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万見
- PDB-9h35: Crystal structure of the YTHDC2 YTH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h35
タイトルCrystal structure of the YTHDC2 YTH domain
要素3'-5' RNA helicase YTHDC2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / YTHDC1 / inhibitor / complex / reader
機能・相同性
機能・相同性情報


germline cell cycle switching, mitotic to meiotic cell cycle / ribonucleoprotein granule / host-mediated activation of viral genome replication / 3'-5' RNA helicase activity / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / oocyte development / ATP-dependent activity, acting on RNA / RNA polymerase binding / spermatid development / response to tumor necrosis factor ...germline cell cycle switching, mitotic to meiotic cell cycle / ribonucleoprotein granule / host-mediated activation of viral genome replication / 3'-5' RNA helicase activity / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / oocyte development / ATP-dependent activity, acting on RNA / RNA polymerase binding / spermatid development / response to tumor necrosis factor / response to interleukin-1 / meiotic cell cycle / helicase activity / RNA helicase / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DExH-box ATP-dependent RNA helicase, R3H domain / Putative single-stranded nucleic acids-binding domain / R3H domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. / YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile. / : ...DExH-box ATP-dependent RNA helicase, R3H domain / Putative single-stranded nucleic acids-binding domain / R3H domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. / YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile. / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / Ankyrin repeat / Helicase conserved C-terminal domain / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-5' RNA helicase YTHDC2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Bedi, R.K. / Caflisch, A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_189363 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the YTHDC2 YTH domain
著者: Bedi, R.K. / Caflisch, A.
履歴
登録2024年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3'-5' RNA helicase YTHDC2
B: 3'-5' RNA helicase YTHDC2
C: 3'-5' RNA helicase YTHDC2
D: 3'-5' RNA helicase YTHDC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0824
ポリマ－65,0824
非ポリマー00
水68538
1
A: 3'-5' RNA helicase YTHDC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2701
ポリマ－16,2701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3'-5' RNA helicase YTHDC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2701
ポリマ－16,2701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 3'-5' RNA helicase YTHDC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2701
ポリマ－16,2701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 3'-5' RNA helicase YTHDC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2701
ポリマ－16,2701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.972, 115.972, 205.847
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1521-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
3'-5' RNA helicase YTHDC2 / YTH domain-containing protein 2 / hYTHDC2


分子量: 16270.419 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H6S0, RNA helicase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 mM ammonium sulfate, 5 mM BIS-TRIS pH 6.5, 30 % PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→48.8 Å / Num. obs: 43492 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.71 % / Biso Wilson estimate: 77.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.75
反射 シェル解像度: 2.68→2.86 Å / Num. unique obs: 7664 / CC1/2: 0.585

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→48.79 Å / SU ML: 0.5319 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.1791
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2843 1137 4.8 %
Rwork0.2268 22541 -
obs0.2294 23678 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4132 0 0 38 4170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00874240
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98625752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0549612
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.05211472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.80.51741400.48542726X-RAY DIFFRACTION99.65
2.8-2.950.42021530.35372759X-RAY DIFFRACTION99.79
2.95-3.130.34471350.28712762X-RAY DIFFRACTION99.69
3.13-3.380.36681220.28672778X-RAY DIFFRACTION99.9
3.38-3.720.31051560.25042770X-RAY DIFFRACTION99.97
3.72-4.250.24661640.19712807X-RAY DIFFRACTION100
4.25-5.360.25261410.18072865X-RAY DIFFRACTION100
5.36-48.790.23761260.20143074X-RAY DIFFRACTION99.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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