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- PDB-9h6b: Crystal structure of the E. coli F-plasmid VapBC toxin-antitoxin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h6b
タイトルCrystal structure of the E. coli F-plasmid VapBC toxin-antitoxin complex (VapB T3N, A13P, L16R)
要素
  • Antitoxin
  • tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
キーワードTOXIN / VapBC / toxin-antitoxin / antibiotic tolerance
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity / toxin activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / PIN domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / VapC family / PIN domain / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin-antitoxin system antitoxin VapB / tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli KLY (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hollingshead, S. / McVicker, G. / Nielsen, M.R. / Zhang, Y. / Pilla, G. / Jones, R.A. / Thomas, J.C. / Johansen, S.E.H. / Exley, R.M. / Brodersen, D.E. / Tang, C.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust221924/Z/20/Z 英国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Shared mechanisms of enhanced plasmid maintenance and antibiotic tolerance mediated by the VapBC toxin:antitoxin system.
著者: Hollingshead, S. / McVicker, G. / Nielsen, M.R. / Zhang, Y. / Pilla, G. / Jones, R.A. / Thomas, J.C. / Johansen, S.E.H. / Exley, R.M. / Brodersen, D.E. / Tang, C.M.
履歴
登録2024年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
B: Antitoxin
C: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
D: Antitoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6704
ポリマ－51,6704
非ポリマー00
水00
1
A: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
B: Antitoxin
C: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
D: Antitoxin

A: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
B: Antitoxin
C: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
D: Antitoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3418
ポリマ－103,3418
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area26770 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area32990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.590, 89.590, 115.978
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質 tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC / RNase VapC / Toxin VapC


分子量: 14818.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli KLY (大腸菌)
遺伝子: orf5, vapC, EWK56_24100, F7N46_24920, FGAF1022_52400, FGAS143_47190, G4A38_21190, G4A47_21040
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q84A22, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Antitoxin / VapB protein (Antitoxin to VapC)


分子量: 11017.136 Da / 分子数: 2 / Mutation: T3N, A13P, L16R / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: T3N, A13P, L16R mutant / 由来: (組換発現) Escherichia coli KLY (大腸菌)
遺伝子: orf6, vapB, ACN81_23035, FGAF1022_52390, FGAS143_47180, G4A38_21185, G4A47_21035
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7B3V0
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2 M Lithium sulphate monohydrate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 26 % PEG200
PH範囲: 5.0-5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.979261 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979261 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→46.5 Å / Num. obs: 13688 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 14.13
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.8-2.872.8069930.3332.9561
2.87-2.952.1369440.5032.2481
2.95-3.041.6549640.621.7411
3.04-3.131.1839140.7841.2441
3.13-3.230.8128960.8660.8551
3.23-3.350.5668490.9250.5961
3.35-3.470.4298290.960.4511
3.47-3.620.2838180.9830.2981
3.62-3.780.1897690.9940.1991
3.78-3.960.1447390.9940.1521
3.96-4.180.1067080.9970.1111
4.18-4.430.0886750.9970.0931
4.43-4.740.076400.9980.0741
4.74-5.110.0625710.9990.0661
5.11-5.60.0655640.9980.0681
5.6-6.260.0664940.9980.071
6.26-7.230.0514440.9990.0541
7.23-8.860.0433870.9990.0451
8.86-12.530.0373020.9990.041
12.53-46.50.0361880.9980.0381

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(1.21.1_5286: ???)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→46.45 Å / SU ML: 0.62 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2748 1374 10.05 %
Rwork0.2301 --
obs0.2346 13673 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3175 0 0 0 3175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063229
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9074361
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0981221
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057485
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01577
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.90.5181350.50031198X-RAY DIFFRACTION99
2.9-3.020.50531340.41691194X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.150.37571330.34231213X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.320.3011370.29491227X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.530.32711370.29451214X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.80.30691400.2631205X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.180.27591360.21831234X-RAY DIFFRACTION100
4.18-4.790.22981340.19811237X-RAY DIFFRACTION100
4.79-6.030.3091380.2181262X-RAY DIFFRACTION100
6.03-46.450.22261500.18961315X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0542-0.59-3.31614.8332-5.4048.47220.04640.40650.7983-0.1690.36890.874-2.2614-0.6859-0.56951.36840.0529-0.09040.77180.07940.746230.001715.7257-2.5933
23.46091.246-0.17068.79380.85648.46920.0843-0.0204-0.56740.1750.2028-0.9684-0.4710.4647-0.25060.8903-0.0038-0.01280.7465-0.04630.794737.108611.083518.2931
35.5826-0.89721.88624.17543.12778.081-0.2052-0.25440.1753-0.31560.4138-0.4329-0.08320.5033-0.30920.9033-0.11810.02860.7103-0.04910.787341.22326.343111.3954
42.0197-6.43011.4247.985-2.01942.4687-1.9374-2.6385-4.1385-0.19772.46564.9072.3181-1.3332-1.32451.32590.21270.49941.7790.33411.99378.526-12.76956.4077
50.4937-0.8174-0.74452.55132.80033.174-0.96490.92292.3082-2.86363.15422.1013-1.203-4.333-1.3511.7882-0.136-0.43792.70270.81012.3504-0.4806-7.6872-5.6734
60.9596-1.81972.01341.97522.01517.5845-1.26811.60070.1548-6.4341-0.35372.26072.2181-2.5098-3.82781.48820.2229-0.85771.32760.25991.92251.5991-7.6928-8.9302
78.1021-3.4504-6.28032.43813.12385.137-0.59371.9311-0.60090.71580.2676-0.3399-2.0131-2.50360.81051.52460.30880.2161.88240.0371.4989.3919-5.52085.1587
87.16743.3639-2.20266.1401-3.55696.2055-0.27320.16560.3870.60870.12491.1024-0.78720.27670.73831.02380.0544-0.14571.22110.09471.107215.4034-6.6828-5.764
95.5031-4.5487-3.09975.43880.48524.2709-0.16281.453-0.4366-3.50681.5792-0.1033-0.9149-0.4155-0.9432.0793-0.4277-0.08210.9994-0.09941.288632.58957.8399-9.8883
102.08660.37892.28270.03710.11530.48661.3465.1091-1.0211.23841.6457-0.0195-2.16484.86780.08781.7163-0.2472-0.10651.4662-0.23951.096341.467921.92124.274
114.45091.99890.2436.4489-0.26941.6736-0.79110.49570.5303-0.18930.1799-0.0603-0.8511-0.04750.5581.1857-0.0577-0.0340.8136-0.07450.734723.642926.263425.8551
122.1188-0.8255-0.89366.3121.90978.71110.13530.29510.0658-0.3267-0.40860.6003-0.3088-0.53330.01170.82770.0911-0.11850.5095-0.02750.705325.722720.685724.4903
138.4037-2.4178-0.19685.20031.49147.311-0.15511.75810.6655-1.654-0.4196-0.446-1.3938-0.25760.22831.36640.0222-0.15340.8079-0.0980.8926.683827.219911.6732
145.0403-1.06630.45392.0775-2.87094.1962-0.23641.3556-2.5927-2.7184-0.08550.9646-0.10062.73110.22052.39940.1242-0.40621.3707-0.25870.828729.706535.470319.2699
155.0167-1.36391.75872.0729-1.3485.025-1.6664-0.63212.4296-1.10931.88730.76950.28891.70420.35852.18420.4516-0.49911.1098-0.14411.125222.307433.924216.7362
164.3832-4.24365.39524.7587-4.098.05593.2886-1.8014-0.3244-1.3377-2.0286-2.0678-0.0587-1.1115-0.73641.8934-0.34690.47552.05890.55721.490513.56314.61752.2371
172.98340.48431.55225.8179-4.01015.3231-0.4409-0.2146-1.94952.40621.29690.96350.1366-2.12541.26231.2275-0.1260.66831.59110.18882.23414.2924-0.074439.6911
185.5338-0.3271-3.55991.8653-0.51392.6473-0.38572.5633-2.5439-0.81813.3037-1.05651.35844.1076-2.61671.2608-0.13830.1391.3601-0.65611.36946.29470.828237.3499
194.98852.4068-3.46652.9187-1.54043.71362.5223-2.32511.6232-0.628-1.65231.52720.67270.252-0.51621.86460.39160.17111.233-0.33062.35736.97559.276550.9709
205.98970.2303-2.54963.0989-0.82845.47430.1064-0.1885-0.20670.3834-0.01880.2228-0.23610.1457-0.04650.82290.0686-0.02290.8677-0.1430.828920.967119.647736.1398
216.94993.85931.03986.73410.37514.6226-0.39920.5197-0.7668-1.08710.2228-0.72110.6465-0.07510.00020.8286-0.11330.08570.9021-0.06570.650736.91162.2668-0.9125
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 34 through 66 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 67 through 95 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 96 through 132 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 0 through 4 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 5 through 9 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 10 through 14 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 15 through 20 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 21 through 42 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 43 through 61 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 62 through 68 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 1 through 17 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 18 through 87 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 88 through 114 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 115 through 119 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 120 through 132 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 0 through 4 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 5 through 9 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 10 through 14 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 15 through 20 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 21 through 69 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 1 through 33 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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