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- PDB-9h1f: Cofilin-1 in complex with high-affinity Sybody B12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h1f
タイトルCofilin-1 in complex with high-affinity Sybody B12
要素
  • Cofilin-1
  • SybodyB12
キーワードPROTEIN BINDING / Cofilin-1 / CFL1 / ADF/cofilin / G-Actin / F-Actin / Actin / Sybody / Nanobody / Synthetic Nanobody / Actin binding protein / ABP
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament fragmentation / positive regulation of embryonic development / actin filament severing / establishment of spindle localization / regulation of dendritic spine morphogenesis / actin filament depolymerization / positive regulation by host of viral process / RHO GTPases Activate ROCKs / regulation of cell morphogenesis / mitotic cytokinesis ...actin filament fragmentation / positive regulation of embryonic development / actin filament severing / establishment of spindle localization / regulation of dendritic spine morphogenesis / actin filament depolymerization / positive regulation by host of viral process / RHO GTPases Activate ROCKs / regulation of cell morphogenesis / mitotic cytokinesis / lamellipodium membrane / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / Rho protein signal transduction / cytoskeleton organization / EPHB-mediated forward signaling / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / response to virus / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / ruffle membrane / nuclear matrix / actin filament binding / Platelet degranulation / lamellipodium / actin cytoskeleton / actin cytoskeleton organization / growth cone / vesicle / focal adhesion / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADF/Cofilin / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Paraschiakos, T. / Windhorst, S. / Pogenberg, V.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Other governmentHAMBURG INNOVATION C4T963 ドイツ
Other privateErich und Gertrud Roggenbuck-Stiftung ドイツ
引用ジャーナル: Biochem Pharmacol / 年: 2025
タイトル: A high affinity Sybody blocks Cofilin-1 binding to F-actin in vitro and in cancer cells.
著者: Paraschiakos, T. / Li, J. / Scholz, J. / Han, S.J. / Deckers, M. / Pogenberg, V. / Faix, J. / Windhorst, S.
履歴
登録2024年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cofilin-1
B: SybodyB12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7872
ポリマ－31,7872
非ポリマー00
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.575, 121.575, 52.346
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Space group name HallP4ab2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z
#3: y+1/2,-x+1/2,z
#4: x+1/2,-y+1/2,-z
#5: -x+1/2,y+1/2,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

-
要素

#1: タンパク質 Cofilin-1 / 18 kDa phosphoprotein / p18 / Cofilin / non-muscle isoform


分子量: 19135.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFL1, CFL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23528
#2: タンパク質 SybodyB12


分子量: 12652.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.57 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Citric acid pH 4.0 and 2.4 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29.49 Å / Num. obs: 36823 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 26.6 % / Biso Wilson estimate: 38.24 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 21.79
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / Rmerge(I) obs: 1.897 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 3644 / CC1/2: 0.69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MxCuBEデータ収集
autoPROC1.1.7 (20210504)data processing
XDSVERSION Jun 30, 2023データ削減
Aimless0.7.15データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→29.49 Å / SU ML: 0.2837 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.2035
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2263 1789 4.86 %
Rwork0.2026 35028 -
obs0.2037 36817 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2095 0 0 183 2278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01032138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01012887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0654323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076369
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6488796
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.850.60091110.47392679X-RAY DIFFRACTION99.89
1.85-1.90.40191630.33622617X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.960.27561480.25792650X-RAY DIFFRACTION99.96
1.96-2.030.22861340.22012672X-RAY DIFFRACTION99.96
2.03-2.120.26291350.22332666X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.210.2721390.22372663X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.330.28731230.22882697X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.470.24041380.2142678X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.670.20131270.21312691X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.930.25361430.20482718X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.360.20241380.20212724X-RAY DIFFRACTION100
3.36-4.230.19591360.16392659X-RAY DIFFRACTION96.05
4.23-29.490.21241540.19432914X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.41241288553-2.43940201379-5.672666442781.449493468672.082525061517.93468128616-0.1137729352290.184922376857-0.1061165420190.00821037541764-0.0392418510933-0.02384726185650.0802963086402-0.2036122542370.1058346609160.25371236309-0.006671040125430.01109765076220.190249961905-0.01558623721650.43332802859420.786177575214.87726959462.43661747815
20.378954597694-0.4935576950280.6188572616288.15306469051.392258092863.9082031861-0.107069200428-0.265431740733-0.09539812023760.5781739627380.249365036482-0.3050832639480.191444906696-0.162054499339-0.1518210744330.253851795631-0.0184958950122-0.005044698674140.2224618517460.0076314238840.31862931187420.867565209214.228059635514.5368857104
31.61783329887-0.467743780007-0.1995701141795.229799873551.190329186260.336156998950.320849957149-0.119560376289-0.1489603565880.7255611815640.188598119217-1.948640791220.1670829983320.251218963481-0.5786650462740.3584805326140.0378844620955-0.1034507821460.274126098269-0.03465606977710.6786024873132.19623752443.2728834529.55510601823
47.28101411711-2.42712740868-3.962978731849.52028188213.317829743579.353091199560.0711196860563-0.2269156183220.2864281295150.7424104972550.005039833366370.279767772934-0.423423790257-0.249351226507-0.1785163340410.320248421456-0.0107275356868-0.006691518887980.270501508063-0.03836420694830.40145194755722.642407507420.853699493319.2151299651
54.57146258065-4.422858937791.863750274634.31520898511-1.46608735178.94400385532-0.88047096508-1.32900707984-0.1882179948551.08340753210.6709882497-0.3334216834710.610965186221-0.5725567744950.009333341902110.4468417274830.08573780601310.07993941700080.5200679445870.04447650114770.54304315838720.1044519855-17.465679026120.9754590736
67.17915686109-5.746327820770.3412825708824.67249046187-0.7494652729192.42640960602-0.231690548449-0.284487772259-0.8972605830490.6125353655590.6362170821881.30658483690.997316525253-0.300066459884-0.3839833433330.3711874377740.04754893832370.0656968284660.4518521081990.09272754979410.50507213590427.6343414393-33.459542415619.1356344452
72.65665957052-1.85859784662-2.015522831065.040353283792.42387162128.292674560740.04762887332660.189536356507-0.4926687767790.237155869882-0.116308957720.9777830064070.177657706056-0.9037014758840.01020094703150.2836902665530.01184630983390.0442802259430.2738550973770.04548655564070.58768037109316.2343570928-16.252855855911.6732783066
85.36507584224-1.446271873231.445850036383.39587945665-2.044121305815.70708074770.05374441152180.0592245492594-0.470338734193-0.575601430897-0.0436898348992-0.07567613692630.6539027708210.283731450099-0.02037915881060.263705835249-0.0116509094603-0.001561183559410.209108909839-0.03215624251820.42837280205326.501498281-23.00535697723.94084722843
96.9264616612-4.267228571251.435567871927.00229879822-0.7951289958454.13924956026-0.181948360404-0.610003803665-0.3259103945170.2036120060650.306197304033-0.303974275970.08666800371220.348607270548-0.1203044969440.2186256028840.009030386196650.01677571396490.188237544107-0.0279413972910.33859254884731.8177561746-17.57352954611.5214004273
104.26579045155-2.942405914930.533658493444.01234881691-0.299952359152.81014865862-0.276693702082-0.250854248358-0.01262756492440.2563589754970.229002885591-0.269741468229-0.08301595362170.292697043458-0.01099954936170.207895417914-0.0222590322899-0.03392235310720.17275394855-0.01782575874050.44299325949632.1815069039-13.1518516929.60629187371
113.80692134378-1.161174035172.184480959368.45690153416-6.605900576618.77657762719-0.135310672189-0.3154887625650.2065813824950.94145103855-0.0248205594350.356518463591-0.366061168096-0.1995048507580.1723093738850.4111587626770.004104303980710.1051629546220.169139478344-0.03295754444880.48847386683719.4296910539-4.2846878099712.9356070065
128.06338603454-2.552497334462.843504350184.56084178858-1.399396184965.11420697878-0.1167701933890.1480860864610.5472764448880.1312301017550.0940455803529-1.03866748712-0.0240785153510.1259084189160.01464933695150.325889861803-0.003713448967920.04511155004260.244464359575-0.03833315986880.66673929253135.0039869852-10.83029127927.92421362058
136.302935282644.21246026553-1.787351467768.36242355084.17583488968.28311208870.1193029308480.2119286803241.25109428456-1.002373280780.0142143599898-0.37379639757-0.61126143245-0.346871584812-0.07820523239340.3077621704910.01342487786430.07134907146930.273739356340.009901022718910.73030089900243.6101591747-20.39621246875.73877143619
143.10347284015-2.90786288935-0.02396007624343.180919978691.346616162463.295944441590.1242899137250.05348039581340.3954822962790.1068076694690.07081746796-2.061849683790.4436547127540.794419526078-0.2812993881420.3165720333380.03441679542570.04919460891970.296408627079-0.01762329109630.70281385343835.065589846610.59511819385.35056529539
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 67 through 85 )BB67 - 8565 - 83
22chain 'B' and (resid 86 through 100 )BB86 - 10084 - 98
33chain 'B' and (resid 101 through 109 )BB101 - 10999 - 107
44chain 'B' and (resid 110 through 116 )BB110 - 116108 - 114
55chain 'A' and (resid 12 through 25 )AA12 - 251 - 14
66chain 'A' and (resid 26 through 39 )AA26 - 3915 - 23
77chain 'A' and (resid 40 through 60 )AA40 - 6024 - 44
88chain 'A' and (resid 61 through 87 )AA61 - 8745 - 71
99chain 'A' and (resid 88 through 97 )AA88 - 9772 - 81
1010chain 'A' and (resid 98 through 117 )AA98 - 11782 - 101
1111chain 'A' and (resid 118 through 134 )AA118 - 134102 - 118
1212chain 'A' and (resid 135 through 164 )AA135 - 164119 - 148
1313chain 'A' and (resid 165 through 173 )AA165 - 173149 - 157
1414chain 'B' and (resid 3 through 9 )BB3 - 91 - 7
1515chain 'B' and (resid 10 through 19 )BB10 - 198 - 17
1616chain 'B' and (resid 20 through 35 )BB20 - 3518 - 33
1717chain 'B' and (resid 36 through 47 )BB36 - 4734 - 45
1818chain 'B' and (resid 48 through 66 )BB48 - 6646 - 64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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