PDB-9h6h: Bacteroides ovatus GH98 endoxylanase with Seleno-methionine subst...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h6h

タイトル

Bacteroides ovatus GH98 endoxylanase with Seleno-methionine substituents

要素

Glycosyl hydrolase family 98

キーワード

HYDROLASE / Bacteroides ovatus / GH98 / endoxylanase / SeMet

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides ovatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Tomlinson, C.W.E. / Cartmell, A. / Bolam, D.N.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Seleno-Methionine substituted structure of Bacteriodes ovatus GH98
著者: Tomlinson, C.W.E. / Cartmell, A. / Bolam, D.N.

履歴

登録	2024年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h6h.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h6h.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9h6h_validation.pdf.gz	463 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h6h_full_validation.pdf.gz	476.5 KB	表示
XML形式データ	9h6h_validation.xml.gz	87.9 KB	表示
CIF形式データ	9h6h_validation.cif.gz	121.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/9h6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/9h6h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Glycosyl hydrolase family 98

B: Glycosyl hydrolase family 98

ヘテロ分子

206 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycosyl hydrolase family 98

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
103 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycosyl hydrolase family 98

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
103 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.914, 62.447, 178.713
Angle α, β, γ (deg.)	90, 118.058, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 46 - 938 / Label seq-ID: 5 - 897

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Glycosyl hydrolase family 98 / GH98 endoxylanase 分子量: 102696.641 Da / 分子数: 2 / 変異: E361A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (バクテリア) / 遺伝子: F3F51_01075, HUV13_02585 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6N3VET1
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG based

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→58.47 Å / Num. obs: 121030 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.4 % / CC_1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 5.5

反射シェル

解像度 (Å)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	Diffraction-ID
10.95-58.4	15.1	812	0.997	1
2-2.03	1.1	5917	0.397	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→58.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 11.961 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.182 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2418	6152	5.084 %
R_work	0.1922	114853	-
all	0.195	-	-
obs	-	121005	99.627 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.655 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.71 Å²	-0 Å²	0.808 Å²
2-	-	-0.834 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→58.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14240	0	51	1261	15552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	14680
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	13331
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.594	1.794	19964
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.554	1.755	30699
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.736	5	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.768	5	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.923	10	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.428	10	720
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	2150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	17575
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3553
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	2936
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	12877
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	7323
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	7811
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.048	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.149	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.265	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.279	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.764	1.844	7182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.764	1.844	7182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.857	3.306	8981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.857	3.306	8982
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.113	2.045	7498
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.113	2.046	7499
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.41	3.649	10983
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.41	3.649	10984
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.762	21.431	17089
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.705	20.853	16849
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.075	0.05	30502

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07487	0.0501
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07487	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.328	439	0.302	8371	0.303	8909	0.915	0.928	98.8888	0.304
2.052-2.108	0.324	437	0.286	8209	0.287	8706	0.921	0.937	99.3108	0.285
2.108-2.169	0.303	418	0.262	7936	0.264	8401	0.935	0.948	99.4405	0.26
2.169-2.236	0.282	394	0.242	7819	0.243	8262	0.936	0.957	99.4069	0.239
2.236-2.309	0.275	426	0.228	7519	0.231	7983	0.948	0.963	99.524	0.224
2.309-2.39	0.264	412	0.214	7231	0.216	7679	0.954	0.968	99.5312	0.205
2.39-2.48	0.281	347	0.217	7085	0.22	7454	0.944	0.968	99.7049	0.206
2.48-2.581	0.26	321	0.197	6792	0.2	7132	0.954	0.974	99.7336	0.186
2.581-2.695	0.279	337	0.199	6565	0.203	6918	0.952	0.974	99.7687	0.185
2.695-2.827	0.241	320	0.189	6246	0.191	6576	0.963	0.977	99.8479	0.175
2.827-2.979	0.235	321	0.163	5950	0.167	6279	0.966	0.983	99.8726	0.151
2.979-3.159	0.234	309	0.176	5602	0.179	5911	0.963	0.981	100	0.164
3.159-3.377	0.237	294	0.172	5285	0.175	5579	0.964	0.982	100	0.161
3.377-3.646	0.227	275	0.179	4942	0.182	5217	0.967	0.98	100	0.172
3.646-3.993	0.213	267	0.165	4524	0.168	4792	0.97	0.983	99.9791	0.159
3.993-4.462	0.199	226	0.144	4165	0.147	4391	0.977	0.987	100	0.141
4.462-5.147	0.189	202	0.139	3646	0.142	3848	0.979	0.986	100	0.138
5.147-6.291	0.222	181	0.174	3109	0.176	3290	0.971	0.984	100	0.168
6.291-8.846	0.178	135	0.16	2454	0.161	2589	0.983	0.986	100	0.155
8.846-58.4	0.2	91	0.201	1403	0.201	1503	0.976	0.973	99.4012	0.243

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4876	-0.1795	-0.024	0.5511	0.0203	0.2644	0.0136	-0.0226	-0.0039	-0.0213	-0.0078	-0.0461	0.0195	0.0291	-0.0058	0.1129	-0.0114	0.0198	0.0972	-0.0025	0.008	60.2072	20.6964	138.6075
2	0.5065	0.125	-0.0897	0.389	-0.0134	0.2642	0.0056	0.0191	-0.0183	0.03	-0.0067	0.014	0.0157	-0.026	0.0011	0.0816	0.0062	0.0202	0.0502	0.0015	0.0063	-0.2783	19.0056	98.4187

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	43 - 939
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	46 - 939

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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