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万見
- PDB-9h4p: Tail of full Haloferax tailed virus 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h4p
タイトルTail of full Haloferax tailed virus 1
要素
  • Baseplate hub
  • Baseplate to tube adapter protein gp41
  • HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
  • Phate tail tape measure protein
  • Portal protein
  • SPP1 gp17-like tail completion protein
  • Tail tube protein
キーワードVIRUS / Archaeal virus / portal / tail / baseplate / tape measure protein
機能・相同性Portal protein / HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector / Baseplate hub / Tail tube protein / SPP1 gp17-like tail completion protein / Phate tail tape measure protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Zhang, D. / Daum, B. / Isupov, M.N. / McLaren, M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of Haloferax tailed virus
著者: Zhang, D. / Daum, B. / Isupov, M.N. / McLaren, M. / Oksanen, H. / Quax, T.E.F. / Schwarzer, S. / Gold, V.A.M. / Stuart, W.
履歴
登録2024年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BD: Baseplate hub
BE: Baseplate hub
BF: Baseplate hub
QG: Phate tail tape measure protein
QH: Phate tail tape measure protein
QI: Phate tail tape measure protein
QJ: Phate tail tape measure protein
QE: Phate tail tape measure protein
QF: Phate tail tape measure protein
BA: Baseplate to tube adapter protein gp41
BB: Baseplate to tube adapter protein gp41
BC: Baseplate to tube adapter protein gp41
SG: Tail tube protein
SH: Tail tube protein
SI: Tail tube protein
SJ: Tail tube protein
SK: Tail tube protein
SL: Tail tube protein
SS: Tail tube protein
ST: Tail tube protein
SU: Tail tube protein
SV: Tail tube protein
SW: Tail tube protein
SX: Tail tube protein
SM: Tail tube protein
SN: Tail tube protein
SO: Tail tube protein
SP: Tail tube protein
SQ: Tail tube protein
SR: Tail tube protein
SB: Tail tube protein
SA: Tail tube protein
SC: Tail tube protein
SD: Tail tube protein
SE: Tail tube protein
SF: Tail tube protein
Sk: Tail tube protein
Sl: Tail tube protein
Sm: Tail tube protein
Sn: Tail tube protein
So: Tail tube protein
Sp: Tail tube protein
Se: Tail tube protein
Sf: Tail tube protein
Sg: Tail tube protein
Sh: Tail tube protein
Si: Tail tube protein
Sj: Tail tube protein
SY: Tail tube protein
SZ: Tail tube protein
Sa: Tail tube protein
Sb: Tail tube protein
Sc: Tail tube protein
Sd: Tail tube protein
B1: Tail tube protein
B2: Tail tube protein
B3: Tail tube protein
B4: Tail tube protein
B5: Tail tube protein
B6: Tail tube protein
Sw: Tail tube protein
Sx: Tail tube protein
Sy: Tail tube protein
Sz: Tail tube protein
S1: Tail tube protein
S2: Tail tube protein
Sq: Tail tube protein
Sr: Tail tube protein
Ss: Tail tube protein
St: Tail tube protein
Su: Tail tube protein
Sv: Tail tube protein
P1: Tail tube protein
P2: Tail tube protein
P3: Tail tube protein
P4: Tail tube protein
P5: Tail tube protein
P6: Tail tube protein
Pa: SPP1 gp17-like tail completion protein
Pb: SPP1 gp17-like tail completion protein
Pc: SPP1 gp17-like tail completion protein
Pd: SPP1 gp17-like tail completion protein
Pe: SPP1 gp17-like tail completion protein
Pf: SPP1 gp17-like tail completion protein
PT: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PM: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PN: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PO: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PP: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PQ: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PR: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PS: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PU: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PV: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PW: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PX: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PA: Portal protein
PB: Portal protein
PC: Portal protein
PD: Portal protein
PE: Portal protein
PF: Portal protein
PG: Portal protein
PH: Portal protein
PI: Portal protein
PJ: Portal protein
PK: Portal protein
PL: Portal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,949,195123
ポリマ－2,948,830108
非ポリマー36515
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 7種, 108分子 BDBEBFQGQHQIQJQEQFBABBBCSGSHSISJSKSLSSSTSUSVSWSXSMSNSOSPSQSR...

#1: タンパク質 Baseplate hub


分子量: 102541.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6T6
#2: タンパク質
Phate tail tape measure protein


分子量: 36043.656 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6W4
#3: タンパク質 Baseplate to tube adapter protein gp41


分子量: 30425.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6X8
#4: タンパク質 ...
Tail tube protein


分子量: 17177.463 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6U0
#5: タンパク質
SPP1 gp17-like tail completion protein


分子量: 17458.789 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6U9
#6: タンパク質
HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector


分子量: 15585.868 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6S3
#7: タンパク質
Portal protein


分子量: 75680.906 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6Q2

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非ポリマー , 1種, 15分子

#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Haloferax tailed virus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#7 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Haloferax gibbonsii
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
1150TFS FALCON 4i (4k x 4k)
2154.6GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2REFMAC5.8.0267モデル精密化
3EPU画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 116880 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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