Herold / Britta Schwarzloh / Doris Mutschall / Jasmin Zischke / Talia Schneider / Imke Hinrichs / Rainer Blasczyk / Hannah Kleine-Weber / Markus Hoffmann / Florian Klein / Franziska K Kaiser / Mariana Gonzalez-Hernandez / Federico Armando / Malgorzata Ciurkiewicz / Georg Beythien / Stefan Pöhlmann / Wolfgang Baumgärtner / Kay Gruenewald / Albert Osterhaus / Thomas F Schulz / Thomas Krey / Guido Hansen /
要旨: The emergence of pandemic coronaviruses remains a global health concern, highlighting the need for broadly neutralizing antibodies (bnAbs) that can target multiple sarbecoviruses. In this study, we ...The emergence of pandemic coronaviruses remains a global health concern, highlighting the need for broadly neutralizing antibodies (bnAbs) that can target multiple sarbecoviruses. In this study, we isolated and characterized a novel antibody, pT1679, that demonstrates exceptional neutralization breadth. The antibody prevented infection with SARS-CoV-2 variants of concern, such as Omicron BA.1, and effectively neutralized pseudotyped viruses displaying S proteins from many SARS-CoV-2 variants and various bat and pangolin sarbecoviruses, including both SARS-CoV-like and SARS-CoV-2-like viruses. In addition, pT1679 reduced the viral load in the lung of infected Syrian hamsters and prevented the severe lung pathology typical for SARS-CoV-2 infections. The cryo-electron microscopy structure of pT1679 in complex with SARS-CoV-2 S revealed that the antibody employs a YYDRxxG motif to recognize a highly conserved epitope on the RBD. Through detailed structural analysis, mutagenesis studies, and binding assays, we identified RBD residue 384 as a critical determinant of antibody recognition. Structure-function analyses of several related bnAbs, such as COVA1-16, allowed for the classification of YYDRxxG antibodies into two distinct groups that differ in neutralization breadth. Our findings provide crucial insights into the molecular basis of broad neutralization and offer strategic guidance for selecting therapeutic antibodies in preparation for future outbreaks.IMPORTANCEThe threat of emerging coronaviruses demands therapeutic strategies capable of targeting both current and future circulating viruses. We report the discovery and characterization of pT1679, a broadly neutralizing antibody that demonstrates cross-reactivity against diverse sarbecoviruses, including SARS-CoV, SARS-CoV-2 variants, and related viruses from bats and pangolins. pT1679 targets a highly conserved epitope via a YYDRxxG motif in the paratope, with RBD residue 384 serving as a critical determinant of recognition. Our analysis allows for a classification of YYDRxxG antibodies, providing a framework for predicting antibody effectiveness against emerging sarbecoviruses.
履歴
登録2024年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年9月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein,Fibritin
H: pT1679 Fab heavy chain
L: pT1679 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,5224
ポリマ－191,3003
非ポリマー2211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Spike glycoprotein,Fibritin / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein / Collar protein / Whisker antigen control protein


分子量: 140735.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス), (組換発現) Tequatrovirus T4 (ウイルス)
遺伝子: S, 2, wac / 細胞株 (発現宿主): HEK293ExPi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2, UniProt: P10104
#2: 抗体 pT1679 Fab heavy chain


分子量: 27693.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 抗体 pT1679 Fab light chain


分子量: 22872.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
13:3 pT1679 Fab-Spike complexCOMPLEX#1-#30RECOMBINANT
2pT1679 FabCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
3Spike protein S1COMPLEX#11RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
22
33
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)2697049
33Enterobacteria phage T4 (ファージ)10665
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
22Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)7227S2
43Homo sapiens (ヒト)9606HEK293ExPi
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.34 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 454108 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0033438
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4874678
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.631487
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.043497
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.008611

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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