PDB-9h4x: Crystal structure of Ni2+ dependent glycerol-1-phosphate dehydrog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h4x

タイトル

Crystal structure of Ni2+ dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase AraM from Bacillus subtilis

要素

Glycerol-1-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Lipid synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase / glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD+) activity / glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NADP+) activity / glycerophospholipid metabolic process / 3-dehydroquinate synthase activity / phospholipid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Mao, T. / Pijning, T. / Guskov, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Ni2+ dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase AraM from Bacillus subtilis
著者: Mao, T. / Pijning, T. / Guskov, A.

履歴

登録	2024年10月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h4x.cif.gz	201 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h4x.ent.gz	134.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h4x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9h4x_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h4x_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9h4x_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	9h4x_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/9h4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/9h4x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycerol-1-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]

ヘテロ分子

46.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Dynamic light scattering analysis, as well as size exclusion chromatography suggested the presence of dimers in solution. However, PISA analysis of the crystals did not find stable quaternary structures.

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.015, 70.499, 72.609
Angle α, β, γ (deg.)	90, 95.51, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Glycerol-1-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] / G1P dehydrogenase / G1PDH / Arabinose operon protein AraM / Enantiomeric glycerophosphate synthase ...G1P dehydrogenase / G1PDH / Arabinose operon protein AraM / Enantiomeric glycerophosphate synthase / sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase 分子量: 45282.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: egsA, araM, yseB, BSU28760 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: P94527, sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-13P / 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE 分子量: 170.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2 / 詳細: 20.0-25.5% (w/v) PEG 3350, 0.15-0.29 M KSCN

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→45.51 Å / Num. obs: 9676 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.95→3.13 Å / Num. unique obs: 1527 / CC_1/2: 0.433

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.95→43.036 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.837 / SU B: 66.295 / SU ML: 0.552 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.545 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3102	512	5.293 %
R_work	0.2406	9162	-
all	0.245	-	-
obs	-	9674	98.114 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.254 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.805 Å²	-0 Å²	-0.435 Å²
2-	-	-0.747 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.588 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→43.036 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3027	0	55	11	3093

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2997
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.509	1.82	4262
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.517	1.761	6902
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.267	5	394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.316	5	27
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.312	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.946	10	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.495	10	135
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3690
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	681
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	798
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	3095
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.03	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.223	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.255	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.16	3.961	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.16	3.961	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.078	7.137	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.077	7.139	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.185	4.259	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.184	4.26	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.21	7.715	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.209	7.716	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.931	48.857	13475
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.932	48.857	13476

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.95-3.027	0.531	25	0.359	691	0.364	726	0.844	0.925	98.6226	0.364
3.027-3.109	0.277	45	0.348	618	0.343	686	0.943	0.928	96.6472	0.35
3.109-3.199	0.388	30	0.318	632	0.321	689	0.893	0.937	96.0813	0.307
3.199-3.297	0.336	39	0.28	585	0.284	669	0.935	0.943	93.2735	0.268
3.297-3.404	0.267	31	0.24	560	0.242	639	0.947	0.966	92.4883	0.225
3.404-3.523	0.331	33	0.244	567	0.249	619	0.929	0.966	96.9305	0.226
3.523-3.655	0.312	26	0.234	580	0.237	606	0.948	0.966	100	0.222
3.655-3.803	0.363	26	0.238	549	0.245	575	0.933	0.968	100	0.217
3.803-3.97	0.214	35	0.208	512	0.209	547	0.975	0.976	100	0.195
3.97-4.162	0.286	24	0.189	527	0.193	551	0.955	0.979	100	0.176
4.162-4.385	0.279	27	0.192	476	0.196	504	0.957	0.977	99.8016	0.181
4.385-4.648	0.266	28	0.182	445	0.187	473	0.949	0.978	100	0.168
4.648-4.965	0.296	24	0.197	435	0.203	460	0.955	0.977	99.7826	0.185
4.965-5.357	0.193	25	0.21	403	0.208	428	0.971	0.975	100	0.201
5.357-5.859	0.315	20	0.226	372	0.23	393	0.937	0.971	99.7455	0.213
5.859-6.536	0.407	17	0.256	334	0.263	352	0.92	0.961	99.7159	0.246
6.536-7.518	0.4	21	0.253	293	0.263	316	0.925	0.953	99.3671	0.258
7.518-9.138	0.237	9	0.247	261	0.246	272	0.972	0.953	99.2647	0.256
9.138-12.642	0.326	17	0.265	200	0.27	217	0.919	0.952	100	0.275
12.642-43.036	0.486	10	0.395	123	0.402	135	0.901	0.887	98.5185	0.407

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 20.4076 Å / Origin y: -10.5494 Å / Origin z: 16.1557 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0746 Å²	-0.0232 Å²	0.0193 Å²	-	0.0458 Å²	-0.0126 Å²	-	-	0.4706 Å²
L	2.1629 °²	1.0047 °²	-0.0206 °²	-	3.9845 °²	-0.0084 °²	-	-	1.3522 °²
S	0.1289 Å °	-0.3099 Å °	-0.0347 Å °	0.4859 Å °	-0.1561 Å °	-0.068 Å °	0.1156 Å °	-0.006 Å °	0.0272 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)