[日本語] English
万見
- PDB-9h5h: MITF in complex with 1-(phenylethynyl)cyclohexan-1-ol -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h5h
タイトルMITF in complex with 1-(phenylethynyl)cyclohexan-1-ol
要素Isoform M1 of Microphthalmia-associated transcription factor
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / regulator of melanocyte survival
機能・相同性
機能・相同性情報


melanocyte apoptotic process / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / regulation of RNA biosynthetic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / regulation of osteoclast differentiation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / melanocyte differentiation ...melanocyte apoptotic process / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / regulation of RNA biosynthetic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / regulation of osteoclast differentiation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / melanocyte differentiation / bone remodeling / camera-type eye development / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / E-box binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / SUMOylation of transcription factors / cell fate commitment / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / osteoclast differentiation / negative regulation of cell migration / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Wnt signaling pathway / regulation of cell population proliferation / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / lysosomal membrane / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
MiT/TFE transcription factors, C-terminal / MiT/TFE transcription factors, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3371) / MITF/TFEB/TFEC/TFE3 N-terminus / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Microphthalmia-associated transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Renatus, M. / Wirth, E. / Gutmann, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: MITF in complex with 1-(phenylethynyl)cyclohexan-1-ol
著者: Jahnke, W. / Renatus, M.
履歴
登録2024年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isoform M1 of Microphthalmia-associated transcription factor
B: Isoform M1 of Microphthalmia-associated transcription factor
C: Isoform M1 of Microphthalmia-associated transcription factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,40010
ポリマ－29,6413
非ポリマー7597
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.353, 90.353, 82.487
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-408-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Isoform M1 of Microphthalmia-associated transcription factor / Class E basic helix-loop-helix protein 32 / bHLHe32


分子量: 9880.433 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MITF, BHLHE32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75030
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-A1ISF / 1-(2-phenylethynyl)cyclohexan-1-ol


分子量: 200.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 5 % (v/v) PEG 400, 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0000096 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0000096 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.731→64.018 Å / Num. obs: 31365 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 37.86 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.013 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 1.731→1.826 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1568 / CC1/2: 0.712 / Rpim(I) all: 0.451

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.74→50.51 Å / SU ML: 0.2214 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.6322
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2553 1420 5 %
Rwork0.2238 26991 -
obs0.2254 28411 79.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→50.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1544 0 44 89 1677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00691669
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74232235
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0487231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062293
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2252696
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0923917248-2.02922676023-1.963472539931.255163205131.523682853261.50764595477-0.005950844107970.0510703358957-0.282519524319-0.0767844172812-0.1295980977340.222507157135-0.02583488538490.03833040251120.1689963960380.249359399552-0.01630321991740.04926119213630.248133096698-0.06540720275820.33434088545815.72322269697.046616708619.27041212414
25.23152588817-1.67089349605-4.51955908639-0.05146371489951.271415076123.308663675140.123456465704-0.09467355752640.312254686749-0.09539035997770.0907540073501-0.01452695054660.04759953827130.135146690693-0.2445279041680.311037476266-0.004312224040690.0870426684330.315397155746-0.005635206089810.3698177440815.10744680295.6826907420712.0899936001
33.736050021340.8602136649950.7587326595615.27658881731-0.8941705801354.07156202637-0.279831243962-0.771308365883-0.004554257030210.5757378150160.02846665062730.3008377055350.2486465101740.3004442013830.1431551745520.2903242466070.007394141687420.02336113068680.1932344524740.008228285183860.084539442621437.3460363524-5.312985159523.38360086208
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain AAA219 - 2921 - 74
22chain BBB219 - 2931 - 75
33chain CCC262 - 2951 - 34

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る