PDB-9h2y: Crystal structure of YTHDC1 in complex with AI_056

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h2y

タイトル

Crystal structure of YTHDC1 in complex with AI_056

要素

YTH domain-containing protein 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / YTHDC1 / inhibitor / complex / reader

機能・相同性

機能・相同性情報

primary follicle stage / mRNA alternative polyadenylation / mRNA splice site recognition / dosage compensation by inactivation of X chromosome / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Bedi, R.K. / Caflisch, A.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of YTHDC1 in complex with AI_056
著者: Bedi, R.K. / Caflisch, A.

履歴

登録	2024年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h2y.cif.gz	102.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h2y.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h2y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9h2y_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h2y_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9h2y_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	9h2y_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/9h2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/9h2y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: YTH domain-containing protein 1

B: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

38.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.850, 104.010, 41.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.450, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	YTH domain-containing protein 1 / Splicing factor YT521 / YT521-B 分子量: 18823.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDC1, KIAA1966, YT521 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96MU7
#2: 化合物	ChemComp-A1IR4 / 3-sulfanyl-1,2,4-triazin-5-ol 分子量: 129.140 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₃N₃OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→38.6 Å / Num. obs: 93468 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.35 % / B_iso Wilson estimate: 21.07 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 14.55
反射シェル	解像度: 1.24→1.31 Å / Num. unique obs: 15050 / CC_1/2: 0.661

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.24→38.59 Å / SU ML: 0.1674 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.6419
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2429	4666	5 %
R_work	0.2156	88674	-
obs	0.2169	93340	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→38.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2459	0	54	316	2829

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0054	2598
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7699	3527
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0769	384
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0077	440
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.0828	927

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.24-1.25	0.3568	153	0.4021	2900	X-RAY DIFFRACTION	97.82
1.25-1.27	0.3877	155	0.385	2944	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.27-1.28	0.3609	156	0.3547	2966	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.28-1.3	0.3523	156	0.345	2966	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.3-1.31	0.3516	156	0.3173	2953	X-RAY DIFFRACTION	99.58
1.31-1.33	0.344	155	0.3057	2944	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.33-1.35	0.2984	157	0.2832	2997	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.35-1.37	0.3066	157	0.2859	2969	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.37-1.39	0.292	155	0.277	2969	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.39-1.42	0.306	154	0.2692	2935	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.42-1.44	0.2994	159	0.2746	3004	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.44-1.47	0.311	153	0.2655	2931	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.47-1.49	0.2689	156	0.2513	2962	X-RAY DIFFRACTION	99.58
1.49-1.53	0.2405	157	0.2329	2976	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.53-1.56	0.2561	155	0.2278	2954	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.56-1.59	0.2429	157	0.2189	2983	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.59-1.63	0.2212	155	0.2186	2949	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.63-1.68	0.2334	159	0.2204	3008	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.68-1.73	0.2394	156	0.2212	2965	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.73-1.78	0.2419	155	0.2286	2945	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.78-1.85	0.2534	156	0.2281	2973	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.85-1.92	0.2739	156	0.2219	2958	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.92-2.01	0.2423	157	0.2185	2984	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.01-2.12	0.2617	157	0.2105	2977	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.12-2.25	0.2303	155	0.2088	2935	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.25-2.42	0.2196	156	0.2042	2979	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.42-2.66	0.2596	158	0.2163	2997	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.66-3.05	0.2387	155	0.2134	2964	X-RAY DIFFRACTION	99.33
3.05-3.84	0.226	156	0.1934	2953	X-RAY DIFFRACTION	98.26
3.84-38.59	0.2234	144	0.2006	2734	X-RAY DIFFRACTION	90.42

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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