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万見
- PDB-9h20: Continuous dark state structure of Sensory Rhodopsin II solved by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h20
タイトルContinuous dark state structure of Sensory Rhodopsin II solved by serial millisecond crystallography
要素Sensory rhodopsin-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / SRII / serial millisecond crystallography / sensory rhodopsin / sensory rhodopsin II / SMX / SSX
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MPG / RETINAL / Sensory rhodopsin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Natronomonas pharaonis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ortolani, G. / Bosman, R. / Branden, G. / Neutze, R.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission637295European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the prolonged photocycle of sensory rhodopsin II revealed by serial synchrotron crystallography.
著者: Bosman, R. / Ortolani, G. / Ghosh, S. / James, D. / Norder, P. / Hammarin, G. / Ulfarsdottir, T.B. / Ostojic, L. / Weinert, T. / Dworkowski, F. / Tomizaki, T. / Standfuss, J. / Branden, G. / Neutze, R.
履歴
登録2024年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2025年5月28日ID: 7PNC
改定 1.12025年5月28日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory rhodopsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,46417
ポリマ－26,6661
非ポリマー4,79816
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area11380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.750, 131.700, 51.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 A

#1: タンパク質 Sensory rhodopsin-2 / Sensory rhodopsin II / SR-II


分子量: 26666.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sensory rhodopsin II, transmembrane protein / 由来: (組換発現) Natronomonas pharaonis (古細菌) / 遺伝子: sop2, sopII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42196
#4: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 41分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MPG / [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate


分子量: 356.540 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.47 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: CaCl2 150mM, Glycine 100mM, 38%(v/v) PEG 400, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0000342 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0000342 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→39.44 Å / Num. obs: 18087 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 242.5 % / Biso Wilson estimate: 34.27 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.2→39.44 Å / Num. unique obs: 18087 / CC1/2: 0.991

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→39.44 Å / SU ML: 0.2328 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.9155
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2184 781 4.97 %
Rwork0.2069 14948 -
obs0.2075 15729 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1603 0 315 33 1951
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00791952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09882613
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.5504323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039283
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5435372
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.340.26241270.27042415X-RAY DIFFRACTION99.88
2.34-2.520.27981190.23682476X-RAY DIFFRACTION99.92
2.52-2.770.23481310.21712466X-RAY DIFFRACTION99.88
2.77-3.170.20971290.20382481X-RAY DIFFRACTION100
3.17-40.19531260.18742508X-RAY DIFFRACTION100
4-39.440.21061490.19812602X-RAY DIFFRACTION99.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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