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万見
- PDB-9h5k: Cryo-EM structure of the SEAC-EGOC supercomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h5k
タイトルCryo-EM structure of the SEAC-EGOC supercomplex
要素
  • (GTP-binding protein ...) x 2
  • (Nitrogen permease regulator ...) x 2
  • Maintenance of telomere capping protein 5
  • Nucleoporin SEH1
  • Protein EGO2
  • Protein MEH1
  • Protein SLM4
  • Protein transport protein SEC13
  • Restriction of telomere capping protein 1
  • SEH-associated protein 4
  • Vacuolar membrane-associated protein IML1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cell growth / GTPase activating protein / GTPase / coatomer complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MTOR signalling / GATOR1 complex / pseudohyphal growth / GATOR2 complex / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / urea transport / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / Ragulator complex / microautophagy ...MTOR signalling / GATOR1 complex / pseudohyphal growth / GATOR2 complex / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / urea transport / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / Ragulator complex / microautophagy / protein localization to vacuolar membrane / protein localization to vacuole / Seh1-associated complex / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / nuclear pore localization / Amino acids regulate mTORC1 / proline transport / COPII-mediated vesicle transport / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / COPII vesicle coat / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / phosphate ion transport / regulation of autophagosome assembly / TORC1 signaling / SUMOylation of SUMOylation proteins / fungal-type vacuole / endocytic recycling / structural constituent of nuclear pore / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / SUMOylation of RNA binding proteins / negative regulation of TOR signaling / SUMOylation of chromatin organization proteins / cellular response to nitrogen starvation / vacuolar membrane / nucleocytoplasmic transport / transcription by RNA polymerase III / positive regulation of macroautophagy / regulation of receptor recycling / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / nuclear pore / subtelomeric heterochromatin formation / transcription by RNA polymerase I / negative regulation of TORC1 signaling / ERAD pathway / signaling adaptor activity / positive regulation of TORC1 signaling / positive regulation of autophagy / negative regulation of autophagy / GTPase activator activity / cellular response to amino acid starvation / cellular response to starvation / cell periphery / meiotic cell cycle / cellular response to amino acid stimulus / protein import into nucleus / late endosome membrane / nuclear envelope / late endosome / protein transport / cellular response to oxidative stress / nuclear membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / chromosome, telomeric region / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
YNR034W-A/EGO2 / YNR034W-A/EGO2 superfamily / YNR034W-A-like / GSE/EGO complex subunit Slm4 / Protein SLM4 / WD repeat protein mio, zinc-ribbon like domain / GATOR complex protein WDR24 / MIOS/Sea4 / : / Zinc-ribbon like family ...YNR034W-A/EGO2 / YNR034W-A/EGO2 superfamily / YNR034W-A-like / GSE/EGO complex subunit Slm4 / Protein SLM4 / WD repeat protein mio, zinc-ribbon like domain / GATOR complex protein WDR24 / MIOS/Sea4 / : / Zinc-ribbon like family / MIOS, alpha-solenoid / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / Nitrogen permease regulator 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein Iml1 / DEPDC5 protein, C-terminal / : / : / Nitrogen Permease regulator of amino acid transport activity 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein Iml1, N-terminal domain / DEPDC5 protein C-terminal region / GATOR1 complex protein NPRL3, C-terminal HTH / LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / RagA/B / RWD domain / RagC/D / Gtr1/RagA G protein / Gtr1/RagA G protein conserved region / RWD domain profile. / RWD / RWD domain / Sec13/Seh1 family / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / WD domain, G-beta repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ALUMINUM FLUORIDE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / SEH-associated protein 4 / Protein SLM4 / Nitrogen permease regulator 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein IML1 / Nucleoporin SEH1 / GTP-binding protein GTR2 / GTP-binding protein GTR1 ...ALUMINUM FLUORIDE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / SEH-associated protein 4 / Protein SLM4 / Nitrogen permease regulator 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein IML1 / Nucleoporin SEH1 / GTP-binding protein GTR2 / GTP-binding protein GTR1 / Protein MEH1 / Maintenance of telomere capping protein 5 / Protein transport protein SEC13 / Restriction of telomere capping protein 1 / Protein EGO2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Tafur, L. / Loewith, R.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)AdG TENDOEuropean Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and function of the yeast amino acid-sensing SEAC-EGOC supercomplex
著者: Tafur, L. / Bonadei, L. / Zheng, Y. / Loewith, R.
履歴
登録2024年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Additional map / Part number: 3 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Additional map / Part number: 4 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Additional map / Part number: 5 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Additional map / Part number: 6 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Maintenance of telomere capping protein 5
H: Protein transport protein SEC13
A: Restriction of telomere capping protein 1
F: Nucleoporin SEH1
E: Nucleoporin SEH1
G: SEH-associated protein 4
B: SEH-associated protein 4
D: Nucleoporin SEH1
K: Maintenance of telomere capping protein 5
P: Protein transport protein SEC13
I: Restriction of telomere capping protein 1
N: Nucleoporin SEH1
M: Nucleoporin SEH1
O: SEH-associated protein 4
J: SEH-associated protein 4
L: Nucleoporin SEH1
a: GTP-binding protein GTR1
c: GTP-binding protein GTR2
T: Nitrogen permease regulator 2
h: Nitrogen permease regulator 3
X: Vacuolar membrane-associated protein IML1
R: Protein MEH1
U: Protein EGO2
Y: Protein SLM4
b: GTP-binding protein GTR1
d: GTP-binding protein GTR2
g: Nitrogen permease regulator 2
i: Nitrogen permease regulator 3
j: Vacuolar membrane-associated protein IML1
S: Protein MEH1
W: Protein EGO2
Z: Protein SLM4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,344,49268
ポリマ－2,340,67132
非ポリマー3,82136
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
タンパク質 , 9種, 24分子 CKHPAIFEDNMLGBOJXjRSUWYZ

#1: タンパク質 Maintenance of telomere capping protein 5 / SEH-associated protein 3


分子量: 131104.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03897
#2: タンパク質 Protein transport protein SEC13


分子量: 33082.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04491
#3: タンパク質 Restriction of telomere capping protein 1 / SEH-associated protein 2


分子量: 149533.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08281
#4: タンパク質
Nucleoporin SEH1 / Nuclear pore protein SEH1 / SEC13 homolog 1


分子量: 39170.758 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53011
#5: タンパク質
SEH-associated protein 4


分子量: 117775.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38164
#10: タンパク質 Vacuolar membrane-associated protein IML1 / Increased minichromosome loss protein 1 / SEH-associated protein 1


分子量: 182203.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47170
#11: タンパク質 Protein MEH1 / EGO complex subunit 1 / GSE complex subunit 2


分子量: 20266.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MEH1, EGO1, GSE2, YKR007W, YK106 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02205
#12: タンパク質 Protein EGO2


分子量: 8104.935 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: EGO2, YCR075W-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3E830
#13: タンパク質 Protein SLM4 / EGO complex subunit 3 / GSE complex subunit 1


分子量: 18371.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SLM4, EGO3, GSE1, YBR077C, YBR0723 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38247

-
GTP-binding protein ... , 2種, 4分子 abcd

#6: タンパク質 GTP-binding protein GTR1


分子量: 35892.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: GTR1, YML121W, YM7056.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q00582, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#7: タンパク質 GTP-binding protein GTR2


分子量: 38633.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: GTR2, YGR163W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P53290, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

-
Nitrogen permease regulator ... , 2種, 4分子 Tghi

#8: タンパク質 Nitrogen permease regulator 2


分子量: 69937.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39923
#9: タンパク質 Nitrogen permease regulator 3 / Required for meiotic nuclear division protein 11


分子量: 130141.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38742

-
非ポリマー , 4種, 36分子

#14: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE


分子量: 83.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#17: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1SEAC-EGOC supercomplexCOMPLEX#1-#130NATURAL
2SEA complexCOMPLEX#1-#3, #5, #4, #8-#101NATURAL
3EGO complexCOMPLEX#6-#7, #11-#131RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
32Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
43Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF Chimera1.7モデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
11cryoSPARC分類
12cryoSPARC３次元再構成
19PHENIX1.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 208039 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
18adl

8adl

18adl1PDBexperimental model
21AlphaFoldin silico model
36jwp

6jwp

16jwp3PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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