PDB-9h6f: Bacteroides ovatus GH98 endoxylanase in complex with arabino-xylo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h6f

タイトル

Bacteroides ovatus GH98 endoxylanase in complex with arabino-xylooligosaccharide

要素

Glycosyl hydrolase family 98

キーワード

HYDROLASE / Endoxylanase / Carbohydrate hydrolase / GH98

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides ovatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Tomlinson, C.W.E. / Cartmell, A. / Bolam, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bacteroides ovatus GH98 endoxylanase in complex with arabino-xylooligosaccharide
著者: Tomlinson, C.W.E. / Cartmell, A. / Bolam, D.

履歴

登録	2024年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h6f.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h6f.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9h6f_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h6f_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	9h6f_validation.xml.gz	77.9 KB	表示
CIF形式データ	9h6f_validation.cif.gz	103.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/9h6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/9h6f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9h6gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Glycosyl hydrolase family 98

B: Glycosyl hydrolase family 98

ヘテロ分子

203 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Glycosyl hydrolase family 98

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
102 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycosyl hydrolase family 98

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
101 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	186.05, 63.85, 180.49
Angle α, β, γ (deg.)	90, 118.69, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 45 - 939 / Label seq-ID: 1 - 895

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glycosyl hydrolase family 98 分子量: 100925.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (バクテリア) / 遺伝子: F3F51_01075, HUV13_02585 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6N3VET1

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖

beta-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DXylpb1-3DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a212h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(3+1)][b-D-Xylp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-AHR / alpha-L-arabinofuranose / alpha-L-arabinose / L-arabinose / arabinose

タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
LArafa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-L-arabinofuranose	COMMON NAME	GMML 1.0
a-L-Araf	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Ara	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 糖

ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 2種, 536分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Vapour diffusion

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.93932 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.93932 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→59.18 Å / Num. obs: 94781 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.995 / Χ²: 1.28 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	Χ²	% possible all
12.05-59.18	1.8	28	632	0.999	0.64	98.3
2.2-2.24	2	1.4	4621	0.643	1.03	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→59.176 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / WR_factor R_free: 0.238 / WR_factor R_work: 0.187 / SU B: 15.063 / SU ML: 0.191 / Average fsc free: 0.9537 / Average fsc work: 0.9702 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.223 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2454	4758	5.02 %
R_work	0.1922	90021	-
all	0.195	-	-
obs	-	94779	99.924 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.257 Å²	0 Å²	-1.005 Å²
2-	-	0.671 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.518 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→59.176 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14243	0	69	534	14846

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	14723
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	13328
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.635	1.798	20045
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.56	1.758	30718
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.007	5	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.501	5	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.351	10	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.574	10	720
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	17552
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3548
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	2737
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	12077
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	7192
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	7602
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	633
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.134	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.248	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.015	2.137	7173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.014	2.137	7173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.301	3.832	8968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.3	3.832	8969
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.127	2.29	7550
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.127	2.29	7551
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.397	4.13	11077
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.397	4.13	11078
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.334	20.817	16343
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.319	20.582	16249
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.076	0.05	30304

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07564	0.05011
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07564	0.05011

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.319	353	0.295	6569	0.296	6923	0.925	0.935	99.9856	0.288
2.257-2.319	0.294	332	0.258	6416	0.26	6749	0.937	0.953	99.9852	0.25
2.319-2.386	0.282	335	0.237	6304	0.24	6639	0.948	0.962	100	0.228
2.386-2.459	0.282	340	0.23	6116	0.232	6456	0.945	0.965	100	0.217
2.459-2.54	0.282	350	0.218	5806	0.222	6158	0.946	0.969	99.9675	0.203
2.54-2.629	0.266	317	0.214	5681	0.217	6000	0.957	0.972	99.9667	0.201
2.629-2.728	0.28	292	0.21	5569	0.213	5863	0.954	0.973	99.9659	0.194
2.728-2.839	0.266	282	0.2	5286	0.203	5571	0.955	0.976	99.9461	0.185
2.839-2.965	0.267	223	0.203	5153	0.206	5376	0.953	0.974	100	0.187
2.965-3.109	0.26	246	0.194	4904	0.197	5150	0.959	0.977	100	0.182
3.109-3.277	0.287	206	0.211	4695	0.215	4902	0.942	0.972	99.9796	0.202
3.277-3.475	0.239	234	0.196	4386	0.198	4620	0.966	0.979	100	0.191
3.475-3.714	0.217	204	0.184	4163	0.185	4368	0.973	0.981	99.9771	0.178
3.714-4.01	0.233	206	0.173	3863	0.176	4073	0.966	0.98	99.9018	0.171
4.01-4.391	0.201	203	0.159	3548	0.161	3758	0.973	0.984	99.8137	0.164
4.391-4.906	0.182	187	0.139	3236	0.141	3445	0.979	0.988	99.3614	0.147
4.906-5.658	0.21	132	0.158	2861	0.16	3004	0.971	0.986	99.6338	0.167
5.658-6.914	0.248	137	0.175	2432	0.179	2571	0.969	0.981	99.9222	0.183
6.914-9.712	0.231	114	0.167	1911	0.17	2026	0.967	0.981	99.9506	0.182
9.712-59.176	0.268	65	0.221	1122	0.224	1192	0.948	0.965	99.5805	0.244

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8616	-0.228	-0.0353	0.6469	-0.012	0.4386	-0.0064	-0.0398	-0.0282	-0.1342	-0.0189	-0.0364	-0.0156	0.0438	0.0254	0.1127	-0.033	-0.0353	0.1528	0.0146	0.0313	7.4561	12.6644	59.5823
2	0.7244	0.2333	0.0283	1.1294	-0.0787	0.6034	0.0048	0.1134	-0.0062	0.2605	0.0205	0.0454	0.0273	-0.0441	-0.0252	0.1564	0.0306	-0.0025	0.2153	-0.0002	0.0048	40.1281	-17.6553	19.0958

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	45 - 939
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	45 - 939

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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