PDB-9h1m: Recombinant ferric horseradish peroxidase C1A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h1m

タイトル

Recombinant ferric horseradish peroxidase C1A

要素

Peroxidase C1A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Horseradish Peroxidase / Ferric / oxidoreductases / Heme

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxidase / lactoperoxidase activity / vacuole / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Armoracia rusticana (セイヨウワサビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Nesa, M.L. / Mandal, S.K. / Toelzer, C. / Humer, D. / Moody, P.C.E. / Berger, I. / Spadiut, O. / Raven, E.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2025
タイトル: Crystal structure of ferric recombinant horseradish peroxidase.
著者: Nesa, M.L. / Mandal, S.K. / Toelzer, C. / Humer, D. / Moody, P.C.E. / Berger, I. / Spadiut, O. / Raven, E.L.

履歴

登録	2024年10月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h1m.cif.gz	136.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h1m.ent.gz	104.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h1m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/9h1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/9h1m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peroxidase C1A

ヘテロ分子

35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.157, 67.061, 117.178
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Peroxidase C1A 分子量: 34079.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Armoracia rusticana (セイヨウワサビ) 遺伝子: PRXC1A, HPRC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00433, peroxidase

-
非ポリマー , 5種, 149分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-2HP / DIHYDROGENPHOSPHATE ION / (りん酸ジ水素)イオン分子量: 96.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₄P
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% (w/v) PEG 1500, 100 mM SPG (2:7:7, succinic acid:sodium hydrogen phosphate:glycine buffer pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→58.2 Å / Num. obs: 37103 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 22.02 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 2.1 % / Num. unique obs: 1850 / CC_1/2: 0.343 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
autoPROC	1.0.5	data processing
Coot	0.9.8	モデル構築
PHASER		位相決定
PHENIX	1.21	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.63→58.2 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1893	1903	5.25 %
R_work	0.1698	-	-
obs	0.1709	36260	89.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→58.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2369	0	70	140	2579

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2491
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.876	3396
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.381	900
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	380
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	448

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.67	0.318	126	0.3162	2206	X-RAY DIFFRACTION	82
1.67-1.72	0.3299	98	0.3037	2000	X-RAY DIFFRACTION	75
1.72-1.77	0.2639	108	0.2383	2275	X-RAY DIFFRACTION	84
1.77-1.82	0.2509	134	0.2196	2665	X-RAY DIFFRACTION	98
1.82-1.89	0.2321	135	0.2221	2207	X-RAY DIFFRACTION	83
1.89-1.96	0.2274	114	0.1995	2112	X-RAY DIFFRACTION	78
1.97-2.05	0.2332	162	0.1597	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
2.05-2.16	0.1713	136	0.1468	2333	X-RAY DIFFRACTION	87
2.16-2.3	0.1763	132	0.1399	2521	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3-2.48	0.1585	156	0.1437	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.72	0.1837	150	0.1525	2537	X-RAY DIFFRACTION	93
2.73-3.12	0.1893	152	0.1626	2764	X-RAY DIFFRACTION	99
3.12-3.93	0.2101	140	0.1641	2441	X-RAY DIFFRACTION	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0903	-0.0464	-0.0819	0.167	-0.1271	0.1683	0.0342	0.3302	-0.0393	-0.1796	-0.0404	-0.0061	0.0999	0.0347	0	0.3012	-0.0013	0.0002	0.2656	-0.0445	0.2375	10.9991	13.0905	33.6762
2	0.0138	0.0363	-0.0517	0.1261	-0.061	0.1754	-0.0035	0.2353	0.0033	0.0704	-0.0636	0.077	0.1733	-0.0533	-0	0.2105	-0.0089	-0.0105	0.2791	-0.0233	0.215	1.7643	23.01	42.6938
3	0.1372	-0.0269	0.0817	0.1214	-0.0317	-0.0069	0.0085	-0.1423	-0.0597	0.0949	-0.1272	0.0762	-0.0255	0.0127	0.0001	0.2438	-0.0285	0.0209	0.2023	0.0111	0.2256	7.6717	16.2156	56.3181
4	0.2349	0.257	0.056	0.3651	-0.2986	0.2625	-0.0938	0.0756	-0.1583	0.222	-0.0746	0.3247	0.254	-0.1773	-0	0.2581	-0.0128	-0.0085	0.2404	-0.0121	0.249	4.2132	12.2928	44.3583
5	-0.0301	-0.0522	0.1205	0.1989	-0.0136	0.0585	-0.0176	0.0258	-0.0812	-0.0252	-0.1099	-0.0605	0.084	0.0466	0	0.2458	0.0015	-0.0052	0.2524	0.0165	0.2172	11.8775	18.707	40.366
6	0.084	-0.0554	0.0706	0.1928	0.014	0.0856	-0.004	-0.0668	0.0216	0.2232	-0.0405	-0.0507	-0.028	-0.0196	0	0.2082	-0.0059	0.0006	0.207	-0.009	0.2477	12.0738	34.0118	54.6606
7	0.0437	-0.03	0.019	0.2193	-0.0911	-0.0295	-0.0297	-0.0083	0.059	0.0276	0.0078	0.0794	0.018	0.044	-0	0.2023	0.0065	0.0034	0.2415	-0.0128	0.2547	0.1388	36.8894	47.4155
8	0.042	0.0794	0.1001	0.3263	-0.0927	0.2044	0.0196	0.0381	0.0166	0.1498	0.0132	0.1013	-0.0511	-0.0104	-0	0.2247	0.0031	0.021	0.2643	0.0053	0.2771	-9.1921	43.8735	50.7176
9	0.2428	-0.1488	0.0647	0.3472	-0.0092	0.1471	0.0211	0.0179	0.0732	-0.0704	-0.0585	0.0624	-0.1191	-0.0191	0	0.2289	0.0031	-0.0082	0.231	0.0157	0.2321	4.9807	43.127	40.3608
10	-0.0333	0.0084	0.0627	0.1488	0.0611	0.0358	0.0556	0.0288	-0.079	-0.1091	-0.0454	-0.131	0.2101	0.1309	0	0.2104	0.0156	0.0072	0.2367	0.0332	0.1946	14.9806	31.6041	36.6703
11	0.0272	-0.048	0.0581	0.0477	-0.0754	0.1402	-0.0302	0.0144	0.0524	0.1452	-0.0557	0.0479	0.1043	0.0281	0	0.2892	-0.0085	0.0173	0.2595	0.0056	0.2475	14.4591	9.66	49.8666

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 44 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 45 through 66 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 67 through 96 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 97 through 130 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 131 through 159 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 160 through 185 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 186 through 220 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 221 through 269 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 270 through 286 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 287 through 306 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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