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万見
- PDB-9h2c: AcMNPV basal cap - C7 plug only -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h2c
タイトルAcMNPV basal cap - C7 plug only
要素
  • Occlusion-derived virus envelope protein E27
  • Protein C42
キーワードVIRUS / nucleocapsid
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / virion component / viral envelope / host cell nucleus / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Baculovirus occlusion-derived virus envelope EC27 / Baculovirus occlusion-derived virus envelope protein EC27 / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV), C42 / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV), Orf101
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein C42 / Occlusion-derived virus envelope protein E27
類似検索 - 構成要素
生物種Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Effantin, G. / Kandiah, E. / Pelosse, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure of AcMNPV nucleocapsid reveals DNA portal organization and packaging apparatus of circular dsDNA baculovirus.
著者: Gregory Effantin / Eaazhisai Kandiah / Martin Pelosse /
要旨: Baculoviruses are large DNA viruses found in nature propagating amongst insects and lepidoptera in particular. They have been studied for decades and are nowadays considered as invaluable ...Baculoviruses are large DNA viruses found in nature propagating amongst insects and lepidoptera in particular. They have been studied for decades and are nowadays considered as invaluable biotechnology tools used as biopesticides, recombinant expression systems or delivery vehicle for gene therapy. However, little is known about the baculovirus nucleocapsid assembly at a molecular level. Here, we solve the whole structure of the Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) nucleocapsid by applying cryo-electron microscopy (CryoEM) combined with de novo modelling and Alphafold predictions. Our structure completes prior observations and elucidates the intricate architecture of the apical cap, unravelling the organization of a DNA portal featuring intriguing symmetry mismatches between its core and vertex. The core, closing the capsid at the apex, holds two DNA helices of the viral genome tethered to Ac54 proteins. Different symmetry components at the apical cap and basal structure are constituted of the same building block, made of Ac101/Ac144, proving the versatility of this modular pair. The crown forming the portal vertex displays a C21 symmetry and contains, amongst others, the motor-like protein Ac66. Our findings support the viral portal to be involved in DNA packaging, probably in conjunction with other parts of a larger DNA packaging apparatus.
履歴
登録2024年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Occlusion-derived virus envelope protein E27
B: Occlusion-derived virus envelope protein E27
C: Protein C42
D: Protein C42


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,3034
ポリマ－150,3034
非ポリマー00
水00
1
A: Occlusion-derived virus envelope protein E27
B: Occlusion-derived virus envelope protein E27
C: Protein C42
D: Protein C42
x 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,052,12428
ポリマ－1,052,12428
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation6

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要素

#1: タンパク質 Occlusion-derived virus envelope protein E27 / ODV-E27


分子量: 33568.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
参照: UniProt: P41702
#2: タンパク質 Protein C42 / C42 / P40


分子量: 41583.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
参照: UniProt: P25695
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Autographa californica nucleopolyhedrovirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17468 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00322152
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.60629895
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.8622886
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.043495
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043735

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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