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- PDB-9h6e: Complex of Histidine-containing phosphotransfer 1 (AHP1) and Resp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h6e
タイトルComplex of Histidine-containing phosphotransfer 1 (AHP1) and Response regulator 1 (ARR1) from A. thaliana
要素
  • Histidine-containing phosphotransfer protein 1
  • Two-component response regulator ARR1
キーワードSIGNALING PROTEIN / response regulator / histidine-containing phosphotransfer / cytokinin signaling / protein-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to cytokinin stimulus / regulation of cytokinin-activated signaling pathway / regulation of seed growth / callus formation / regulation of anthocyanin metabolic process / primary root development / maintenance of shoot apical meristem identity / axillary shoot meristem initiation / shoot system development / regulation of root meristem growth ...cellular response to cytokinin stimulus / regulation of cytokinin-activated signaling pathway / regulation of seed growth / callus formation / regulation of anthocyanin metabolic process / primary root development / maintenance of shoot apical meristem identity / axillary shoot meristem initiation / shoot system development / regulation of root meristem growth / response to cytokinin / multidimensional cell growth / regulation of chlorophyll biosynthetic process / embryo sac development / protein histidine kinase binding / cytokinin-activated signaling pathway / histidine phosphotransfer kinase activity / root development / response to water deprivation / phosphorelay response regulator activity / phosphorelay signal transduction system / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Response regulator B-type, plant / Two-component response regulator ARR-like / Myb domain, plants / Histidine-containing phosphotransfer protein 1-5/Phosphorelay intermediate protein YPD1 / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain ...Response regulator B-type, plant / Two-component response regulator ARR-like / Myb domain, plants / Histidine-containing phosphotransfer protein 1-5/Phosphorelay intermediate protein YPD1 / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
OXAMIC ACID / Two-component response regulator ARR1 / Histidine-containing phosphotransfer protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Tran, L.H. / Ruszkowski, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2025
タイトル: ARR1 and AHP interactions in the multi-step phosphorelay system.
著者: Tran, L.H. / Ruszkowski, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Histidine-containing phosphotransfer protein 1
A: Histidine-containing phosphotransfer protein 1
D: Two-component response regulator ARR1
B: Two-component response regulator ARR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,83411
ポリマ－98,2854
非ポリマー5487
水1629
1
C: Histidine-containing phosphotransfer protein 1
D: Two-component response regulator ARR1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, ARR1 and AHP1 were purified separately. Then, they were mixed in with an excess of AHP1. The mixture was concentrated and run on Sixe-exclusion chromatography. There is a peak ...根拠: gel filtration, ARR1 and AHP1 were purified separately. Then, they were mixed in with an excess of AHP1. The mixture was concentrated and run on Sixe-exclusion chromatography. There is a peak of the complex and a peak of excess AHP1
  • 49.4 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3865
ポリマ－49,1432
非ポリマー2433
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area17060 Å2
手法PISA
2
A: Histidine-containing phosphotransfer protein 1
B: Two-component response regulator ARR1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, ARR1 and AHP1 were purified separately. Then, they were mixed in with an excess of AHP1. The mixture was concentrated and run on Sixe-exclusion chromatography. There is a peak ...根拠: gel filtration, ARR1 and AHP1 were purified separately. Then, they were mixed in with an excess of AHP1. The mixture was concentrated and run on Sixe-exclusion chromatography. There is a peak of the complex and a peak of excess AHP1
  • 49.4 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4486
ポリマ－49,1432
非ポリマー3054
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area16870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.500, 132.574, 160.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 CADB

#1: タンパク質 Histidine-containing phosphotransfer protein 1


分子量: 17905.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AHP1, ATHP3, At3g21510, MIL23.8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZNV9
#2: タンパク質 Two-component response regulator ARR1


分子量: 31237.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: at the N terminus, there are 6H tag, TEV cleavage site and SNA linker
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ARR1, At3g16857, K20I9.9, MUH15.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q940D0

-
非ポリマー , 4種, 16分子

#3: 化合物 ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸


分子量: 89.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20 mM Sodium formate, 20 mM ammonium acetate, 20 sodium citrate tribasic dihydrate, 20 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20 mM sodium oxamate, 100 mM Tris (base) BICINE pH 8.5, 20% glycerol, 10% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9196 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9196 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→80.336 Å / Num. obs: 30328 / % possible obs: 72.4 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 94.65 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.874→3.15 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 1517 / CC1/2: 0.81 / % possible all: 15.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.87→42.25 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 28.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2286 1031 3.4 %
Rwork0.1913 --
obs0.1926 30299 72.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.87→42.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5390 0 36 9 5435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3682109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06852
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008945
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.87-3.020.3688180.3464494X-RAY DIFFRACTION9
3.03-3.210.3775580.31511654X-RAY DIFFRACTION29
3.21-3.460.33811360.28083876X-RAY DIFFRACTION68
3.46-3.810.28431990.24355645X-RAY DIFFRACTION98
3.81-4.360.22332030.17795762X-RAY DIFFRACTION100
4.36-5.490.2082040.17415815X-RAY DIFFRACTION100
5.49-42.250.20382130.17246022X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6262-5.091-2.39267.06050.8883.21830.6968-0.27810.5093-0.4873-0.3494-0.3336-0.1614-0.3983-0.32240.4495-0.07690.00040.7401-0.06510.630510.908529.380778.3152
21.76022.8822-2.14229.0842-1.91116.58220.1577-0.66250.7379-0.0388-0.00261.03850.4527-0.49-0.19970.4314-0.0796-0.08850.86650.08620.794215.384514.766586.0679
34.15121.3110.04674.4157-0.98442.71690.2248-0.8154-0.26560.4086-0.1853-0.82320.42380.4299-0.17360.57930.0601-0.14710.91070.0990.741136.87414.681891.6611
48.9406-1.27341.66585.3015-0.97233.89680.4634-0.71241.8550.0823-0.2587-0.9184-0.08780.0750.12850.3594-0.0328-0.09140.5463-0.04020.538729.450224.850986.6956
56.65085.03914.00343.95932.26369.9014-0.74160.21810.45341.85770.87162.38681.0013-0.3574-0.31390.83180.01910.06051.22990.07481.00833.779824.771386.282
62.6494-1.61473.84028.07811.1648.01990.8262-1.8411-0.38211.1248-0.61190.8492-0.1361-0.5698-0.13490.4074-0.04540.05550.744-0.05560.689-13.861728.99580.9318
71.5384-0.26240.98577.7542-0.10338.74390.16830.02070.1495-0.3694-0.2427-0.3146-0.54580.12620.00120.51230.0211-0.01360.6167-0.00350.8141-2.708127.58769.1798
83.96744.71131.48799.6602-1.583.89811.40041.5054-1.6638-2.0229-0.46681.94720.6328-0.1756-1.05590.86880.0831-0.30091.09-0.11811.4809-15.930126.173360.823
95.6455-5.03331.16738.5312-0.92974.25070.53980.4468-1.1899-0.8035-0.28110.3590.89940.2793-0.2730.5730.0069-0.07350.5543-0.12760.65027.925510.916767.0287
106.6041-4.5447-0.86054.67450.67582.2651-0.4839-0.7061-1.12780.38060.50730.78850.3623-0.4662-0.02880.4118-0.1482-0.05360.66970.01540.6885-3.863218.541375.4867
114.5351-0.93450.2754.0433-0.86224.380.1788-1.5108-0.04841.0164-0.24120.0450.54370.2474-0.1360.8994-0.0609-0.02121.12980.19830.723422.73750.5537101.9768
123.2593-1.151-0.87267.1254-0.89782.55830.1328-0.21-0.8119-0.3875-0.2315-0.39491.65890.39690.09791.45990.1985-0.10190.9630.28030.79628.2468-15.466593.237
135.8176-0.0813-2.63454.2316-0.36658.14130.49010.7265-0.6764-1.536-0.1075-0.00581.0027-0.0883-0.29871.02750.1573-0.19550.7326-0.2520.65923.782518.995446.6625
142.48261.10770.79242.6511-2.71634.68750.16460.45150.4833-1.1717-0.0869-0.6611-0.16831.2209-0.07121.2186-0.03690.31861.0771-0.26930.782217.002530.575841.6655
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid -2 through 19 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 20 through 40 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 41 through 108 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 109 through 142 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 143 through 150 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 0 through 19 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 20 through 33 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 34 through 40 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 41 through 108 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 109 through 154 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 38 through 96 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 97 through 296 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 38 through 120 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 121 through 296 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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