PDB-9h2t: Crystal structure of YTHDC1 in complex with AI_04

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h2t

タイトル

Crystal structure of YTHDC1 in complex with AI_04

要素

YTH domain-containing protein 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / YTHDC1 / inhibitor / complex / reader

機能・相同性

機能・相同性情報

primary follicle stage / mRNA alternative polyadenylation / mRNA splice site recognition / dosage compensation by inactivation of X chromosome / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

Bedi, R.K. / Caflisch, A.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of YTHDC1 in complex with AI_04
著者: Bedi, R.K. / Caflisch, A.

履歴

登録	2024年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h2t.cif.gz	112.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h2t.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h2t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9h2t_validation.pdf.gz	968.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h2t_full_validation.pdf.gz	976.3 KB	表示
XML形式データ	9h2t_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	9h2t_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/9h2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/9h2t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9h2wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: YTH domain-containing protein 1

B: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

39 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.740, 103.680, 42.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.263, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	YTH domain-containing protein 1 / Splicing factor YT521 / YT521-B 分子量: 18823.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDC1, KIAA1966, YT521 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96MU7
#2: 化合物	ChemComp-A1IR3 / 6-cyclopropyl-3-phenyl-1~{H}-pyrimidine-2,4-dione 分子量: 228.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.89 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.31→40.8 Å / Num. obs: 76333 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.43 % / B_iso Wilson estimate: 13.61 Å² / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 17.01
反射シェル	解像度: 1.31→1.39 Å / Num. unique obs: 11988 / CC_1/2: 0.975

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.31→40.79 Å / SU ML: 0.149 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.8452
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2104	3817	5 %
R_work	0.187	72497	-
obs	0.1882	76314	95.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.31→40.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2564	0	79	522	3165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	2741
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8624	3725
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0814	401
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	461
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4839	983

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.31-1.32	0.3508	127	0.3096	2410	X-RAY DIFFRACTION	86.35
1.32-1.34	0.3029	136	0.2992	2594	X-RAY DIFFRACTION	94.76
1.34-1.36	0.2931	143	0.2906	2708	X-RAY DIFFRACTION	95.26
1.36-1.38	0.3103	141	0.2681	2684	X-RAY DIFFRACTION	96.25
1.38-1.4	0.2885	141	0.2567	2681	X-RAY DIFFRACTION	96.02
1.4-1.42	0.2861	144	0.2418	2738	X-RAY DIFFRACTION	95.97
1.42-1.44	0.2357	134	0.2267	2541	X-RAY DIFFRACTION	93.04
1.44-1.47	0.2364	138	0.2187	2630	X-RAY DIFFRACTION	93.2
1.47-1.5	0.2278	142	0.2106	2683	X-RAY DIFFRACTION	96.75
1.5-1.52	0.2074	143	0.1983	2722	X-RAY DIFFRACTION	97.15
1.52-1.56	0.2231	144	0.1899	2739	X-RAY DIFFRACTION	97.07
1.56-1.59	0.2151	142	0.1858	2704	X-RAY DIFFRACTION	96.97
1.59-1.63	0.2277	144	0.1828	2725	X-RAY DIFFRACTION	96.96
1.63-1.67	0.1966	144	0.1787	2734	X-RAY DIFFRACTION	97.59
1.67-1.71	0.1926	143	0.1733	2726	X-RAY DIFFRACTION	97.62
1.71-1.76	0.2001	144	0.1718	2737	X-RAY DIFFRACTION	97.5
1.76-1.82	0.196	144	0.1744	2730	X-RAY DIFFRACTION	97.49
1.82-1.88	0.1831	143	0.1675	2712	X-RAY DIFFRACTION	96.78
1.88-1.96	0.2006	135	0.1748	2570	X-RAY DIFFRACTION	92.26
1.96-2.05	0.1777	141	0.1714	2676	X-RAY DIFFRACTION	95.2
2.05-2.16	0.1763	145	0.1655	2763	X-RAY DIFFRACTION	98.18
2.16-2.29	0.1986	146	0.1717	2764	X-RAY DIFFRACTION	98.91
2.29-2.47	0.2274	148	0.1751	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.47-2.72	0.2085	145	0.1854	2756	X-RAY DIFFRACTION	98.27
2.72-3.11	0.1928	145	0.1816	2761	X-RAY DIFFRACTION	97.58
3.11-3.92	0.1993	135	0.1707	2558	X-RAY DIFFRACTION	91.04
3.92-40.79	0.2268	140	0.2029	2639	X-RAY DIFFRACTION	92.29

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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