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- PDB-9h6d: Crystal structure of the E. coli F-plasmid VapBC toxin-antitoxin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h6d
タイトルCrystal structure of the E. coli F-plasmid VapBC toxin-antitoxin complex (VapB V5E)
要素
  • Antitoxin
  • tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
キーワードTOXIN / VapBC / toxin-antitoxin / antibiotic tolerance
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity / toxin activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / PIN domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / VapC family / PIN domain / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin-antitoxin system antitoxin VapB / tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli KLY (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Hollingshead, S. / McVicker, G. / Nielsen, M.R. / Zhang, Y. / Pilla, G. / Jones, R.A. / Thomas, J.C. / Johansen, S.E.H. / Exley, R.M. / Brodersen, D.E. / Tang, C.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust221924/Z/20/Z 英国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Shared mechanisms of enhanced plasmid maintenance and antibiotic tolerance mediated by the VapBC toxin:antitoxin system.
著者: Hollingshead, S. / McVicker, G. / Nielsen, M.R. / Zhang, Y. / Pilla, G. / Jones, R.A. / Thomas, J.C. / Johansen, S.E.H. / Exley, R.M. / Brodersen, D.E. / Tang, C.M.
履歴
登録2024年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
B: Antitoxin
C: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
D: Antitoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5644
ポリマ－51,5644
非ポリマー00
水00
1
A: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
B: Antitoxin
C: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
D: Antitoxin

A: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
B: Antitoxin
C: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
D: Antitoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1298
ポリマ－103,1298
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area26260 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area32370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.807, 89.807, 117.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質 tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC / RNase VapC / Toxin VapC


分子量: 14818.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli KLY (大腸菌)
遺伝子: orf5, vapC, EWK56_24100, F7N46_24920, FGAF1022_52400, FGAS143_47190, G4A38_21190, G4A47_21040
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q84A22, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Antitoxin / VapB protein (Antitoxin to VapC)


分子量: 10964.046 Da / 分子数: 2 / Mutation: V5E / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: V5E mutant / 由来: (組換発現) Escherichia coli KLY (大腸菌)
遺伝子: orf6, vapB, ACN81_23035, FGAF1022_52390, FGAS143_47180, G4A38_21185, G4A47_21035
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7B3V0
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2 M Lithium sulphate monohydrate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 26 % PEG200
PH範囲: 5.0-5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97702 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97702 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→46.8 Å / Num. obs: 9854 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20.08 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 13.84
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
3.15-3.234.6927070.1674.9371
3.23-3.323.2816810.1313.4471
3.32-3.412.7276850.2942.8671
3.41-3.521.8926600.5621.9881
3.52-3.631.1216410.7571.1791
3.63-3.760.756290.9040.7891
3.76-3.90.5446030.9280.5731
3.9-4.060.3695710.970.3891
4.06-4.240.255620.9820.2641
4.24-4.450.1685290.9910.1781
4.45-4.690.1235100.9960.1291
4.69-4.980.1114850.9960.1171
4.98-5.320.1014500.9980.1071
5.32-5.750.1044310.9970.1091
5.75-6.290.0893930.9980.0931
6.29-7.040.0593640.9990.0631
7.04-8.130.043230.9990.0431
8.13-9.950.0272750.9990.0291
9.95-14.080.02322510.0241
14.08-46.80.02313010.0251

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.15→46.79 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2984 527 5.39 %
Rwork0.2481 --
obs0.2509 9785 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→46.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3166 0 0 0 3166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053217
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6794344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.554440
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011573
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.470.39241350.40852216X-RAY DIFFRACTION98
3.47-3.970.38971410.34472284X-RAY DIFFRACTION100
3.97-50.32121220.26862341X-RAY DIFFRACTION100
5-46.790.25551290.20172417X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.4467-0.8758-0.34144.77966.28848.8318-0.19270.5653-0.27920.55060.0557-0.41450.51820.047-0.35891.41930.15090.01711.22990.34181.2217-23.8791-25.82226.3715
21.6921-0.9702-1.10076.2497-4.76629.3354-0.1347-2.717-1.02141.48060.5697-1.33263.55250.24510.41161.97980.226-0.15441.59870.02231.449-19.0206-29.419734.7185
35.651-0.7089-1.90853.21832.88863.46571.9951.21270.92530.4216-2.0979-1.96610.87141.70070.23871.42070.0491-0.02811.61320.61351.8454-13.0058-23.181827.2949
42.3866-4.868-0.27019.22671.83425.5544-0.48750.4689-0.65330.022-0.20250.07120.1603-0.8923-0.25191.20850.11890.10721.24740.14741.0541-32.2695-17.972224.4592
54.0165-1.20285.29353.918-2.52357.12540.8615-2.5061.20541.5912-0.91891.119-1.1576-1.1727-0.27521.34410.22770.13341.2714-0.10321.1983-30.9772-15.80334.8523
68.4646-1.71386.81524.46342.15468.71760.01621.8572-1.509-1.34551.5427-0.2743-5.76043.77220.78721.89450.18020.70221.16450.15991.6021-21.9952-15.481318.335
74.58010.9863-3.76869.71684.61295.39861.52311.7524-0.95771.615-1.3383-0.80630.7427-0.7259-0.35512.13530.17590.24481.7069-0.14151.3106-28.0008-25.51324.4118
88.69191.0321.00332.6387-1.26335.42830.96121.01491.2016-1.2801-1.01220.44430.82370.7959-0.23911.59840.13520.31171.3820.15081.7742-27.844-25.62512.0193
92.33081.1389-1.12648.35170.44853.0805-1.10781.3556-1.2388-3.26430.32920.22390.71010.2898-0.5961.85020.15250.24061.18390.11791.5629-25.5693-32.842317.7688
106.92035.0502-0.60973.5385-0.03334.4789-0.8931-1.0728-0.5532-1.34340.4837-2.13212.25352.76650.8071.88170.60480.69811.7874-0.08871.8988-20.385-32.918818.6101
112.00872.01242.0182.0182.00092.0019-0.98290.27315.4104-0.55925.2211-0.1612-7.05712.5058-0.43171.9735-0.5662-0.42152.13790.54891.8703-13.7358-3.298852.7757
125.6816-0.0985-0.7882.5908-1.26442.8453-0.3839-0.5644-1.55660.58771.63451.0897-0.01774.939-1.35772.6955-0.35281.12462.8307-0.23362.5484-5.23730.58940.3364
135.472-4.144-6.65543.33814.92248.16082.90072.38691.55242.5677-0.6368-1.1014-2.2155-3.1133-1.05271.4696-0.61190.06593.283-0.1422.0719-6.4005-0.972637.2035
142.0662-2.4258-9.44749.40082.69059.34512.9661-0.88750.9667-0.58092.15456.7949-2.5741-2.92542.71772.28891.0415-0.03283.04180.94192.0143-7.2088-8.284151.3386
157.3942-6.6313-0.36217.7013-1.93353.0749-3.4738-3.1375-0.49221.74454.07821.54240.6001-4.04330.29521.65980.12710.27772.780.1061.4657-3.2719-18.692144.5868
162.93193.71334.57489.27312.90568.3246-0.27321.55782.96960.8453-0.2866-1.3965-1.3191.2592-0.18551.27490.0873-0.01761.36440.01961.571-15.8283-11.403338.2205
173.0471.70662.533210.1665-0.17556.2390.6928-2.64632.00521.48640.3264-0.44251.99461.2995-0.91091.64330.35570.20351.48410.01761.4522-20.6655-22.010739.136
183.54443.06394.36294.95915.13786.18071.3059-3.7704-4.527-0.811-1.8928-1.26371.3862-3.2159-0.07251.22660.1330.13841.63740.16551.657-38.5891-22.811634.965
193.54540.5284-2.41633.3151-3.95145.8546-0.0726-0.7511-0.6013-1.88391.48492.21343.6957-0.5296-1.11981.2875-0.00560.08791.31740.70321.8172-38.4859-26.364422.3098
204.5451-1.26892.96625.0496-4.6066.55350.53770.1860.1186-0.1105-0.87090.22931.6358-1.24610.15911.5326-0.15160.18131.6377-0.00871.1205-37.7012-6.38141.952
217.90373.34584.81843.86574.81726.3753-1.21362.69573.6844-2.76311.53070.6739-1.0207-2.16461.1692.0398-0.3934-0.1411.30690.44561.5008-39.28360.4607-5.8403
229.3547-0.3721-0.74177.402-2.59978.1157-1.09130.1798-0.0469-0.28120.35710.2513-0.03740.27470.22821.3709-0.1668-0.12011.17090.05040.7323-32.1175-11.46082.8632
238.2082-2.90931.68592.2148-2.8013.3946-0.31051.9292-0.5189-2.98531.4517-1.59941.70441.12980.73181.98490.0760.44931.6414-0.15781.4234-29.1091-15.4462-7.0817
248.7448-1.58925.35577.12090.53029.2829-0.9748-0.0411.527-0.4873-1.7651-1.30520.07825.63830.47121.54150.07050.08391.38520.00781.1486-27.4088-7.905410.2184
257.71547.20582.47617.73944.20893.16490.31540.1060.15941.0166-0.37741.58550.5756-0.74490.65181.3990.020.08011.56030.19061.5508-41.5177-12.585521.8158
266.9989-4.6505-6.70474.58494.1175.8987-1.7249-0.26170.8319-0.16850.79591.9606-0.6340.99210.85521.3753-0.09520.00011.28210.03121.6042-36.1649-10.110514.9906
276.5075-1.8031-2.25768.8117-6.69626.59080.24460.2442-0.0791-0.28590.12621.73120.5866-0.1285-0.45921.2213-0.0521-0.06751.2898-0.12051.3639-44.5984-4.727110.0032
282.0132-1.3712-6.07485.92115.66437.44490.6391-0.97914.21892.23224.2663-1.55610.45721.7119-0.56051.50360.4791-0.21272.64960.31241.9786-9.94512.8147.5111
293.96590.7019-3.14253.86522.84415.3738-1.31372.81631.171-2.40020.37051.1509-2.14397.33210.71342.5262-0.2287-0.00463.140.27261.7205-1.28387.6442-7.8168
306.1273-2.331-2.49423.32340.07175.790.16491.9145-1.1325-1.4320.1651-0.5413-0.28841.6483-0.21321.8989-0.03770.14621.87430.11871.6905-13.87032.8022-2.11
316.80383.427-3.96313.0789-4.02485.34321.52670.05741.3663-2.6822-2.04120.9810.88650.26710.24552.0390.0191-0.09571.744-0.23081.9723-15.404113.0904-6.5628
326.10552.56011.01093.24090.65156.1028-0.4293.77432.8318-3.39511.0656-1.9181.2014-0.8095-0.45562.8244-0.75930.61162.29840.26752.0147-30.3265-1.8544-9.5171
331.8155.02853.44231.0510.84690.5665-2.29551.54984.06940.40821.2912-0.38842.33970.1513-1.65793.52330.19070.49421.42520.47140.927-37.14-17.5754-9.0365
349.2192.9927-5.12022.6104-1.59514.9420.01261.3426-2.5152-0.2869-0.32031.49392.71212.18131.1812.3297-0.07350.00381.32730.07161.8251-41.7196-21.36165.6394
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 28 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 33 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 34 through 49 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 50 through 66 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 67 through 73 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 74 through 90 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 91 through 108 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 109 through 122 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 123 through 132 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 0 through 4 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 5 through 9 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 10 through 14 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 15 through 20 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 21 through 28 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 29 through 42 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 43 through 56 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 57 through 61 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 62 through 68 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 1 through 17 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 18 through 28 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 29 through 49 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 50 through 66 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 67 through 73 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 74 through 95 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 96 through 108 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 109 through 132 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid -2 through 4 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 5 through 14 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 15 through 34 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 35 through 42 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 43 through 52 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 53 through 62 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 63 through 68 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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