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- PDB-9h37: Crystal structure of stabilized A2A adenosine receptor A2AR-StaR2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h37
タイトルCrystal structure of stabilized A2A adenosine receptor A2AR-StaR2-bRIL in complex with compound 9, a novel nanomolar A2A receptor antagonist from modern hit-finding with structure-guided de novo design
要素Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / adenosine receptor / GPCR / antagonist / chemical hit
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception ...regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception / Surfactant metabolism / positive regulation of urine volume / synaptic transmission, dopaminergic / inhibitory postsynaptic potential / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of vascular permeability / positive regulation of glutamate secretion / synaptic transmission, cholinergic / response to caffeine / blood circulation / intermediate filament / eating behavior / alpha-actinin binding / presynaptic active zone / regulation of calcium ion transport / membrane depolarization / asymmetric synapse / axolemma / phagocytosis / prepulse inhibition / cellular defense response / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to amphetamine / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / central nervous system development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of long-term synaptic potentiation / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of protein secretion / locomotory behavior / astrocyte activation / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / blood coagulation / vasodilation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / calmodulin binding / inflammatory response / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / apoptotic process / lipid binding / heme binding / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CHOLESTEROL / OLEIC ACID / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.715 Å
データ登録者Tian, G. / Maja, N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
University of Cambridge 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification of nanomolar adenosine A2A receptor ligands using reinforcement learning and structure-based drug design
著者: Thomas, M. / Matricon, P.G. / Gillespie, R.J. / Napiorkowska, M. / Neale, H. / Mason, J.S. / Brown, J. / Harwood, K. / Fieldhouse, C. / Swain, N.A. / Geng, T. / O'Boyle, N.M. / Deflorian, F. ...著者: Thomas, M. / Matricon, P.G. / Gillespie, R.J. / Napiorkowska, M. / Neale, H. / Mason, J.S. / Brown, J. / Harwood, K. / Fieldhouse, C. / Swain, N.A. / Geng, T. / O'Boyle, N.M. / Deflorian, F. / Bender, A. / de Graaf, C.
履歴
登録2024年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,38927
ポリマ－47,9971
非ポリマー7,39226
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10670 Å2
ΔGint50 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.46, 178.853, 139.696
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 47996.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7

-
非ポリマー , 5種, 155分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物...
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物 ChemComp-A1IR0 / 2-(furan-2-yl)-7-pyridin-4-yl-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 277.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.3-5.4, 0.05 M sodium thiocyanate, 29-32% PEG400, 2% (v/v) 2,5-hexanediol and 0.5 mM theophylline

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6199 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6199 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.715→44.713 Å / Num. obs: 47571 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 30.1 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways throughout the data processing steps (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejections during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC1/2: 0.987 / CC1/2 anomalous: 0.036 / Rmerge(I) obs: 0.3278 / Rpim(I) all: 0.0604 / Rrim(I) all: 0.3335 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.832 / Aniso diffraction limit 1: 1.715 Å / Aniso diffraction limit 2: 1.748 Å / Aniso diffraction limit 3: 1.727 Å / Aniso diffraction limit axis 1 ortho1: 1 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho2: 1 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho3: 1 / Net I/σ(I): 13.97 / Num. measured all: 1431963 / Observed signal threshold: 1.2 / % possible anomalous: 90.6 / % possible ellipsoidal: 90.7 / % possible ellipsoidal anomalous: 90.6 / % possible spherical: 88.7 / % possible spherical anomalous: 88.5 / Redundancy anomalous: 15.82 / Signal type: local
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2CC1/2 anomalousRpim(I) allRrim(I) allAbsDiff over sigma anomalous% possible anomalous% possible ellipsoidal% possible ellipsoidal anomalous% possible spherical% possible spherical anomalousRedundancy anomalous% possible all
4.882-44.71329.230.060751.877356673566251725170.971-0.2070.01170.06190.73110010010010010016.88100
3.879-4.88229.030.073148.546958169581239723970.9990.0050.01380.07450.84410010010010010015.89100
3.4-3.87927.240.117834.876228262282228622860.9990.1030.0230.12010.90810010010010010014.58100
3.1-3.430.090.190125.796698866988222622260.9980.0880.03520.19340.9110010010010010016.04100
2.888-3.131.430.254221.726820968209217021700.9970.0840.0460.25840.87410010010010010016.62100
2.729-2.88831.720.325618.146662066620210021000.9960.0650.05860.33090.84410010010010010016.76100
2.599-2.72932.230.420815.326739467394209120910.9930.0650.0750.42750.84510010010010010016.95100
2.492-2.59932.540.5209136725767257206720670.9920.050.09250.52910.81510010010010010017.04100
2.401-2.49232.620.669310.776829768297209420940.9860.0680.11870.67990.8210010010010010017.14100
2.321-2.433.080.76849.646687866878202220220.9830.1220.13520.78040.85510010010010010017.29100
2.215-2.32128.070.98017.519161391613326432640.960.0940.1860.9980.86210010010010010014.62100
2.158-2.21532.341.23196.46578865788203420340.950.0480.21931.25150.83710010010010010016.91100
2.106-2.15832.251.57135.126468564685200620060.9230.0530.28021.59640.8510010010010010016.78100
2.059-2.10632.011.85364.566552165521204720470.9040.0440.33161.88340.84410010010010010016.65100
2.015-2.05932.312.15623.966649666496205820580.8530.0870.38432.19050.85610010010010010016.78100
1.976-2.01532.612.58063.346430864308197219720.8210.0440.45712.62120.8310010010010010016.87100
1.848-1.97624.063.7272.09173964173964723172310.6160.0460.75773.8050.8029593.89593.89512.493.8
1.814-1.84832.945.83541.636192961929188018800.5450.011.02725.92590.76978.176.878.176.878.116.9176.8
1.776-1.81432.526.66211.475821758217179017900.5160.0411.18096.76710.79961.66161.66161.616.861
1.715-1.77632.127.33641.394237042370131913190.480.0121.30737.45330.76429.429.929.425.32516.7129.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROCdata processing
autoPROC2.3.87data processing
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.715→25.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.117 / SU Rfree Blow DPI: 0.107 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.108
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2203 2311 -RANDOM
Rwork0.2012 ---
obs0.2021 47547 88.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7011 Å20 Å20 Å2
2--3.443 Å20 Å2
3----4.1441 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.715→25.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2977 0 379 129 3485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083527HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.824740HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1340SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes553HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3527HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion443SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3294SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.33
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.76 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3589 41 -
Rwork0.269 --
obs0.2727 951 22.27 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1839-0.10420.06070.7921-0.05430.04810.022-0.08470.0347-0.0847-0.0075-0.02490.0347-0.0249-0.01460.0290.0005-0.0020.01690.0098-0.0514-16.78-18.115618.2854
20.211-0.03780.0520.4997-0.03190.1466-0.0103-0.04190.0097-0.04190.032-0.02980.0097-0.0298-0.0217-0.01390.00510.00920.03490.0114-0.0584-20.9866-1.981918.2101
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A0 - 305
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1201 - 1225
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2001 - 2143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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