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- PDB-9h6a: Crystal structure of the E. coli F-plasmid VapBC toxin-antitoxin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h6a
タイトルCrystal structure of the E. coli F-plasmid VapBC toxin-antitoxin complex
要素
  • Antitoxin
  • tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
キーワードTOXIN / VapBC / toxin-antitoxin / antibiotic tolerance
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity / toxin activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / PIN domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / VapC family / PIN domain / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin-antitoxin system antitoxin VapB / tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli KLY (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Hollingshead, S. / McVicker, G. / Nielsen, M.R. / Zhang, Y. / Pilla, G. / Jones, R.A. / Thomas, J.C. / Johansen, S.E.H. / Exley, R.M. / Brodersen, D.E. / Tang, C.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust221924/Z/20/Z 英国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Shared mechanisms of enhanced plasmid maintenance and antibiotic tolerance mediated by the VapBC toxin:antitoxin system.
著者: Hollingshead, S. / McVicker, G. / Nielsen, M.R. / Zhang, Y. / Pilla, G. / Jones, R.A. / Thomas, J.C. / Johansen, S.E.H. / Exley, R.M. / Brodersen, D.E. / Tang, C.M.
履歴
登録2024年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
B: Antitoxin
C: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
D: Antitoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5044
ポリマ－51,5044
非ポリマー00
水00
1
A: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
B: Antitoxin
C: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
D: Antitoxin

A: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
B: Antitoxin
C: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
D: Antitoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0098
ポリマ－103,0098
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area25890 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area31750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.540, 90.540, 119.889
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質 tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC / RNase VapC / Toxin VapC


分子量: 14818.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli KLY (大腸菌)
遺伝子: orf5, vapC, EWK56_24100, F7N46_24920, FGAF1022_52400, FGAS143_47190, G4A38_21190, G4A47_21040
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q84A22, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Antitoxin / VapB protein (Antitoxin to VapC)


分子量: 10934.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli KLY (大腸菌)
遺伝子: orf6, vapB, ACN81_23035, FGAF1022_52390, FGAS143_47180, G4A38_21185, G4A47_21035
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7B3V0
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2 M Lithium sulphate monohydrate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 26 % PEG200
PH範囲: 5.0-5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.98401 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98401 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→47.62 Å / Num. obs: 13589 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 16.71
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.86-2.934.6269810.2244.7471
2.93-3.023.6079800.3073.6981
3.02-3.12.8589180.4982.9311
3.1-3.22.2749240.5412.3331
3.2-3.31.4648610.7861.5021
3.3-3.421.1778780.8541.2071
3.42-3.550.8178070.9220.8381
3.55-3.690.5617940.9720.5751
3.69-3.860.3627840.9840.3711
3.86-4.050.2687330.990.2751
4.05-4.260.1836990.9960.1881
4.26-4.520.1256700.9980.1281
4.52-4.840.1046150.9980.1061
4.84-5.220.0965990.9990.0991
5.22-5.720.095380.9990.0931
5.72-6.40.0815000.9990.0831
6.4-7.390.0584360.9990.0591
7.39-9.050.04138710.0421
9.05-12.790.03330410.0341
12.79-47.620.02818110.0291

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(1.21.1_5286: ???)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.86→47.62 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2792 1357 10.01 %
Rwork0.2253 --
obs0.2308 13563 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→47.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3138 0 0 0 3138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053188
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7084306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2371200
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008566
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.86-2.960.33311290.35181164X-RAY DIFFRACTION98
2.96-3.080.51221370.39731222X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.220.38241320.33741192X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.390.34441350.27151202X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.60.30941360.27251210X-RAY DIFFRACTION100
3.6-3.880.30961380.24711210X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.270.25941340.22111225X-RAY DIFFRACTION100
4.27-4.890.2421370.18651217X-RAY DIFFRACTION100
4.89-6.150.29571330.24281252X-RAY DIFFRACTION100
6.17-47.620.24411460.1841312X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.4894-2.5130.73513.3495-2.10589.44090.13580.74410.93030.2341-0.1463-0.3426-0.633-0.063-0.06420.78510.1360.02420.8135-0.11120.814324.729825.776527.5944
27.5677-3.2249-0.0719.1831.84368.851-0.1967-1.2619-0.01380.70460.19240.7079-0.3818-0.3111-0.08210.90440.0281-0.00210.7225-0.07660.588424.386522.929429.6194
37.3373-0.3381-6.31567.07641.27775.5840.7338-0.69281.1011.3198-0.5814-0.08610.12030.3026-0.22840.94540.1515-0.27440.86240.07540.597132.363815.729535.6224
47.3096-0.2558-0.48721.12711.99557.170.37361.21.0264-1.11980.28240.7071-0.63620.4732-0.64561.2996-0.0253-0.17890.93030.05370.763926.636422.405910.0678
56.6068-0.2885-1.4050.9061-0.19145.57290.18050.24310.35150.07510.17460.5528-0.7061-0.5702-0.62411.22250.1243-0.17760.7854-0.05271.106428.639425.806713.1224
62.36642.4473-0.59023.13932.193.60290.4280.7127-0.689-1.3757-0.1445-0.6658-1.4878-0.26090.17361.24410.2048-0.14260.8554-0.021.154626.324832.864618.9959
75.37310.1883-2.61235.06980.98083.3825-0.23830.0422-0.1777-0.9470.64711.21560.8269-0.51410.25211.34980.3805-0.26251.0425-0.06231.128921.251733.307719.9638
82.69213.99422.76224.43443.91763.14351.7016-0.6582-2.7531-0.15170.5559-0.44770.14460.0835-2.1931.25820.04140.09981.28910.1621.34958.09550.291743.0246
94.63223.5412-0.78948.1228-2.26840.2338-0.7555-0.4007-0.23072.77970.25611.6638-1.43690.33130.01871.64110.26350.18261.4715-0.17651.07236.05513.599649.0233
104.91564.5086-3.78578.9768-4.51166.2241-0.0698-0.60040.36230.54520.06570.4662-0.27610.36150.18070.75580.16920.08930.9356-0.00230.84317.642916.160239.5313
112.4096-2.4007-2.27377.42081.34992.2151-0.7312-0.83271.2855-0.04210.51010.6348-2.24461.52890.86821.16060.0833-0.3071.28930.1631.2135.86322.625737.5476
126.74290.73113.62397.6281-0.62797.1742-1.3865-1.0419-1.2044-1.14721.3923-0.20140.031.15830.97290.89620.1772-0.05581.25540.04591.809839.47526.126422.3055
137.6011-0.1753-3.00999.4194-4.60725.03790.49950.71350.16941.3644-0.7528-1.4999-0.76620.26260.13070.9132-0.1358-0.02361.0128-0.04820.655738.38216.92022.5681
147.38472.2842-3.68623.6841-4.78996.3398-0.30280.4433-0.9007-1.05350.07580.18511.0715-0.74040.67931.2775-0.12740.17830.9371-0.14250.831238.1878-1.1297-3.4687
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175.2013-3.46261.56469.06772.99668.51650.0256-0.3070.26470.4712-0.0408-0.6310.42780.12560.16220.821-0.08420.06990.76120.0370.900442.44166.84512.3394
182.19320.7507-0.62524.73543.41543.03520.62040.0155-1.5274-1.17730.90352.9685-0.2535-1.2217-0.48661.3125-0.181-0.03791.6236-0.00421.41374.1806-10.12570.172
190.6948-1.0562-1.59141.38452.04683.0326-0.23491.99041.5721-4.27332.66411.8804-0.5255-0.8790.96591.71270.0766-0.64131.61140.32591.22572.1842-6.1064-9.5553
202.6907-2.18461.2562.8176-0.53269.0460.85241.25111.1042-0.52350.84091.9651-0.0632-1.5846-0.33241.30790.19470.06561.3933-0.01770.924113.318-0.65871.5718
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221.895-0.892.02949.51972.18636.5063-0.31710.10550.2786-0.21010.94120.08320.23391.0263-0.6520.9375-0.17180.00641.517-0.05590.966116.234-12.2115-6.7336
233.0424-1.14752.14454.0137-6.38427.90850.67771.1066-0.3944-1.3397-0.01670.33040.30480.1979-0.73291.5138-0.0290.10390.9931-0.27780.895134.12829.689-8.6449
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
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18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 1 through 8 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 9 through 14 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 15 through 28 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 29 through 34 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 35 through 42 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 43 through 62 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 63 through 68 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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