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- PDB-9h68: Crystal Structure of the spore gernation lytic transglycosylase S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h68
タイトルCrystal Structure of the spore gernation lytic transglycosylase SleC from Clostridioides difficile in its zymogenic form (prepro-SleC)
要素Spore cortex-lytic enzyme pre-pro-form
キーワードHYDROLASE / Spore germination lytic transglycosylase
機能・相同性PGBD superfamily / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / Peptidoglycan binding-like / Putative peptidoglycan binding domain / PGBD-like superfamily / Spore cortex-lytic enzyme pre-pro-form
機能・相同性情報
生物種Clostridioides difficile 630 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Molina, R. / Garay-Alvarez, A. / Hermoso, J.A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-115331GB-I00 スペイン
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Reactions of SleC, Its Structure and Inhibition in Mitigation of Spore Germination in Clostridioides difficile.
著者: Kim, C. / Molina, R. / Lee, M. / Garay-Alvarez, A. / Yang, J. / Qian, Y. / Birhanu, B.T. / Hesek, D. / Hermoso, J.A. / Chang, M. / Mobashery, S.
履歴
登録2024年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spore cortex-lytic enzyme pre-pro-form
D: Spore cortex-lytic enzyme pre-pro-form
B: Spore cortex-lytic enzyme pre-pro-form
C: Spore cortex-lytic enzyme pre-pro-form


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,6734
ポリマ－213,6734
非ポリマー00
水10,611589
1
A: Spore cortex-lytic enzyme pre-pro-form


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4181
ポリマ－53,4181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Spore cortex-lytic enzyme pre-pro-form


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4181
ポリマ－53,4181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Spore cortex-lytic enzyme pre-pro-form


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4181
ポリマ－53,4181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Spore cortex-lytic enzyme pre-pro-form


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4181
ポリマ－53,4181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.431, 89.781, 99.621
Angle α, β, γ (deg.)76.899, 75.874, 89.123
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1

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要素

#1: タンパク質
Spore cortex-lytic enzyme pre-pro-form


分子量: 53418.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile 630 (バクテリア)
遺伝子: sleC, CD630_05510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q188Z5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 5.6) and 10% Jeffamine M-2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→96.03 Å / Num. obs: 72598 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.36 Å / Num. unique obs: 3454 / CC1/2: 0.53

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→72.9 Å / SU ML: 0.3191 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 38.1525
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2611 3686 5.08 %
Rwork0.2112 68892 -
obs0.2137 72578 57.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→72.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12949 0 0 589 13538
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008713293
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.022918177
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06032023
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01062375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.46974831
LS精密化 シェル解像度: 4.94→6.22 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2508 220 -
Rwork0.1839 4540 -
obs--97.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50187906892-0.0951251116855-0.300984567681.00742530940.4070190005721.370586263870.03244415712680.03067477493110.4102434063160.05140293622470.0494863534222-0.117163134978-0.1350292114330.00620160731766-0.0076927492010.227496676050.04823831280890.02561019619090.1218867914260.08097361096770.389416330927.931264813234.6953170618-4.49960078189
21.0327549937-0.1468830418160.7089595987411.43874173496-0.4606809654123.01746495005-0.1741360967-0.09196240579690.171523846914-0.0994809584662-0.0409710577990.0557938210432-0.578236249186-0.9604879728110.05850594784890.2026881990340.111765554342-0.0254627044890.461777194905-0.1293512686730.149343588688.4111949913934.418712553644.2755940206
31.89848596553-0.04836328849020.5705021505261.35537017816-0.4187480054311.723682600330.0588799155902-0.0445530172237-0.3070186776520.1548596434090.01659522937870.06329318504920.1614766162480.01371415002450.0009959218890180.165458487690.0386802645902-0.0005817242709480.0356837552304-0.03084719284080.22306573338.79110485362-2.84108515116-4.19012615083
41.34439400793-0.0885463406319-0.008929591469871.676523197490.6064715664122.079330297350.08335587942160.0618182589825-0.2416984703340.073861767206-0.0208446123825-0.1517543669250.884204604480.300772282911-0.02755622148020.506906586112-0.0387070339706-0.04595872429550.346348904473-0.07686906651880.26447506821726.8848849411-2.3509949064244.3590300472
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resseq -7:417)AA-7 - 4171 - 412
22(chain D and resseq -1:415)DB-1 - 4151 - 404
33(chain B and resseq -5:415)BC-5 - 4151 - 410
44(chain C and resseq -1:415)CD-1 - 4151 - 406

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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