PDB-9h2u: Crystal structure of YTHDC1 in complex with AI_033

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h2u

タイトル

Crystal structure of YTHDC1 in complex with AI_033

要素

YTH domain-containing protein 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / YTHDC1 / inhibitor / complex / reader

機能・相同性

機能・相同性情報

primary follicle stage / mRNA alternative polyadenylation / mRNA splice site recognition / dosage compensation by inactivation of X chromosome / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.21 Å

データ登録者

Bedi, R.K. / Caflisch, A.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of YTHDC1 in complex with AI_033
著者: Bedi, R.K. / Caflisch, A.

履歴

登録	2024年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h2u.cif.gz	106.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h2u.ent.gz	65.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h2u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9h2u_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h2u_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9h2u_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	9h2u_validation.cif.gz	30.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/9h2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/9h2u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: YTH domain-containing protein 1

B: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

38.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.930, 103.750, 42.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.840, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	YTH domain-containing protein 1 / Splicing factor YT521 / YT521-B 分子量: 18823.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDC1, KIAA1966, YT521 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96MU7
#2: 化合物	ChemComp-WPS / 5-amino-3-methyl-1H-pyrazole-4-carbonitrile / 3-メチル-5-アミノ-1H-ピラゾ-ル-4-カルボニトリル分子量: 122.128 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.24 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.21→40.821 Å / Num. obs: 98597 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.35 % / B_iso Wilson estimate: 18.3 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 15.26
反射シェル	解像度: 1.21→1.28 Å / Num. unique obs: 15499 / CC_1/2: 0.829

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.21→40.82 Å / SU ML: 0.1615 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.395
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2189	4921	5 %
R_work	0.1994	93535	-
obs	0.2004	98456	96.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.21→40.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2551	0	76	364	2991

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0052	2720
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7889	3691
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0799	394
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0121	460
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.838	971

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.21-1.22	0.4639	131	0.3843	2501	X-RAY DIFFRACTION	79.23
1.22-1.23	0.3675	163	0.3612	3080	X-RAY DIFFRACTION	95.38
1.23-1.25	0.3522	170	0.3296	3220	X-RAY DIFFRACTION	98.83
1.25-1.27	0.3141	163	0.3126	3099	X-RAY DIFFRACTION	98.05
1.27-1.28	0.3246	169	0.2999	3204	X-RAY DIFFRACTION	98.91
1.28-1.3	0.2878	166	0.2871	3149	X-RAY DIFFRACTION	98.63
1.3-1.32	0.2936	167	0.2702	3183	X-RAY DIFFRACTION	98.3
1.32-1.34	0.2692	166	0.2593	3143	X-RAY DIFFRACTION	98.45
1.34-1.36	0.2799	167	0.2545	3176	X-RAY DIFFRACTION	98.32
1.36-1.38	0.3235	163	0.2604	3112	X-RAY DIFFRACTION	96.95
1.38-1.4	0.2743	163	0.2482	3101	X-RAY DIFFRACTION	96.71
1.4-1.43	0.304	162	0.2394	3073	X-RAY DIFFRACTION	95.8
1.43-1.46	0.2861	157	0.232	2996	X-RAY DIFFRACTION	92.44
1.46-1.49	0.2852	167	0.2236	3172	X-RAY DIFFRACTION	98.58
1.49-1.52	0.2215	167	0.2109	3173	X-RAY DIFFRACTION	98.85
1.52-1.56	0.23	168	0.2017	3176	X-RAY DIFFRACTION	98.82
1.56-1.59	0.2131	167	0.1997	3181	X-RAY DIFFRACTION	99.05
1.59-1.64	0.2244	168	0.1961	3184	X-RAY DIFFRACTION	98.85
1.64-1.69	0.2314	166	0.2075	3167	X-RAY DIFFRACTION	98.46
1.69-1.74	0.2384	168	0.2133	3175	X-RAY DIFFRACTION	98.35
1.74-1.8	0.2276	164	0.2053	3139	X-RAY DIFFRACTION	97.75
1.8-1.87	0.2212	163	0.204	3098	X-RAY DIFFRACTION	96.34
1.87-1.96	0.2248	155	0.1934	2951	X-RAY DIFFRACTION	91.57
1.96-2.06	0.1907	165	0.1938	3131	X-RAY DIFFRACTION	97.69
2.06-2.19	0.1972	171	0.1928	3238	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.19-2.36	0.2019	169	0.1922	3209	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.36-2.6	0.2268	167	0.198	3181	X-RAY DIFFRACTION	99.11
2.6-2.97	0.2404	168	0.1962	3210	X-RAY DIFFRACTION	98.63
2.98-3.75	0.1853	158	0.1804	3022	X-RAY DIFFRACTION	93.72
3.75-40.82	0.1978	163	0.1818	3091	X-RAY DIFFRACTION	94.02

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)