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万見
- PDB-9h19: Cryo-EM structure of RC-dLH complex model I from Gem. groenlandic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h19
タイトルCryo-EM structure of RC-dLH complex model I from Gem. groenlandica strain TET16
要素
  • (Light-harvesting ...) x 3
  • (Reaction center protein ...) x 2
  • (reaction centre ...) x 3
  • Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS / reaction centre light harvesting complex / RC-dLH / photosynthetic bacteria / gemmatimonas groenlandica
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / endomembrane system / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding ...organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / endomembrane system / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, L subunit / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / Chem-CD4 / SPIRILLOXANTHIN / : / HEME C / MENAQUINONE 8 / 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / Chem-V7N / Reaction center protein M chain ...BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / Chem-CD4 / SPIRILLOXANTHIN / : / HEME C / MENAQUINONE 8 / 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / Chem-V7N / Reaction center protein M chain / Light-harvesting protein / Reaction center protein L chain / Uncharacterized protein / Light-harvesting protein / Light-harvesting protein / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gardiner, A. / Qian, P. / Koblizek, M. / Jing, Y. / Joosten, M. / Jakobi, A. / Bina, D. / Mujakic, I. / Gardian, Z. / Kaftan, D. / Castro-Hartmann, P.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Science Foundation19-28778X チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of RC-dLH complex model I from Gem. groenlandica strain TET16
著者: Gardiner, A. / Qian, P. / Koblizek, M. / Jing, Y. / Joosten, M. / Jakobi, A. / Bina, D. / Mujakic, I. / Gardian, Z. / Kaftan, D. / Castro-Hartmann, P.
履歴
登録2024年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Aa: Light-harvesting protein
Ba: Light-harvesting protein
Ab: Light-harvesting protein
Bb: Light-harvesting protein
Ac: Light-harvesting protein
Bc: Light-harvesting protein
Ad: Light-harvesting protein
Bd: Light-harvesting protein
Ae: Light-harvesting protein
Be: Light-harvesting protein
Af: Light-harvesting protein
Bf: Light-harvesting protein
Ag: Light-harvesting protein
Bg: Light-harvesting protein
Ah: Light-harvesting protein
Bh: Light-harvesting protein
Ai: Light-harvesting protein
Bi: Light-harvesting protein
Aj: Light-harvesting protein
Bj: Light-harvesting protein
Ak: Light-harvesting protein
Bk: Light-harvesting protein
Al: Light-harvesting protein
Bl: Light-harvesting protein
Am: Light-harvesting protein
Bm: Light-harvesting protein
An: Light-harvesting protein
Bn: Light-harvesting protein
Ao: Light-harvesting protein
Bo: Light-harvesting protein
Ap: Light-harvesting protein
Bp: Light-harvesting protein
S: reaction centre S sub unit
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
H: reaction centre Ht sub unit
K: reaction centre Hc sub unit
C: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
AA: Light-harvesting protein
BA: Light-harvesting protein
BB: Light-harvesting protein
AB: Light-harvesting protein
AC: Light-harvesting protein
BC: Light-harvesting protein
BD: Light-harvesting protein
AD: Light-harvesting protein
AE: Light-harvesting protein
BE: Light-harvesting protein
BF: Light-harvesting protein
AF: Light-harvesting protein
AG: Light-harvesting protein
BG: Light-harvesting protein
AH: Light-harvesting protein
BH: Light-harvesting protein
AI: Light-harvesting protein
BI: Light-harvesting protein
AJ: Light-harvesting protein
BJ: Light-harvesting protein
AK: Light-harvesting protein
BK: Light-harvesting protein
AL: Light-harvesting protein
BL: Light-harvesting protein
AM: Light-harvesting protein
BM: Light-harvesting protein
BN: Light-harvesting protein
AN: Light-harvesting protein
AO: Light-harvesting protein
BO: Light-harvesting protein
BP: Light-harvesting protein
AP: Light-harvesting protein
AQ: Light-harvesting protein
BQ: Light-harvesting protein
BR: Light-harvesting protein
AR: Light-harvesting protein
BS: Light-harvesting protein
AS: Light-harvesting protein
BT: Light-harvesting protein
AT: Light-harvesting protein
BU: Light-harvesting protein
AU: Light-harvesting protein
AV: Light-harvesting protein
BV: Light-harvesting protein
AW: Light-harvesting protein
BW: Light-harvesting protein
AX: Light-harvesting protein
BX: Light-harvesting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)790,999288
ポリマ－647,06486
非ポリマー143,935202
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Light-harvesting ... , 3種, 80分子 AaAbAcAdAeAfAgAhAiAjAkAlAmAnAoApBaBbBcBdBeBfBgBhBiBjBkBlBmBn...

#1: タンパク質
Light-harvesting protein


分子量: 7697.123 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: helix
由来: (天然) Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
参照: UniProt: A0A6M4INU2
#2: タンパク質・ペプチド ...
Light-harvesting protein


分子量: 5183.985 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: helix
由来: (天然) Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
参照: UniProt: A0A6M4IQ93
#9: タンパク質 ...
Light-harvesting protein


分子量: 6413.583 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: helix
由来: (天然) Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
参照: UniProt: A0A6M4IQ17

-
Reaction centre ... , 3種, 3分子 SHK

#3: タンパク質 reaction centre S sub unit


分子量: 21641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native protein
由来: (天然) Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
参照: UniProt: A0A6M4IPJ3
#6: タンパク質 reaction centre Ht sub unit


分子量: 7202.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: helix
由来: (天然) Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
#7: タンパク質 reaction centre Hc sub unit


分子量: 19538.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native proteins
由来: (天然) Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)

-
Reaction center protein ... , 2種, 2分子 LM

#4: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 30542.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native protein
由来: (天然) Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
参照: UniProt: A0A6M4IPC7
#5: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 43396.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native proteins
由来: (天然) Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
参照: UniProt: A0A6M4ILR2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 49分子 C

#12: 糖...
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#8: タンパク質 Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit


分子量: 40302.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native protein
由来: (天然) Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
参照: UniProt: A0A6M4ITL7

-
非ポリマー , 10種, 192分子

#10: 化合物...
ChemComp-V7N / (2~{E},4~{E},6~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{Z},24~{E},26~{E},28~{E})-23-methanoyl-31-methoxy-2,6,10,14,19,27,31-heptamethyl-dotriaconta-2,4,6,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28-tridecaenoic acid


分子量: 610.865 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H54O4
#11: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物
ChemComp-PEX / 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 522.632 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49NO8P
#14: 化合物 ChemComp-MQ8 / MENAQUINONE 8 / 2-METHYL-3-(3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYL-DOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL)-[1,4]NAPTHOQUINONE


分子量: 717.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H72O2
#15: 化合物 ChemComp-CD4 / (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate / tetramyristoyl-cardiolipin


分子量: 1241.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C65H126O17P2
#16: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#17: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#18: 化合物 ChemComp-CRT / SPIRILLOXANTHIN / RHODOVIOLASCIN


分子量: 596.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H60O2
#19: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#20: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RC-dLH complex model I from Gemmatimonas groenlandica
タイプ: COMPLEX / 詳細: a single monomer complex / Entity ID: #9, #1-#2, #8, #6-#7, #4-#5, #3 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.65 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCL, 50 mM NaCl, pH 8.0, 0.02% beta-DDM
緩衝液成分濃度: 20 mM / 名称: Tris-HCL
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Protein in buffer solution with detergent of beta-DDM
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot time 3 seconds, blot force, 3

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 92 K / 最低温度: 88 K
撮影平均露光時間: 5.13 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 23012
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X
詳細: Thermofisher Titan Krios G3 with energy filter selectrisX
エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.9.2モデルフィッティング
9cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.2.1分類
12cryoSPARC4.2.1３次元再構成
13PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
画像処理詳細: Tiff format was used for image recording.
CTF補正詳細: CTF was performed within cryosparc / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 935540
詳細: Initially, particles were selected by the use of cryosparc blob model automatically. Model reference then was used later for final 3D reconstruction.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129052 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 60 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: model to map
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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