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- PDB-9h4d: Crystal structure of IL-17A in complex with compound 18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h4d
タイトルCrystal structure of IL-17A in complex with compound 18
要素Interleukin-17A
キーワードCYTOKINE / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / cell death / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / negative regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway ...positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / cell death / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / negative regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway / intestinal epithelial structure maintenance / fibroblast activation / positive regulation of bicellular tight junction assembly / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / keratinocyte proliferation / cellular response to interleukin-1 / defense response to fungus / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-1 beta production / cytokine activity / positive regulation of interleukin-6 production / response to wounding / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell-cell signaling / defense response to Gram-negative bacterium / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / gene expression / adaptive immune response / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / inflammatory response / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / innate immune response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-17, chordata / Interleukin-17 family / Interleukin-17 / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Interleukin-17A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.117 Å
データ登録者Rondeau, J.M. / Lehmann, S. / Scheufler, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2025
タイトル: Thiazole-Based IL-17 Inhibitors Discovered by Scaffold Morphing.
著者: Velcicky, J. / Ngo, E. / Bauer, M.R. / Meyer, A. / Schlapbach, A. / Racine, S. / Orain, D. / Pflieger, D. / Teixeira-Fouchard, S. / Dubois, C. / Goetz, A. / Steiner, R. / Palmieri, M. / ...著者: Velcicky, J. / Ngo, E. / Bauer, M.R. / Meyer, A. / Schlapbach, A. / Racine, S. / Orain, D. / Pflieger, D. / Teixeira-Fouchard, S. / Dubois, C. / Goetz, A. / Steiner, R. / Palmieri, M. / Bussenault, A. / Stringer, R. / Larger, P. / Riek, S. / Schmutz, P. / Lehmann, S. / Scheufler, C. / Rondeau, J.M. / Burkhart, C. / Knoepfel, T. / Gommermann, N.
履歴
登録2024年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年4月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-17A
B: Interleukin-17A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0363
ポリマ－28,5022
非ポリマー5341
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.601, 85.42, 120.161
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-17A / IL-17 / IL-17A / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 8 / CTLA-8


分子量: 14251.060 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17A, CTLA8, IL17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16552
#2: 化合物 ChemComp-A1ISH / (E)-N-[(1S)-1-[4,4-bis(fluoranyl)cyclohexyl]-2-oxidanylidene-2-[[5-[(2-oxidanylidene-3H-benzimidazol-1-yl)methyl]-1,3-thiazol-2-yl]amino]ethyl]-3-cyclopropyl-2-fluoranyl-prop-2-enamide


分子量: 533.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H26F3N5O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1M citric acid pH 5.5 10% PEG 10000 12% iso-propanol 10% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.000015 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000015 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.117→51.525 Å / Num. obs: 18490 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 9.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.117→2.153 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 3.904 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 970 / CC1/2: 0.394 / Rpim(I) all: 1.252 / Rrim(I) all: 4.104 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.117→51.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU R Cruickshank DPI: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.189 / SU Rfree Blow DPI: 0.154 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.155
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2411 933 -RANDOM
Rwork0.2368 ---
obs0.237 18408 95.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 83.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.9833 Å20 Å20 Å2
2---6.2485 Å20 Å2
3---0.2652 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.117→51.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1600 0 37 28 1665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081686HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.962305HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d567SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes282HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1686HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion215SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1071SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion12.47
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.13 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3529 22 -
Rwork0.3831 --
obs0.3814 401 88.15 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8942-1.4129-5.29240.81621.32495.40310.3975-0.1801-0.2943-0.1801-0.1387-0.278-0.2943-0.278-0.2588-0.0393-0.01460.0309-0.01230.0915-0.0557-20.6512-8.2032-11.3427
27.0148-0.2771-5.82080.39750.47165.3844-0.4496-0.02540.6693-0.0254-0.0152-0.21020.6693-0.21020.4647-0.0031-0.0370.056-0.00320.0308-0.0755-20.4506-20.5268-11.0598
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A42 - 151
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A201
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B42 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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